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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iaz | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the ISFba1 TnpB-reRNA-dsDNA complex | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / RNA (リボ核酸) / Complex / RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Firmicutes bacterium AM43-11BH (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Yin, M. / Zhou, F. / Zhu, Y. / Huang, Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2024 タイトル: Discovery and structural mechanism of DNA endonucleases guided by RAGATH-18-derived RNAs. 著者: Kuan Ren / Fengxia Zhou / Fan Zhang / Mingyu Yin / Yuwei Zhu / Shouyu Wang / Yan Chen / Tengjin Huang / Zixuan Wu / Jiale He / Anqi Zhang / Changyou Guo / Zhiwei Huang / 要旨: CRISPR-Cas systems and IS200/IS605 transposon-associated TnpBs have been utilized for the development of genome editing technologies. Using bioinformatics analysis and biochemical experiments, here ...CRISPR-Cas systems and IS200/IS605 transposon-associated TnpBs have been utilized for the development of genome editing technologies. Using bioinformatics analysis and biochemical experiments, here we present a new family of RNA-guided DNA endonucleases. Our bioinformatics analysis initially identifies the stable co-occurrence of conserved RAGATH-18-derived RNAs (reRNAs) and their upstream IS607 TnpBs with an average length of 390 amino acids. IS607 TnpBs form programmable DNases through interaction with reRNAs. We discover the robust dsDNA interference activity of IS607 TnpB systems in bacteria and human cells. Further characterization of the Firmicutes bacteria IS607 TnpB system (ISFba1 TnpB) reveals that its dsDNA cleavage activity is remarkably sensitive to single mismatches between the guide and target sequences in human cells. Our findings demonstrate that a length of 20 nt in the guide sequence of reRNA achieves the highest DNA cleavage activity for ISFba1 TnpB. A cryo-EM structure of the ISFba1 TnpB effector protein bound by its cognate RAGATH-18 motif-containing reRNA and a dsDNA target reveals the mechanisms underlying reRNA recognition by ISFba1 TnpB, reRNA-guided dsDNA targeting, and the sensitivity of the ISFba1 TnpB system to base mismatches between the guide and target DNA. Collectively, this study identifies the IS607 TnpB family of compact and specific RNA-guided DNases with great potential for application in gene editing. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8iaz.cif.gz | 203.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8iaz.ent.gz | 148.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8iaz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/8iaz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/8iaz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 35323MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44549.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Firmicutes bacterium AM43-11BH (バクテリア) 遺伝子: DW928_16025 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A417B524 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 66616.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Firmicutes bacterium AM43-11BH (バクテリア) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 7338.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Firmicutes bacterium AM43-11BH (バクテリア) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 4938.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Firmicutes bacterium AM43-11BH (バクテリア) |
#5: 化合物 | ChemComp-ZN / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The complex of protein with gRNA and target DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Firmicutes bacterium AM43-11BH (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 369379 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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