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- PDB-8h2i: Near-atomic structure of five-fold averaged PBCV-1 capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h2i
タイトルNear-atomic structure of five-fold averaged PBCV-1 capsid
要素
  • MCPv1
  • MCPv2
  • MCPv3
  • MCPv4
  • MCPv5
  • Major capsid protein (MCP)
  • P11
  • P12
  • P13
  • P15
  • P16
  • P17
  • P18
  • P19
  • P1v1
  • P2
  • P20
  • P21
  • P22
  • P23
  • P3
  • P4
  • P5
  • P6
  • P8
  • P9
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / giant virus / nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs) / viral assembly (ウイルス性) / Paramecium bursaria chlorella virus 1 (PBCV-1) / chlorovirus / major capsid protein / minor capsid protein / VIRUS (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


カプシド / membrane => GO:0016020 / structural molecule activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Chlorovirus glycoprotein repeat / Domain of unknown function DUF5901 / Chlorovirus glycoprotein repeat / Family of unknown function (DUF5901) / Protein of unknown function DUF5762 / Protein of unknown function DUF5761 / Domain of unknown function DUF5899 / Family of unknown function (DUF5761) / Family of unknown function (DUF5762) / Family of unknown function (DUF5899) ...Chlorovirus glycoprotein repeat / Domain of unknown function DUF5901 / Chlorovirus glycoprotein repeat / Family of unknown function (DUF5901) / Protein of unknown function DUF5762 / Protein of unknown function DUF5761 / Domain of unknown function DUF5899 / Family of unknown function (DUF5761) / Family of unknown function (DUF5762) / Family of unknown function (DUF5899) / Peptidase G2, IMC autoproteolytic cleavage domain / Peptidase_G2, IMC autoproteolytic cleavage domain / Major capsid protein, N-terminal / Major capsid protein N-terminus / Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein VP54 / DUF5901 domain-containing protein / カプシド / Uncharacterized protein / カプシド / カプシド / Major capsid protein / Peptidase_G2 domain-containing protein / Uncharacterized protein / PsbP C-terminal domain-containing protein ...Major capsid protein VP54 / DUF5901 domain-containing protein / カプシド / Uncharacterized protein / カプシド / カプシド / Major capsid protein / Peptidase_G2 domain-containing protein / Uncharacterized protein / PsbP C-terminal domain-containing protein / 膜貫通型タンパク質 / A2M domain-containing protein / Uncharacterized protein / DUF5899 domain-containing protein / Uncharacterized protein / カプシド / カプシド / Chlorovirus glycoprotein repeat domain-containing protein / Peptidase S74 domain-containing protein / Chlorovirus glycoprotein repeat domain-containing protein / SAYSvFN domain-containing protein / Uncharacterized protein / Glycine-rich protein / Entry/fusion complex component / カプシド / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Shao, Q. / Agarkova, I.V. / Noel, E.A. / Dunigan, D.D. / Liu, Y. / Wang, A. / Guo, M. / Xie, L. / Zhao, X. / Rossmann, M.G. ...Shao, Q. / Agarkova, I.V. / Noel, E.A. / Dunigan, D.D. / Liu, Y. / Wang, A. / Guo, M. / Xie, L. / Zhao, X. / Rossmann, M.G. / Van Etten, J.L. / Klose, T. / Fang, Q.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1736030 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI011219 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Near-atomic, non-icosahedrally averaged structure of giant virus Paramecium bursaria chlorella virus 1.
著者: Qianqian Shao / Irina V Agarkova / Eric A Noel / David D Dunigan / Yunshu Liu / Aohan Wang / Mingcheng Guo / Linlin Xie / Xinyue Zhao / Michael G Rossmann / James L Van Etten / Thomas Klose / Qianglin Fang /
要旨: Giant viruses are a large group of viruses that infect many eukaryotes. Although components that do not obey the overall icosahedral symmetry of their capsids have been observed and found to play ...Giant viruses are a large group of viruses that infect many eukaryotes. Although components that do not obey the overall icosahedral symmetry of their capsids have been observed and found to play critical roles in the viral life cycles, identities and high-resolution structures of these components remain unknown. Here, by determining a near-atomic-resolution, five-fold averaged structure of Paramecium bursaria chlorella virus 1, we unexpectedly found the viral capsid possesses up to five major capsid protein variants and a penton protein variant. These variants create varied capsid microenvironments for the associations of fibers, a vesicle, and previously unresolved minor capsid proteins. Our structure reveals the identities and atomic models of the capsid components that do not obey the overall icosahedral symmetry and leads to a model for how these components are assembled and initiate capsid assembly, and this model might be applicable to many other giant viruses.
履歴
登録2022年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_related

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
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分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,133,989177
ポリマ－9,133,989177
非ポリマー00
水0
1
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bi: Major capsid protein (MCP)
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bl: Major capsid protein (MCP)
bm: Major capsid protein (MCP)
bn: Major capsid protein (MCP)
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cb: P11
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ce: P11
cf: P12
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ci: P16
cj: P17
ck: P17
cl: P17
cm: P17
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cs: P19
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cB: P19
cC: P19
cD: P19
cE: P19
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cH: P19
cI: P19
cJ: P19
cK: P19
cL: P19
cM: P19
cN: P19
cO: P20
cP: P21
cQ: P20
cR: MCPv5
cS: MCPv5
cT: MCPv5
cU: P22
cV: P22
cW: P22
cX: MCPv3
cY: MCPv4
cZ: MCPv3
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dc: P20
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dg: P20
dh: P21
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dj: MCPv3
dk: MCPv3
dl: MCPv3
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dn: P23
do: P23
dp: MCPv3
dq: MCPv4
dr: MCPv3
ds: P20
dt: P21
du: P20
x 5


  • complete point assembly
  • 根拠: microscopy
  • 45.7 MDa, 885 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,669,943885
ポリマ－45,669,943885
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C5 (5回回転対称))

-
要素

+
タンパク質 , 26種, 177分子 aaabacadaeafagahaiajakalamanaoapaqarasatauavawaxayazaAaBaCaD...

#1: タンパク質 ...
Major capsid protein (MCP) / Major capsid protein


分子量: 48199.625 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: P30328
#2: タンパク質
MCPv1 / Major capsid protein variant 1 (MCPv1)


分子量: 58136.645 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: O41104
#3: タンパク質 MCPv2 / Major capsid protein variant 2 (MCPv2)


分子量: 55733.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: M1I493
#4: タンパク質
MCPv3 / Major capsid protein variant 3 (MCPv3)


分子量: 45115.641 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q89346
#5: タンパク質
MCPv4 / Major capsid protein variant 4 (MCPv4)


分子量: 45034.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q89345
#6: タンパク質 P1v1 / DUF5901 domain-containing protein / Penton protein variant 1 (P1v1)


分子量: 57555.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: M1I677
#7: タンパク質 P2 / DUF5899 domain-containing protein


分子量: 63888.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q84656
#8: タンパク質 P3 / Reductive dehalogenase subunit A


分子量: 19116.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q98573
#9: タンパク質
P4 / DUF2268 domain-containing protein


分子量: 20637.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: O41054
#10: タンパク質 P5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit


分子量: 16455.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q98576
#11: タンパク質 P6 / PsbP domain-containing protein


分子量: 24036.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q84523
#12: タンパク質 P8 / Copine domain-containing protein


分子量: 19226.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: O41126
#13: タンパク質 P9 / Transmembrane protein


分子量: 23407.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q98459
#14: タンパク質
P11 / Secreted protein


分子量: 23322.656 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q84666
#15: タンパク質 P12


分子量: 17715.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q84459
#16: タンパク質 P13 / NVEALA family protein


分子量: 11070.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q98473
#17: タンパク質 P15 / Entry/fusion complex component


分子量: 18627.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q98534
#18: タンパク質 P16 / Glycine-rich protein


分子量: 9844.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q98530
#19: タンパク質
P17


分子量: 9122.370 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q84629
#20: タンパク質 P18 / Transmembrane protein


分子量: 16497.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q84533
#21: タンパク質 ...
P19 / A2M domain-containing protein


分子量: 43094.387 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q84602
#22: タンパク質
P20 / Peptidase S74 domain-containing protein


分子量: 137671.312 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q89353
#23: タンパク質
P21


分子量: 141414.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q89349
#24: タンパク質 MCPv5 / Capsid protein


分子量: 45585.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: O41040
#25: タンパク質 P22 / Peptidase_G2 domain-containing protein


分子量: 137927.828 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q84443
#26: タンパク質 P23 / Chlorovirus glycoprotein repeat domain-containing protein


分子量: 140121.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q89360

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 24.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Gautomatch粒子像選択
5CTFFIND4CTF補正
11RELION初期オイラー角割当
12jspr最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56500 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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