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- PDB-8fmw: The structure of a hibernating ribosome in the Lyme disease pathogen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fmw
タイトルThe structure of a hibernating ribosome in the Lyme disease pathogen
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 33
  • 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • E-site t-RNA
  • Ribosomal subunit interface proteinリボソーム
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / hibernating ribosome / bacterial (細菌) / pathogen (病原体) / 70S / translation (翻訳 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


primary metabolic process / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム ...primary metabolic process / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L31 type B / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal ...Ribosomal protein L31 type B / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L14P, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Uncharacterized protein ...: / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Ribosomal subunit interface protein / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3
類似検索 - 構成要素
生物種Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Sharma, M.R. / Manjari, S.R. / Agrawal, E.K. / Keshavan, P. / Koripella, R.K. / Majumdar, S. / Marcinkiewicz, A.L. / Lin, Y.P. / Agrawal, R.K. / Banavali, N.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM61576 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The structure of a hibernating ribosome in a Lyme disease pathogen.
著者: Manjuli R Sharma / Swati R Manjari / Ekansh K Agrawal / Pooja Keshavan / Ravi K Koripella / Soneya Majumdar / Ashley L Marcinkiewicz / Yi-Pin Lin / Rajendra K Agrawal / Nilesh K Banavali /
要旨: The spirochete bacterial pathogen Borrelia (Borreliella) burgdorferi (Bbu) affects more than 10% of the world population and causes Lyme disease in about half a million people in the US annually. ...The spirochete bacterial pathogen Borrelia (Borreliella) burgdorferi (Bbu) affects more than 10% of the world population and causes Lyme disease in about half a million people in the US annually. Therapy for Lyme disease includes antibiotics that target the Bbu ribosome. Here we present the structure of the Bbu 70S ribosome obtained by single particle cryo-electron microscopy at 2.9 Å resolution, revealing a bound hibernation promotion factor protein and two genetically non-annotated ribosomal proteins bS22 and bL38. The ribosomal protein uL30 in Bbu has an N-terminal α-helical extension, partly resembling the mycobacterial bL37 protein, suggesting evolution of bL37 and a shorter uL30 from a longer uL30 protein. Its analogy to proteins uL30m and mL63 in mammalian mitochondrial ribosomes also suggests a plausible evolutionary pathway for expansion of protein content in mammalian mitochondrial ribosomes. Computational binding free energy predictions for antibiotics reflect subtle distinctions in antibiotic-binding sites in the Bbu ribosome. Discovery of these features in the Bbu ribosome may enable better ribosome-targeted antibiotic design for Lyme disease treatment.
履歴
登録2022年12月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S ribosomal RNA
C: 30S ribosomal protein S3
D: 30S ribosomal protein S4
E: 30S ribosomal protein S5
F: 30S ribosomal protein S6
G: 30S ribosomal protein S7
H: 30S ribosomal protein S8
I: 30S ribosomal protein S9
J: 30S ribosomal protein S10
K: 30S ribosomal protein S11
L: 30S ribosomal protein S12
M: 30S ribosomal protein S13
N: 30S ribosomal protein S14 type Z
O: 30S ribosomal protein S15
P: 30S ribosomal protein S16
Q: 30S ribosomal protein S17
R: 30S ribosomal protein S18
S: 30S ribosomal protein S19
T: 30S ribosomal protein S20
U: 30S ribosomal protein S21
V: 30S ribosomal protein bS22
W: Ribosomal subunit interface protein
X: E-site t-RNA
AA: 23S ribosomal RNA
AB: 5S ribosomal RNA
AC: 50S ribosomal protein L1
AD: 50S ribosomal protein L2
AE: 50S ribosomal protein L3
AF: 50S ribosomal protein L4
AG: 50S ribosomal protein L5
AH: 50S ribosomal protein L6
AI: 50S ribosomal protein L9
AJ: 50S ribosomal protein L10
AK: 50S ribosomal protein L11
AL: 50S ribosomal protein L13
AM: 50S ribosomal protein L14
AN: 50S ribosomal protein L15
AO: 50S ribosomal protein L16
AP: 50S ribosomal protein L17
AQ: 50S ribosomal protein L18
AR: 50S ribosomal protein L19
AS: 50S ribosomal protein L20
AT: 50S ribosomal protein L21
AU: 50S ribosomal protein L22
AV: 50S ribosomal protein L23
AW: 50S ribosomal protein L24
AX: 50S ribosomal protein L25
AY: 50S ribosomal protein L27
AZ: 50S ribosomal protein L28
Aa: 50S ribosomal protein L29
Ab: 50S ribosomal protein uL30
Ac: 50S ribosomal protein L31 type B
Ad: 50S ribosomal protein L32
Ae: 50S ribosomal protein L33
Af: 50S ribosomal protein L34
Ag: 50S ribosomal protein L35
Ah: 50S ribosomal protein L36
Ai: 50S ribosomal protein bL38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,227,79762
ポリマ－2,227,53558
非ポリマー2624
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 AXAAAB

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 495137.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: GenBank: AE000783
#23: RNA鎖 E-site t-RNA


分子量: 24417.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: GenBank: AE000783.1
#24: RNA鎖 23S ribosomal RNA / 23SリボソームRNA


分子量: 948648.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: GenBank: AE000783
#25: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 36188.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: GenBank: AE000783

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTUV

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 23361.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: P94273
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 24003.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51560
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17030.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51448
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S6 /


分子量: 11595.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51142
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 18289.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51347
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14838.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51445
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14855.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51313
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11657.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: P94266
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 12480.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51454
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 13823.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51348
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 12936.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51453
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z / リボソーム


分子量: 7088.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51444
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10241.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51744
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 9700.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51638
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 9675.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51440
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 7417.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51140
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 9495.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: P94271
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 9977.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: P49394
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S21 /


分子量: 8605.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51271
#21: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein bS22 /


分子量: 3575.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)

+
50S ribosomal protein ... , 33種, 33分子 ACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAaAbAcAdAeAf...

#26: タンパク質 50S ribosomal protein L1 /


分子量: 25177.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51353
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 30655.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: P94270
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 22265.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: P94267
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 23535.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: P94268
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 20445.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51443
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 19972.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51446
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L9 /


分子量: 17121.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51139
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L10 /


分子量: 18086.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51352
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L11 /


分子量: 14731.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51354
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16594.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51314
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13465.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51441
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 16072.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51450
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 15598.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51438
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 14308.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51456
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 13753.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51447
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 13544.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51642
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13415.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51206
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 12204.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51719
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 13150.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: P94272
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 11164.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: P94269
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 11467.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51442
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / / General stress protein CTC


分子量: 20347.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51727
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 8104.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51721
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 10069.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51325
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7915.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51439
#51: タンパク質 50S ribosomal protein uL30 /


分子量: 11661.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L31 type B / リボソーム


分子量: 9318.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51247
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6960.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51646
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L33 /


分子量: 6100.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51357
#55: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 6059.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: P29220
#56: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7840.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51207
#57: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4418.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51452
#58: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein bL38 /


分子量: 5351.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51184

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 5分子 W

#22: タンパク質 Ribosomal subunit interface protein / リボソーム


分子量: 11617.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
参照: UniProt: O51405
#59: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hibernating 70S ribosome bound to E-tRNA and hibernation promoting factor protein
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#58 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.082918 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi (バクテリア) / 株: B31
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: HMA-10 buffer
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
230 mMAmmonium chlorideNH4Cl1
310 mMMagnesium chlorideMgCl21
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 820 nm / Cs: 0.001 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 67.527 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4661
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 30 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC2.15粒子像選択
2Leginon画像取得
4cryoSPARC2.15CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
10cryoSPARC2.15最終オイラー角割当
11cryoSPARC2.15分類
12cryoSPARC2.15３次元再構成
13PHENIX1.18モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 541319
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 288776 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 57.2 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 113.24 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0053160372
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8467238881
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.084230092
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003613004
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.316374756

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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