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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c54 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of NADH bound SLA dehydrogenase RlGabD from Rhizobium leguminosarum bv. trifolii SRD1565 | |||||||||||||||||||||
要素 | Succinate semialdehyde dehydrogenase | |||||||||||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Sulfolactaldehyde dehydrogenase NADH GabD | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Rhizobium leguminosarum bv. trifolii SRDI565 (根粒菌) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Sharma, M. / Meek, R.W. / Armstrong, Z. / Blaza, J.N. / Alhifthi, A. / Li, J. / Goddard-Borger, E.D. / Williams, S.J. / Davies, G.J. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, オーストラリア, 6件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023 タイトル: Molecular basis of sulfolactate synthesis by sulfolactaldehyde dehydrogenase from . 著者: Jinling Li / Mahima Sharma / Richard Meek / Amani Alhifthi / Zachary Armstrong / Niccolay Madiedo Soler / Mihwa Lee / Ethan D Goddard-Borger / James N Blaza / Gideon J Davies / Spencer J Williams / 要旨: Sulfolactate (SL) is a short-chain organosulfonate that is an important reservoir of sulfur in the biosphere. SL is produced by oxidation of sulfolactaldehyde (SLA), which in turn derives from ...Sulfolactate (SL) is a short-chain organosulfonate that is an important reservoir of sulfur in the biosphere. SL is produced by oxidation of sulfolactaldehyde (SLA), which in turn derives from sulfoglycolysis of the sulfosugar sulfoquinovose, or through oxidation of 2,3-dihydroxypropanesulfonate. Oxidation of SLA is catalyzed by SLA dehydrogenases belonging to the aldehyde dehydrogenase superfamily. We report that SLA dehydrogenase GabD from the sulfoglycolytic bacterium SRDI565 can use both NAD and NADP as cofactor to oxidize SLA, and indicatively operates through a rapid equilibrium ordered mechanism. We report the cryo-EM structure of GabD bound to NADH, revealing a tetrameric quaternary structure and supporting proposal of organosulfonate binding residues in the active site, and a catalytic mechanism. Sequence based homology searches identified SLA dehydrogenase homologs in a range of putative sulfoglycolytic gene clusters in bacteria predominantly from the phyla Actinobacteria, Firmicutes, and Proteobacteria. This work provides a structural and biochemical view of SLA dehydrogenases to complement our knowledge of SLA reductases, and provide detailed insights into a critical step in the organosulfur cycle. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8c54.cif.gz | 436.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8c54.ent.gz | 283.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8c54.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/8c54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/8c54 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 16433MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52697.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhizobium leguminosarum bv. trifolii SRDI565 (根粒菌) 遺伝子: EV132_10158 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #2: 化合物 | ChemComp-NAI / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Tetrameric assembly of RlGabD / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.21 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii SRDI565 (根粒菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50mM Tris, 300mM NaCl, pH7.5 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 240000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / C2レンズ絞り径: 30 µm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 437107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 75165 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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