+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8byv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of a Staphylococus aureus 30S-RbfA complex | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / RbfA / 30S subunit maturation / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / translation (翻訳 (生物学)) / Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal small subunit binding / maturation of SSU-rRNA / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / リボソーム生合成 / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding ...ribosomal small subunit binding / maturation of SSU-rRNA / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / リボソーム生合成 / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å | ||||||
データ登録者 | Bikmullin, A.G. / Fatkhullin, B. / Stetsenko, A. / Guskov, A. / Yusupov, M. | ||||||
資金援助 | ロシア, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural characteristic of RbfA from S. aureus 著者: Bikmullin, A.G. / Fatkhullin, B. / Nurullina, L. / Garaeva, N. / Klochkova, E. / Guskov, A. / Stetsenko, A. / Khusainov, I. / Golubev, A. / Gabdulkhakov, A. / Trachtman, N. / Blokhin, D. / ...著者: Bikmullin, A.G. / Fatkhullin, B. / Nurullina, L. / Garaeva, N. / Klochkova, E. / Guskov, A. / Stetsenko, A. / Khusainov, I. / Golubev, A. / Gabdulkhakov, A. / Trachtman, N. / Blokhin, D. / Validov, S. / Usachev, K. / Yusupov, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8byv.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8byv.ent.gz | 1016.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8byv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/8byv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/8byv | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 16334MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 bcdefghijklmnopqrst
#2: タンパク質 | 分子量: 29136.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FZ25 |
---|---|
#3: タンパク質 | 分子量: 24143.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW12 |
#4: タンパク質 | 分子量: 23051.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FXK6 |
#5: タンパク質 | 分子量: 17770.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW23 |
#6: タンパク質 | 分子量: 11613.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2G113 |
#7: タンパク質 | 分子量: 17826.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: P48940 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14854.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW20 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14856.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW39 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11600.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q931G5 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13907.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW31 |
#12: タンパク質 | 分子量: 15320.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: P0A0H0 |
#13: タンパク質 | 分子量: 13747.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW30 |
#14: タンパク質 | 分子量: 7317.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW19 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10634.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2G2Q1 |
#16: タンパク質 | 分子量: 10253.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FZ45 |
#17: タンパク質 | 分子量: 10196.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW15 |
#18: タンパク質 | 分子量: 9332.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2G111 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10639.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW10 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9039.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FXY6 |
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 aA
#1: RNA鎖 | 分子量: 500464.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 87201381 |
---|---|
#21: タンパク質 | 分子量: 13535.722 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: rbfA, SAOUHSC_01247 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G2Q4 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 53.3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア | 名称: EPU / カテゴリ: 画像取得 | |||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81421 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |