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- PDB-7zw6: Oligomeric structure of SynDLP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zw6
タイトルOligomeric structure of SynDLP
要素Slr0869 protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / BDLP / cyanobacteria (藍藻) / membrane remodeling
機能・相同性Mitofusin family / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / GTPase activity / GTP binding / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Slr0869 protein
機能・相同性情報
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Gewehr, L. / Junglas, B. / Jilly, R. / Franz, J. / Wenyu, E.Z. / Weidner, T. / Bonn, M. / Sachse, C. / Schneider, D.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: SynDLP is a dynamin-like protein of Synechocystis sp. PCC 6803 with eukaryotic features.
著者: Lucas Gewehr / Benedikt Junglas / Ruven Jilly / Johannes Franz / Wenyu Eva Zhu / Tobias Weidner / Mischa Bonn / Carsten Sachse / Dirk Schneider /
要旨: Dynamin-like proteins are membrane remodeling GTPases with well-understood functions in eukaryotic cells. However, bacterial dynamin-like proteins are still poorly investigated. SynDLP, the dynamin- ...Dynamin-like proteins are membrane remodeling GTPases with well-understood functions in eukaryotic cells. However, bacterial dynamin-like proteins are still poorly investigated. SynDLP, the dynamin-like protein of the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803, forms ordered oligomers in solution. The 3.7 Å resolution cryo-EM structure of SynDLP oligomers reveals the presence of oligomeric stalk interfaces typical for eukaryotic dynamin-like proteins. The bundle signaling element domain shows distinct features, such as an intramolecular disulfide bridge that affects the GTPase activity, or an expanded intermolecular interface with the GTPase domain. In addition to typical GD-GD contacts, such atypical GTPase domain interfaces might be a GTPase activity regulating tool in oligomerized SynDLP. Furthermore, we show that SynDLP interacts with and intercalates into membranes containing negatively charged thylakoid membrane lipids independent of nucleotides. The structural characteristics of SynDLP oligomers suggest it to be the closest known bacterial ancestor of eukaryotic dynamin.
履歴
登録2022年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Slr0869 protein
B: Slr0869 protein
C: Slr0869 protein
D: Slr0869 protein
E: Slr0869 protein
F: Slr0869 protein
G: Slr0869 protein
H: Slr0869 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)749,6438
ポリマ－749,6438
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "F"
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d_7ens_1chain "G"
d_8ens_1chain "H"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
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d_71ens_1METSERG1 - 793
d_81ens_1METSERH1 - 793

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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6given(0.99725740948, -0.000708897222376, -0.0740078151469), (-0.00456527257318, 0.997460773719, -0.0710715356396), (0.0738702749718, 0.0712144813684, 0.994721910947)47.1843861146, 59.6352491211, -23.9426213747
7given(-0.997742510217, -0.00176344933691, -0.0671325074245), (0.00682925030844, -0.997137139809, -0.0753052837082), (-0.0668075193889, -0.0755937474966, 0.99489815594)435.90982603, 447.66020333, 31.2973864252

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要素

#1: タンパク質
Slr0869 protein


分子量: 93705.398 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: slr0869 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami 2 (DE3) / 参照: UniProt: P73765

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: filamentous homo-oligomer of SynDLP / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Rosetta-gami 2 (DE3)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
15 mMmagnesium chlorideMgCl21
27.5 mMpotassium chlorideKCl1
320 mMHEPESHEPES1
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: Blotting force -10 Blotting time 3 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 49000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 26.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8322
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
3cryoSPARC画像取得
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9ISOLDEモデルフィッティング
11Cootモデル精密化
12ISOLDEモデル精密化
13PHENIXモデル精密化
14cryoSPARC初期オイラー角割当
15cryoSPARC最終オイラー角割当
17cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 977199 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 119.29 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002451736
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.515769864
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03577792
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00439248
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.60827008
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2FELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.32310826048E-12
ens_1d_3FELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.73368219149E-12
ens_1d_4FELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.10773541231E-11
ens_1d_5FELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.62620731208E-12
ens_1d_6FELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.01461110004E-11
ens_1d_7FELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.24357349982E-12
ens_1d_8FELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.70887147996E-12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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