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- PDB-7scn: Structure of H1 NC99 influenza hemagglutinin bound to Fab 310-63E6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7scn
タイトルStructure of H1 NC99 influenza hemagglutinin bound to Fab 310-63E6
要素
  • 310-63E6 Fab, Heavy Chain
  • 310-63E6 Fab, Light Chain
  • Hemagglutinin HA1 chain
  • Hemagglutinin HA2 chain
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System (ウイルス性) / hemagglutinin (ヘマグルチニン) / influenza (インフルエンザ) / antibody (抗体) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-Immune System complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Ward, A. / Torrents de la Pena, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2022
タイトル: Allelic polymorphism controls autoreactivity and vaccine elicitation of human broadly neutralizing antibodies against influenza virus.
著者: Maya Sangesland / Alba Torrents de la Peña / Seyhan Boyoglu-Barnum / Larance Ronsard / Faez Amokrane Nait Mohamed / Thalia Bracamonte Moreno / Ralston M Barnes / Daniel Rohrer / Nils Lonberg ...著者: Maya Sangesland / Alba Torrents de la Peña / Seyhan Boyoglu-Barnum / Larance Ronsard / Faez Amokrane Nait Mohamed / Thalia Bracamonte Moreno / Ralston M Barnes / Daniel Rohrer / Nils Lonberg / Musie Ghebremichael / Masaru Kanekiyo / Andrew Ward / Daniel Lingwood /
要旨: Human broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the hemagglutinin stalk of group 1 influenza A viruses (IAVs) are biased for IGHV1-69 alleles that use phenylalanine (F54) but not leucine (L54) ...Human broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the hemagglutinin stalk of group 1 influenza A viruses (IAVs) are biased for IGHV1-69 alleles that use phenylalanine (F54) but not leucine (L54) within their CDRH2 loops. Despite this, we demonstrated that both alleles encode for human IAV bnAbs that employ structurally convergent modes of contact to the same epitope. To resolve differences in lineage expandability, we compared F54 versus L54 as substrate within humanized mice, where antibodies develop with human-like CDRH3 diversity but are restricted to single V genes. While both alleles encoded for bnAb precursors, only F54 IGHV1-69 supported elicitation of heterosubtypic serum bnAbs following immunization with a stalk-only nanoparticle vaccine. L54 IGHV1-69 was unproductive, co-encoding for anergic B cells and autoreactive stalk antibodies that were cleared from B cell memory. Moreover, human stalk antibodies also demonstrated L54-dependent autoreactivity. Therefore, IGHV1-69 polymorphism, which is skewed ethnically, gates tolerance and vaccine expandability of influenza bnAbs.
履歴
登録2021年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
H: 310-63E6 Fab, Heavy Chain
L: 310-63E6 Fab, Light Chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
E: 310-63E6 Fab, Heavy Chain
F: 310-63E6 Fab, Light Chain
G: Hemagglutinin HA1 chain
I: Hemagglutinin HA2 chain
J: 310-63E6 Fab, Heavy Chain
K: 310-63E6 Fab, Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,64027
ポリマ－263,32212
非ポリマー3,31815
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 35932.309 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/New Zealand:South Canterbury/35/2000 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/New Zealand:South Canterbury/35/2000 H1N1 / 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q289M7
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 26637.555 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/New Zealand:South Canterbury/35/2000 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/New Zealand:South Canterbury/35/2000 H1N1 / 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q289M7
#3: 抗体 310-63E6 Fab, Heavy Chain


分子量: 13394.064 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 310-63E6 Fab, Light Chain


分子量: 11810.081 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): 293F / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of H1 NC99 influenza hemagglutinin bound to 310-63E6 Fab
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: 293F
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS buffer, PH 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris-HCLトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
2150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: hemagglutinin at 2 mg/ml is complexed with the Fab at a molar ratio 1:3 (HA:Fab). The sample is incubated for 30min at RT and diluted with TBS to a final concentration of 0.2 mg/ml
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K
詳細: Blotting time: 5.5 s Blotting force: 0 Waiting time: 7 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 36000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 49.88 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 958

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARCv3.2.0粒子像選択blob picker
4Gctf1.06CTF補正
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 123683 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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