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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r2k | ||||||||||||
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タイトル | elongated Cascade complex from type I-A CRISPR-Cas system | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN / elongated Cascade complex / cascade / type I-A / genome editing (ゲノム編集) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exonuclease activity / helicase activity / endonuclease activity / defense response to virus / nucleic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hu, C. / Ni, D. / Nam, K.H. / Terns, M. / Stahlberg, H. / Ke, A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, スイス, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural snapshots for an atypic type I CRISPR-Cas system 著者: Ni, D. / Hu, C. / Nam, K.H. / Terns, M. / Stahlberg, H. / Ke, A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7r2k.cif.gz | 954.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7r2k.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7r2k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r2k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 14245MC 7r21C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-CRISPR-associated ... , 2種, 2分子 AQ
#1: タンパク質 | 分子量: 74475.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: cas3, PFDSM3638_03195 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5C0XNV5 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 27130.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: cas3, cas3'', PF0639 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8U336, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
-タンパク質 , 4種, 19分子 CEFGHIJKLMNOPRTVWSY
#2: タンパク質 | 分子量: 12208.933 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF0643 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U332 #4: タンパク質 | 分子量: 36989.148 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF0642 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U333 #6: タンパク質 | | 分子量: 29147.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: cas5a, PFDSM3638_03200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5C0XNV9 #9: タンパク質 | | 分子量: 38800.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF0637 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U338 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 DX
#3: DNA鎖 | 分子量: 2788.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 1126.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
-RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 3分子 U
#10: 化合物 | #7: RNA鎖 | | 分子量: 18389.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: elongated Cascade complex from Pyrococcus furiosus type I-A CRISPR/Cas system タイプ: COMPLEX / 詳細: Cascade alone / Entity ID: #1-#9 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.55 MDa / 実験値: YES |
緩衝液 | pH: 7.5 |
緩衝液成分 | 濃度: 150 mM / 名称: sodium chloride塩化ナトリウム / 式: NaCl塩化ナトリウム |
試料 | 濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: 4s force 0 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 8500 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49699 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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