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万見
- PDB-7nad: State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - Spb4 l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nad
タイトルState E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - Spb4 local refinement model
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 11
  • (Ribosome biogenesis protein ...リボソーム生合成) x 2
  • 25S rRNA
  • 5.8S rRNA5.8SリボソームRNA
  • NOC2 isoform 1
  • NOC3 isoform 1
  • Nucleolar GTP-binding protein 1
  • Pescadillo homolog
  • RLP7 isoform 1
  • RPL38 isoform 1
  • RPL8A isoform 1
  • RRP17 isoform 1
  • SPB1 isoform 1
  • SPB4 isoform 1
  • YTM1 isoform 1
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / DEAD-box ATPases / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / nucleolus (核小体)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal subunit export from nucleus / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits ...: / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal subunit export from nucleus / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / regulation of translational fidelity / ribonucleoprotein complex binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / assembly of large subunit precursor of preribosome / maintenance of translational fidelity / ribosomal large subunit assembly / rRNA processing / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / RNA helicase activity / rRNA binding / リボソーム / hydrolase activity / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / 核小体 / RNA binding / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nucleolar protein 12 / Nucleolar protein 12 (25kDa) / Nucleolar complex protein 2 / Noc2p family / Nucleolar complex-associated protein 3, N-terminal / Nucleolar complex-associated protein 3 / Nucleolar complex-associated protein / WD repeat WDR12/Ytm1 / Ribosomal RNA methyltransferase, SPB1-like, C-terminal / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, domain of unknown function DUF3381 ...Nucleolar protein 12 / Nucleolar protein 12 (25kDa) / Nucleolar complex protein 2 / Noc2p family / Nucleolar complex-associated protein 3, N-terminal / Nucleolar complex-associated protein 3 / Nucleolar complex-associated protein / WD repeat WDR12/Ytm1 / Ribosomal RNA methyltransferase, SPB1-like, C-terminal / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, domain of unknown function DUF3381 / AdoMet-dependent rRNA methyltransferase SPB1-like / Spb1 C-terminal domain / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, DUF3381 / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase E / CCAAT-binding factor / CBF/Mak21 family / Domain of unknown function DUF4217 / Domain of unknown function (DUF4217) / DUF4217 / NLE / NLE (NUC135) domain / NOG, C-terminal / Nucleolar GTP-binding protein 1 / NOGCT (NUC087) domain / Nucleolar GTP-binding protein 1, Rossman-fold domain / NOG1, N-terminal helical domain / Nucleolar GTP-binding protein 1 (NOG1) / NOG1 N-terminal helical domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / GTP binding domain / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L34e, conserved site / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L30e signature 2. / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L37ae/L37e / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7/L30 / Ribosomal protein L37e signature. / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Helicase conserved C-terminal domain / Ribosomal protein L23/L25, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RPL38 isoform 1 / Ribosome biogenesis protein RLP24 / RRP17 isoform 1 / AdoMet-dependent rRNA methyltransferase SPB1 / Ribosome biogenesis protein YTM1 / NOC2 isoform 1 / RLP7 isoform 1 ...リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RPL38 isoform 1 / Ribosome biogenesis protein RLP24 / RRP17 isoform 1 / AdoMet-dependent rRNA methyltransferase SPB1 / Ribosome biogenesis protein YTM1 / NOC2 isoform 1 / RLP7 isoform 1 / Nucleolar complex-associated protein 3 / 60S ribosomal protein L8 / SPB4 isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL34A / Nucleolar GTP-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Cruz, V.E. / Sekulski, K. / Peddada, N. / Erzberger, J.P.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135617-01 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR150074 米国
Robert A. Welch FoundationI-1897 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Sequence-specific remodeling of a topologically complex RNP substrate by Spb4.
著者: Victor Emmanuel Cruz / Kamil Sekulski / Nagesh Peddada / Carolin Sailer / Sahana Balasubramanian / Christine S Weirich / Florian Stengel / Jan P Erzberger /
要旨: DEAD-box ATPases are ubiquitous enzymes essential in all aspects of RNA biology. However, the limited in vitro catalytic activities described for these enzymes are at odds with their complex cellular ...DEAD-box ATPases are ubiquitous enzymes essential in all aspects of RNA biology. However, the limited in vitro catalytic activities described for these enzymes are at odds with their complex cellular roles, most notably in driving large-scale RNA remodeling steps during the assembly of ribonucleoproteins (RNPs). We describe cryo-EM structures of 60S ribosomal biogenesis intermediates that reveal how context-specific RNA unwinding by the DEAD-box ATPase Spb4 results in extensive, sequence-specific remodeling of rRNA secondary structure. Multiple cis and trans interactions stabilize Spb4 in a post-catalytic, high-energy intermediate that drives the organization of the three-way junction at the base of rRNA domain IV. This mechanism explains how limited strand separation by DEAD-box ATPases is leveraged to provide non-equilibrium directionality and ensure efficient and accurate RNP assembly.
履歴
登録2021年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: 25S rRNA
2: 5.8S rRNA
5: RRP17 isoform 1
8: NOC2 isoform 1
B: 60S ribosomal protein L3
G: RPL8A isoform 1
I: NOC3 isoform 1
P: 60S ribosomal protein L17-A
R: 60S ribosomal protein L19-A
U: 60S ribosomal protein L22-A
V: 60S ribosomal protein L23-A
X: 60S ribosomal protein L25
Z: 60S ribosomal protein L27-A
b: Nucleolar GTP-binding protein 1
c: 60S ribosomal protein L30
d: 60S ribosomal protein L31-A
g: 60S ribosomal protein L34-A
k: RPL38 isoform 1
m: Ribosome biogenesis protein ERB1
n: Pescadillo homolog
p: YTM1 isoform 1
t: RLP7 isoform 1
u: Ribosome biogenesis protein RLP24
w: SPB1 isoform 1
j: 60S ribosomal protein L37-A
x: SPB4 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,068,09227
ポリマ－1,068,02726
非ポリマー651
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area100720 Å2
ΔGint-706 kcal/mol
Surface area262500 Å2

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要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 12

#1: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 225356.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741
#2: RNA鎖 5.8S rRNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 23067.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741

-
タンパク質 , 11種, 11分子 58GIbknptwx

#3: タンパク質 RRP17 isoform 1


分子量: 28032.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A6A5Q2X9
#4: タンパク質 NOC2 isoform 1


分子量: 81719.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A8H4BX61
#6: タンパク質 RPL8A isoform 1


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A8H4C0K3
#7: タンパク質 NOC3 isoform 1


分子量: 75689.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A8H4BYD1
#14: タンパク質 Nucleolar GTP-binding protein 1


分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q02892
#18: タンパク質 RPL38 isoform 1


分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A6A5PUL8
#20: タンパク質 Pescadillo homolog


分子量: 12445.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741
#21: タンパク質 YTM1 isoform 1


分子量: 51426.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A8H4BV53
#22: タンパク質 RLP7 isoform 1


分子量: 36621.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A8H4BY26
#24: タンパク質 SPB1 isoform 1


分子量: 96656.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A8H4BSI2
#26: タンパク質 SPB4 isoform 1


分子量: 69492.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A8H8UL81

-
60S ribosomal protein ... , 11種, 11分子 BPRUVXZcdgj

#5: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / / Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin ...Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P14126
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / リボソーム / L20A / Large ribosomal subunit protein uL22-A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P05740
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A / リボソーム / L23 / Large ribosomal subunit protein eL19-A / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX82
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L22-A / リボソーム / L1c / Large ribosomal subunit protein eL22-A / RP4 / YL31


分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P05749
#11: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L23-A / リボソーム


分子量: 4023.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / / Large ribosomal subunit protein uL23 / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P04456
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L27-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL27-A


分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0C2H6
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / / L32 / Large ribosomal subunit protein eL30 / RP73 / YL38


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P14120
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L31-A / リボソーム / L34 / Large ribosomal subunit protein eL31-A / YL28


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0C2H8
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L34-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL34-A


分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P87262
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A / リボソーム / L43 / Large ribosomal subunit protein eL37-A / YL35 / YP55


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P49166

-
Ribosome biogenesis protein ... , 2種, 2分子 mu

#19: タンパク質 Ribosome biogenesis protein ERB1 / リボソーム生合成


分子量: 48685.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741
#23: タンパク質 Ribosome biogenesis protein RLP24 / リボソーム生合成


分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A6A5PUP3

-
非ポリマー , 1種, 1分子

#27: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4.
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#26 / 由来: NATURAL
分子量値: 3.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMBis-Tris-PropaneCH2[CH2NHC(CH2OH)3]21
2150 mMSodium Chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
310 mMMagnesium ChlorideMgCl21
41 mMTCEPC9H15O6PHCl1
50.01 % (w/v)NP-401
試料濃度: 0.45 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.05 sec. / 電子線照射量: 1.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4523

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 825096
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 198000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 17 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002445451
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.519764858
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03777899
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00385386
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.895819665

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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