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- PDB-7dz8: State transition supercomplex PSI-LHCI-LHCII from the LhcbM1 lack... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dz8
タイトルState transition supercomplex PSI-LHCI-LHCII from the LhcbM1 lacking mutant of Chlamydomonas reinhardtii
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...Light-harvesting complexes of green plants) x 12
  • (Photosystem I ...光化学系I) x 12
  • PSI subunit V
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / Supercomplex / state transition (状態遷移表) / green alga (緑藻) / Chlamydomonas reinhardtii
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaO / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK ...Photosystem I PsaO / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Β-カロテン / CHLOROPHYLL B / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-NEX / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター ...Β-カロテン / CHLOROPHYLL B / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-NEX / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター / Chem-XAT / Photosystem I reaction center subunit VIII / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Uncharacterized protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Pan, X.W. / Li, A.J. / Liu, Z.F. / Li, M.
資金援助 中国, 日本, 8件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503702 中国
Chinese Academy of SciencesXDB27020106 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37020101 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31925024 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930064 中国
Chinese Academy of SciencesZDBS-LY-SM003 中国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H06553 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP15H05599 日本
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2021
タイトル: Structural basis of LhcbM5-mediated state transitions in green algae.
著者: Xiaowei Pan / Ryutaro Tokutsu / Anjie Li / Kenji Takizawa / Chihong Song / Kazuyoshi Murata / Tomohito Yamasaki / Zhenfeng Liu / Jun Minagawa / Mei Li /
要旨: In green algae and plants, state transitions serve as a short-term light-acclimation process in the regulation of the light-harvesting capacity of photosystems I and II (PSI and PSII, respectively). ...In green algae and plants, state transitions serve as a short-term light-acclimation process in the regulation of the light-harvesting capacity of photosystems I and II (PSI and PSII, respectively). During the process, a portion of light-harvesting complex II (LHCII) is phosphorylated, dissociated from PSII and binds with PSI to form the supercomplex PSI-LHCI-LHCII. Here, we report high-resolution structures of PSI-LHCI-LHCII from Chlamydomonas reinhardtii, revealing the mechanism of assembly between the PSI-LHCI complex and two phosphorylated LHCII trimers containing all four types of LhcbM protein. Two specific LhcbM isoforms, namely LhcbM1 and LhcbM5, directly interact with the PSI core through their phosphorylated amino terminal regions. Furthermore, biochemical and functional studies on mutant strains lacking either LhcbM1 or LhcbM5 indicate that only LhcbM5 is indispensable in supercomplex formation. The results unravel the specific interactions and potential excitation energy transfer routes between green algal PSI and two phosphorylated LHCIIs.
履歴
登録2021年1月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年7月21日Group: Data collection / Database references / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _citation.country ..._chem_comp.formula / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30926
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
E: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
F: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
G: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
H: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
L: PSI subunit V
O: Photosystem I subunit O
1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
a: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
6: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
7: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
8: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
9: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
X: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Y: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Z: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
U: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
V: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
W: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,132,208500
ポリマ－750,21029
非ポリマー381,999471
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I ... , 12種, 12分子 ABCDEFGHIJKO

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / 光化学系I / PSI-A / PsaA


分子量: 83239.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P12154, 光化学系I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / 光化学系I / PSI-B / PsaB


分子量: 82184.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P09144, 光化学系I
#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 光化学系I / PsaC


分子量: 8869.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q00914, 光化学系I
#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / 光化学系I / Photosystem I 20 kDa subunit / PSI-D


分子量: 21372.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q39615
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / 光化学系I / PSI-E / P30 protein / Photosystem I 8.1 kDa protein


分子量: 10786.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P12352
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / 光化学系I / Light-harvesting complex I 17 kDa protein / P21 protein / PSI-F


分子量: 24088.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P12356
#7: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / 光化学系I / Light-harvesting complex I 10 kDa protein / P35 protein / PSI-G


分子量: 13236.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P14224
#8: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / 光化学系I / PSI-H / Light-harvesting complex I 11 kDa protein / P28 protein


分子量: 14173.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P13352
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VIII / 光化学系I / Photosystem I reaction center subunit I


分子量: 10586.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IFG7
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / 光化学系I / Photosystem I reaction center subunit J / PSI-J


分子量: 4750.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P59777
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / 光化学系I / Light-harvesting complex I 8.4 kDa protein / P37 protein / PSI-K / Photosystem I subunit X


分子量: 11214.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P14225
#13: タンパク質 Photosystem I subunit O / 光化学系I


分子量: 13753.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JCL6

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タンパク質 , 1種, 1分子 L

#12: タンパク質 PSI subunit V


分子量: 20300.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IL32

-
Chlorophyll a-b binding protein, ... , 12種, 16分子 1a23456789XWYZUV

#14: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 23923.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q05093
#15: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 26951.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IKC8
#16: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 32629.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JF10
#17: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 28729.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q75VZ0
#18: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 28257.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q75VY8
#19: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 27812.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q75VY6
#20: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Lhca7


分子量: 26248.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q84Y02
#21: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 25948.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q75VY7
#22: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 22867.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8ITV3
#23: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 26675.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q93WE0
#24: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 27405.008 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q93WL4
#25: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 28796.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q9ZSJ4

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糖 , 2種, 8分子

#31: 糖
ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#33: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

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非ポリマー , 10種, 463分子

#26: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#27: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#28: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#29: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#30: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#32: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#34: 化合物...
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN / ルテイン


分子量: 568.871 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#35: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#36: 化合物
ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#37: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b


分子量: 907.472 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: State transition complex PSI-LHCI-LHCII from green algae
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#25 / 由来: NATURAL
分子量実験値: YES
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 1.5625 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 123997 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0173610
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.645105293
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.86923433
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.2568767
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00914002

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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