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- PDB-6yk8: OTU-like deubiquitinase from Legionella -Lpg2529 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yk8
タイトルOTU-like deubiquitinase from Legionella -Lpg2529
要素Uncharacterized protein
キーワードCELL INVASION / deubiquitinase (脱ユビキチン化酵素) / legionella (レジオネラ) / OTU / effector protein (エフェクター (生化学))
機能・相同性: / Dot/Icm T4SS effector
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Shin, D. / Dikic, I.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Bacterial OTU deubiquitinases regulate substrate ubiquitination upon Legionella infection.
著者: Shin, D. / Bhattacharya, A. / Cheng, Y.L. / Alonso, M.C. / Mehdipour, A.R. / van der Heden van Noort, G.J. / Ovaa, H. / Hummer, G. / Dikic, I.
履歴
登録2020年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,45512
ポリマ－69,5042
非ポリマー1,95110
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area29160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.534, 140.979, 57.437
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 34752.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (レジオネラ・ニューモフィラ)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg2529 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZSI8
#2: 化合物
ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25 % PEG3350, 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 200 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.070333 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.070333 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→44.53 Å / Num. obs: 23185 / % possible obs: 99.23 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 61.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03065 / Net I/σ(I): 14.85
反射 シェル解像度: 2.42→2.506 Å / Rmerge(I) obs: 0.3765 / Num. unique obs: 2278 / CC1/2: 0.811

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.42→44.53 Å / SU ML: 0.4094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.9252
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2831 1109 4.79 %
Rwork0.2285 --
obs0.2312 23154 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 76.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→44.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4372 0 10 1 4383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00854464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99356041
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0547683
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064779
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7505588
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.42-2.530.42351040.32582779X-RAY DIFFRACTION99.48
2.53-2.660.36481500.29482719X-RAY DIFFRACTION99.55
2.66-2.830.37891530.28522727X-RAY DIFFRACTION99.52
2.83-3.050.35421600.27412734X-RAY DIFFRACTION98.67
3.05-3.360.32991410.26252759X-RAY DIFFRACTION99.76
3.36-3.840.33031460.24292803X-RAY DIFFRACTION99.46
3.84-4.840.24541260.19922742X-RAY DIFFRACTION98.83
4.84-44.530.22311290.19982782X-RAY DIFFRACTION98.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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