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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6x6a | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of NLRP1-DPP9 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / NLRP1 / DPP9 / inflammasome (インフラマソーム) / Val-boroPro (VbP) / talabostat / innate immunity (自然免疫系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NLRP1 inflammasome complex assembly / cysteine-type endopeptidase activator activity / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / The NLRP1 inflammasome / DPP-4 / self proteolysis / dipeptidyl-peptidase activity / negative regulation of programmed cell death / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 ...NLRP1 inflammasome complex assembly / cysteine-type endopeptidase activator activity / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / The NLRP1 inflammasome / DPP-4 / self proteolysis / dipeptidyl-peptidase activity / negative regulation of programmed cell death / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / pattern recognition receptor activity / pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to UV-B / stress-activated protein kinase signaling cascade / pyroptotic inflammatory response / cell leading edge / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / antiviral innate immune response / response to muramyl dipeptide / signaling adaptor activity / aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein homooligomerization / positive regulation of inflammatory response / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / : / double-stranded RNA binding / peptidase activity / regulation of inflammatory response / double-stranded DNA binding / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / defense response to virus / 微小管 / defense response to bacterium / protein domain specific binding / apoptotic process / 核小体 / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Hollingsworth, L.R. / Sharif, H. / Griswold, A.R. / Fontana, P. / Mintseris, J. / Dagbay, K.B. / Paulo, J.A. / Gygi, S.P. / Bachovchin, D.A. / Wu, H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: DPP9 sequesters the C terminus of NLRP1 to repress inflammasome activation. 著者: L Robert Hollingsworth / Humayun Sharif / Andrew R Griswold / Pietro Fontana / Julian Mintseris / Kevin B Dagbay / Joao A Paulo / Steven P Gygi / Daniel A Bachovchin / Hao Wu / 要旨: Nucleotide-binding domain and leucine-rich repeat pyrin-domain containing protein 1 (NLRP1) is an inflammasome sensor that mediates the activation of caspase-1 to induce cytokine maturation and ...Nucleotide-binding domain and leucine-rich repeat pyrin-domain containing protein 1 (NLRP1) is an inflammasome sensor that mediates the activation of caspase-1 to induce cytokine maturation and pyroptosis. Gain-of-function mutations of NLRP1 cause severe inflammatory diseases of the skin. NLRP1 contains a function-to-find domain that auto-proteolyses into noncovalently associated subdomains, and proteasomal degradation of the repressive N-terminal fragment of NLRP1 releases its inflammatory C-terminal fragment (NLRP1 CT). Cytosolic dipeptidyl peptidases 8 and 9 (hereafter, DPP8/DPP9) both interact with NLRP1, and small-molecule inhibitors of DPP8/DPP9 activate NLRP1 by mechanisms that are currently unclear. Here we report cryo-electron microscopy structures of the human NLRP1-DPP9 complex alone and with Val-boroPro (VbP), an inhibitor of DPP8/DPP9. The structures reveal a ternary complex that comprises DPP9, full-length NLRP1 and the NLRPT CT. The binding of the NLRP1 CT to DPP9 requires full-length NLRP1, which suggests that NLRP1 activation is regulated by the ratio of NLRP1 CT to full-length NLRP1. Activation of the inflammasome by ectopic expression of the NLRP1 CT is consistently rescued by co-expression of autoproteolysis-deficient full-length NLRP1. The N terminus of the NLRP1 CT inserts into the DPP9 active site, and VbP disrupts this interaction. Thus, VbP weakens the NLRP1-DPP9 interaction and accelerates degradation of the N-terminal fragment to induce inflammasome activation. Overall, these data demonstrate that DPP9 quenches low levels of NLRP1 CT and thus serves as a checkpoint for activation of the NLRP1 inflammasome. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6x6a.cif.gz | 494.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6x6a.ent.gz | 374.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6x6a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 22074MC 6x6cC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10594 (タイトル: Human NLRP1-DPP9 complex / Data size: 2.3 TB Data #1: Unaligned multi frame micographs of NLRP1-DPP9-Apo-noTILT dataset [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned multi frame micographs of NLRP1-DPP9-Apo-TILT dataset [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 98384.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP9, DPRP2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86TI2, DPP-4 #2: タンパク質 | 分子量: 136327.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP1, CARD7, DEFCAP, KIAA0926, NAC, NALP1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9C000 #3: タンパク質 | 分子量: 29760.740 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP1, CARD7, DEFCAP, KIAA0926, NAC, NALP1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9C000 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: DPP9-NLRP1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 / プラスミド: pcDNA3.1 |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 25 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS | ||||||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: その他 / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN | ||||||||||||||||||
電子レンズ | モード: OTHER / 倍率(補正後): 10500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1000 nm / Cs: 2.7 mm | ||||||||||||||||||
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER | ||||||||||||||||||
撮影 | Imaging-ID: 1 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
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-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 11197166 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 179306 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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