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万見
- PDB-6uy0: Cryo-EM structure of wild-type bovine multidrug resistance protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uy0
タイトルCryo-EM structure of wild-type bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) under active turnover conditions
要素Multidrug resistance-associated protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ABC transporter / multidrug resistance (多剤耐性) / outward facing / MRP1
機能・相同性
機能・相同性情報


Heme degradation / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / cyclic nucleotide transport / Transport of RCbl within the body / Paracetamol ADME / leukotriene transport / glutathione transmembrane transporter activity / glutathione transmembrane transport / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity ...Heme degradation / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / cyclic nucleotide transport / Transport of RCbl within the body / Paracetamol ADME / leukotriene transport / glutathione transmembrane transporter activity / glutathione transmembrane transport / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / ABC-family proteins mediated transport / Cytoprotection by HMOX1 / ABC-type xenobiotic transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / xenobiotic transport / lipid transport / xenobiotic transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / positive regulation of inflammatory response / basolateral plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Multi drug resistance-associated protein / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Multi drug resistance-associated protein / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / コレステロール / Multidrug resistance-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Johnson, Z.L. / Chen, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Characterization of the kinetic cycle of an ABC transporter by single-molecule and cryo-EM analyses.
著者: Ling Wang / Zachary Lee Johnson / Michael R Wasserman / Jesper Levring / Jue Chen / Shixin Liu /
要旨: ATP-binding cassette (ABC) transporters are molecular pumps ubiquitous across all kingdoms of life. While their structures have been widely reported, the kinetics governing their transport cycles ...ATP-binding cassette (ABC) transporters are molecular pumps ubiquitous across all kingdoms of life. While their structures have been widely reported, the kinetics governing their transport cycles remain largely unexplored. Multidrug resistance protein 1 (MRP1) is an ABC exporter that extrudes a variety of chemotherapeutic agents and native substrates. Previously, the structures of MRP1 were determined in an inward-facing (IF) or outward-facing (OF) conformation. Here, we used single-molecule fluorescence spectroscopy to track the conformational changes of bovine MRP1 (bMRP1) in real time. We also determined the structure of bMRP1 under active turnover conditions. Our results show that substrate stimulates ATP hydrolysis by accelerating the IF-to-OF transition. The rate-limiting step of the transport cycle is the dissociation of the nucleotide-binding-domain dimer, while ATP hydrolysis per se does not reset MRP1 to the resting state. The combination of structural and kinetic data illustrates how different conformations of MRP1 are temporally linked and how substrate and ATP alter protein dynamics to achieve active transport.
履歴
登録2019年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20945
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug resistance-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,0068
ポリマ－172,8631
非ポリマー2,1437
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Multidrug resistance-associated protein 1 / ATP-binding cassette sub-family C member 1 / Glutathione-S-conjugate-translocating ATPase ABCC1 / ...ATP-binding cassette sub-family C member 1 / Glutathione-S-conjugate-translocating ATPase ABCC1 / Leukotriene C(4) transporter / LTC4 transporter


分子量: 172862.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ABCC1, MRP1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8HXQ5, ABC-type xenobiotic transporter, ABC-type glutathione-S-conjugate transporter
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.17 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S GntI- / プラスミド: Baculovirus
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
1150 mMKCl1
250 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
32 mMMgCl21
42 mMDTT1
50.06 %Digitoninジギトニン1
63 mMFos-Choline-8, fluorinated1
710 mMATP-Mg1
880 uMLeukotriene C41
92.5 %DMSOジメチルスルホキシド1
試料濃度: 5.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 29000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 80 K
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 75 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3993
画像スキャン横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0253 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7Coot0.8.7モデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.11モデル精密化
14REFMACCCP4 7.0モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1143729
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81078 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 6BHU

6bhu


Accession code: 6BHU / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 3.23→143 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / ESU R: 0.61
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.34282 --
obs0.34282 70693 99.99 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 139.941 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.89 Å2-1.75 Å20.01 Å2
2--1.21 Å2-0.35 Å2
3---1.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 9684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0030.0139892
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0350.0179506
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.2971.62713450
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg2.2921.56721990
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.22351206
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg29.50522.078462
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.363151719
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg16.1461556
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0520.21315
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0030.0210753
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0030.022049
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it3.60414.9424836
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other3.60414.9414835
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it5.94922.4346038
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other5.94822.4356039
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it3.45715.3685056
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other3.45715.3695057
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other5.9622.9297413
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined9.87711476
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other9.87711477
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.23→3.314 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.951 5204 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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