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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tsk | ||||||
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タイトル | Beta-galactosidase in complex with L-ribose | ||||||
要素 | Beta-galactosidase | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Bgal / L-ribose | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 organic substance catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Saur, M. / Hartshorn, M.J. / Dong, J. / Reeks, J. / Bunkoczi, G. / Jhoti, H. / Williams, P.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Drug Discov Today / 年: 2020 タイトル: Fragment-based drug discovery using cryo-EM. 著者: Michael Saur / Michael J Hartshorn / Jing Dong / Judith Reeks / Gabor Bunkoczi / Harren Jhoti / Pamela A Williams / 要旨: Recent advances in electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure determination have pushed the resolutions obtainable by the method into the range widely considered to be of utility for drug discovery. ...Recent advances in electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure determination have pushed the resolutions obtainable by the method into the range widely considered to be of utility for drug discovery. Here, we review the use of cryo-EM in fragment-based drug discovery (FBDD) based on in-house method development. We demonstrate not only that cryo-EM can reveal details of the molecular interactions between fragments and a protein, but also that the current reproducibility, quality, and throughput are compatible with FBDD. We exemplify this using the test system β-galactosidase (Bgal) and the oncology target pyruvate kinase 2 (PKM2). | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tsk.cif.gz | 823.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tsk.ent.gz | 668.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tsk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tsk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tsk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 10564MC 6tshC 6tteC 6ttfC 6tthC 6ttiC 6ttqC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10646 (タイトル: Beta-galactosidase in complex with L-ribose / Data size: 669.1 Data #1: Data from EPU (movies have been converted to compressed TIF) [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 118395.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: lacZ / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8VNN2, UniProt: L0N6M2*PLUS, beta-galactosidase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 糖 | ChemComp-0MK / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Beta-galactosidase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.464 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain RH2 (ヘルペスウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET-15b |
緩衝液 | pH: 6.8 |
試料 | 濃度: 0.17 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 平均露光時間: 59.98 sec. / 電子線照射量: 66.83 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 517 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0222 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3.04 / カテゴリ: 3次元再構成 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 124686 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40086 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / 最高解像度: 2.3 Å / SU B: 3.978 / SU ML: 0.086 / ESU R: 0.171 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.347 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 33632 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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