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万見
- PDB-6rwy: Export apparatus core and inner rod of the Shigella type 3 secret... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rwy
タイトルExport apparatus core and inner rod of the Shigella type 3 secretion system
要素
  • (Inner rod protein) x 2
  • (Surface presentation of antigens protein ...) x 3
  • Protein MxiH
キーワードPROTEIN TRANSPORT / type 3 secretion system / shigella (赤痢菌) / protein translocation / injectisome
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / protein secretion / protein targeting / 細胞膜 / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Type III secretion protein SpaR/YscT / Type III secretion protein HrpO / Yop virulence translocation protein R / Type III secretion system inner membrane R protein / Bacterial export protein family 3 / Bacterial export proteins, family 1 / Bacterial export proteins, family 3 / Flagella transport protein fliP family signature 1. / Type III secretion system inner membrane P protein / FliP family ...Type III secretion protein SpaR/YscT / Type III secretion protein HrpO / Yop virulence translocation protein R / Type III secretion system inner membrane R protein / Bacterial export protein family 3 / Bacterial export proteins, family 1 / Bacterial export proteins, family 3 / Flagella transport protein fliP family signature 1. / Type III secretion system inner membrane P protein / FliP family / Flagella transport protein fliP family signature 2. / Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Surface presentation of antigens protein SpaP / Surface presentation of antigens protein SpaQ / Surface presentation of antigens protein SpaR / Type 3 secretion system needle filament protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.11 Å
データ登録者Lunelli, M. / Kamprad, A.
資金援助2件
組織認可番号国
European Research Council311371
European Union653706
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the Shigella type III needle complex.
著者: Michele Lunelli / Antje Kamprad / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Christian M T Spahn / Michael Kolbe /
要旨: The Type III Secretion Systems (T3SS) needle complex is a conserved syringe-shaped protein translocation nanomachine with a mass of about 3.5 MDa essential for the survival and virulence of many Gram- ...The Type III Secretion Systems (T3SS) needle complex is a conserved syringe-shaped protein translocation nanomachine with a mass of about 3.5 MDa essential for the survival and virulence of many Gram-negative bacterial pathogens. This system is composed of a membrane-embedded basal body and an extracellular needle that deliver effector proteins into host cells. High-resolution structures of the T3SS from different organisms and infection stages are needed to understand the underlying molecular mechanisms of effector translocation. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of the isolated Shigella T3SS needle complex. The inner membrane (IM) region of the basal body adopts 24-fold rotational symmetry and forms a channel system that connects the bacterial periplasm with the export apparatus cage. The secretin oligomer adopts a heterogeneous architecture with 16- and 15-fold cyclic symmetry in the periplasmic N-terminal connector and C-terminal outer membrane ring, respectively. Two out of three IM subunits bind the secretin connector via a β-sheet augmentation. The cryo-EM map also reveals the helical architecture of the export apparatus core, the inner rod, the needle and their intervening interfaces.
履歴
登録2019年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10046
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10046
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inner rod protein
B: Inner rod protein
C: Inner rod protein
D: Inner rod protein
E: Inner rod protein
F: Inner rod protein
G: Inner rod protein
H: Inner rod protein
I: Inner rod protein
J: Inner rod protein
K: Inner rod protein
L: Protein MxiH
M: Protein MxiH
N: Protein MxiH
O: Protein MxiH
P: Protein MxiH
Q: Protein MxiH
R: Protein MxiH
S: Protein MxiH
T: Protein MxiH
U: Protein MxiH
V: Protein MxiH
a: Surface presentation of antigens protein SpaP
b: Surface presentation of antigens protein SpaP
c: Surface presentation of antigens protein SpaP
d: Surface presentation of antigens protein SpaP
e: Surface presentation of antigens protein SpaP
f: Surface presentation of antigens protein SpaR
g: Surface presentation of antigens protein SpaQ
h: Surface presentation of antigens protein SpaQ
i: Surface presentation of antigens protein SpaQ
j: Surface presentation of antigens protein SpaQ
k: Surface presentation of antigens protein SpaQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)379,81033
ポリマ－379,81033
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area88950 Å2
ΔGint-895 kcal/mol
Surface area133610 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 3種, 22分子 AGHIJKBCDEFLMNOPQRSTUV

#1: タンパク質
Inner rod protein


分子量: 5039.203 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Alanine polypeptide because sequence uncertain
由来: (天然) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
Variant: M90T
#2: タンパク質
Inner rod protein


分子量: 6230.672 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Alanine polypeptide because sequence uncertain
由来: (天然) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
Variant: M90T
#3: タンパク質
Protein MxiH


分子量: 11060.279 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal strep-tag II and factor Xa cleaveage site.
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: mxiH, CP0137 / Variant: M90T / プラスミド: pASK-IBA5plus
発現宿主: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
Variant (発現宿主): M90T / 参照: UniProt: P0A223

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Surface presentation of antigens protein ... , 3種, 11分子 abcdefghijk

#4: タンパク質
Surface presentation of antigens protein SpaP / Spa24 protein


分子量: 24215.562 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
Variant: M90T / 参照: UniProt: P0A1L3
#5: タンパク質 Surface presentation of antigens protein SpaR / Spa29 protein


分子量: 28513.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
Variant: M90T / 参照: UniProt: P0A1M6
#6: タンパク質
Surface presentation of antigens protein SpaQ / Protein spa9


分子量: 9433.338 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
Variant: M90T / 参照: UniProt: P0A1M4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Export apparatus core, inner rod and start of the needle of the Shigella type 3 secretion systemCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Export apparatus coreCOMPLEX#4-#61NATURAL
3Inner rodCOMPLEX#1-#21NATURAL
4NeedleCOMPLEX#31RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
41NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
32Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)623M90T
43Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)623M90T
54Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)623M90T
由来(組換発現)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Isolated needle complex in detergent solution
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K
詳細: Sample applied on grid 5 ul, incubation time 5 min on ice, then moved into Vitrobot and 5 ul sample applied again. Blot time: 2 sec Blot force: -2 Drain time: 0 sec

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 101179 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5238
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3409: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.4粒子像選択
4CTFFIND3.5CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
8iMODFIT1.44モデルフィッティング
10RELION2.1初期オイラー角割当
11RELION2.1最終オイラー角割当
12RELION2.1分類
13RELION2.1３次元再構成
14PHENIX3409モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 171833
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 5.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72298 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 162 / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
16F2D

6f2d

A6F2D1
26F2D

6f2d

F6F2D1
36F2D

6f2d

G6F2D1
42MME

2mme

2MME2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00423012
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.80531354
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.6113779
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0433890
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063985

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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