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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6psp | |||||||||
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タイトル | Adenylate kinase from Methanococcus igneus - AP5A bound form | |||||||||
要素 | Adenylate kinase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / adenylate kinase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Methanotorris igneus (古細菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.252 Å | |||||||||
データ登録者 | Moon, S. / Kim, J. / Bae, E. / Phillips Jr., G.N. | |||||||||
資金援助 | 韓国, 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Adenylate kinase from Methanococcus igneus - AMP bound form 著者: Bae, E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6psp.cif.gz | 661.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6psp.ent.gz | 560.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6psp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/6psp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/6psp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 2 - 192 / Label seq-ID: 2 - 192
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22501.016 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanotorris igneus (古細菌) / 遺伝子: adkA, adk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43408, adenylate kinase #2: 化合物 | ChemComp-AP5 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 4mM AP5A 17% (w/v) polyethylene 33500, 250 mM sodium malonate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.997933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.997933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→33.189 Å / Num. obs: 227650 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 3.85 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.82 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.39 Å / 冗長度: 2.75 % / Num. unique obs: 7203 / CC1/2: 0.282 / % possible all: 70.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.252→33.189 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.74 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 172.45 Å2 / Biso mean: 71.0591 Å2 / Biso min: 37.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.252→33.189 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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