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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nu2 | |||||||||
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タイトル | Structural insights into unique features of the human mitochondrial ribosome recycling | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / mitochondrial ribosome recycling Factor / mtRRF / 55S | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial ribosome binding / rRNA import into mitochondrion / ribosome disassembly / mitochondrial translational termination / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / translation release factor activity, codon nonspecific / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / positive regulation of mitochondrial translation ...mitochondrial ribosome binding / rRNA import into mitochondrion / ribosome disassembly / mitochondrial translational termination / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / translation release factor activity, codon nonspecific / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / negative regulation of mitotic nuclear division / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / ribosomal large subunit binding / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / anatomical structure morphogenesis / 転写後修飾 / rescue of stalled ribosome / cellular response to leukemia inhibitory factor / apoptotic signaling pathway / small ribosomal subunit rRNA binding / 核小体 / ribosomal small subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / regulation of translation / double-stranded RNA binding / 細胞結合 / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / endonuclease activity / 核膜 / ミトコンドリア内膜 / cell population proliferation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / nuclear body / リボソーム / ミトコンドリアマトリックス / structural constituent of ribosome / 細胞周期 / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / nucleotide binding / mRNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / シナプス / apoptotic process / GTP binding / 核小体 / ミトコンドリア / extracellular space / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Sharma, M.R. / Koripella, R.K. / Agrawal, R.K. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Structural insights into unique features of the human mitochondrial ribosome recycling. 著者: Ravi K Koripella / Manjuli R Sharma / Paul Risteff / Pooja Keshavan / Rajendra K Agrawal / 要旨: Mammalian mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are responsible for synthesizing proteins that are essential for oxidative phosphorylation (ATP generation). Despite their common ancestry with ...Mammalian mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are responsible for synthesizing proteins that are essential for oxidative phosphorylation (ATP generation). Despite their common ancestry with bacteria, the composition and structure of the human mitoribosome and its translational factors are significantly different from those of their bacterial counterparts. The mammalian mitoribosome recycling factor (RRF) carries a mito-specific N terminus extension (NTE), which is necessary for the function of RRF Here we present a 3.9-Å resolution cryo-electron microscopic (cryo-EM) structure of the human 55S mitoribosome-RRF complex, which reveals α-helix and loop structures for the NTE that makes multiple mito-specific interactions with functionally critical regions of the mitoribosome. These include ribosomal RNA segments that constitute the peptidyl transferase center (PTC) and those that connect PTC with the GTPase-associated center and with mitoribosomal proteins L16 and L27. Our structure reveals the presence of a tRNA in the pe/E position and a rotation of the small mitoribosomal subunit on RRF binding. In addition, we observe an interaction between the pe/E tRNA and a mito-specific protein, mL64. These findings help understand the unique features of mitoribosome recycling. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nu2.cif.gz | 6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nu2.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6nu2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/6nu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/6nu2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 ABuAA
#1: RNA鎖 | 分子量: 472442.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 17955.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#54: RNA鎖 | 分子量: 589.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#56: RNA鎖 | 分子量: 296318.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
+39S ribosomal protein ... , 47種, 47分子 DEFHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ01234567...
-タンパク質 , 7種, 7分子 opqzA2A3A4
#48: タンパク質 | 分子量: 11316.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQC6 |
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#49: タンパク質 | 分子量: 18024.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14197, peptidyl-tRNA hydrolase |
#50: タンパク質 | 分子量: 15301.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAE8 |
#55: タンパク質 | 分子量: 22590.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96E11 |
#84: タンパク質 | 分子量: 13280.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96BP2 |
#85: タンパク質 | 分子量: 8722.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NWT8 |
#86: タンパク質 | 分子量: 50095.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EY7 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 t
#53: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2400.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
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+28S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZA0A1
-非ポリマー , 2種, 134分子
#87: 化合物 | ChemComp-MG / #88: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structural insights into unique features of the human mitochondrial ribosome bound with mtRRF -Class-1 タイプ: RIBOSOME 詳細: Structure of human mitochondrial ribosome complex with mtRRF -Class-1 Entity ID: #1-#86 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: その他 / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67116 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 97 / プロトコル: OTHER | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3JD5 |