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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j7v | ||||||
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タイトル | Structure of HRPV6 VP5 fitted in the cryoEM density of the spike | ||||||
要素 | VP5 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HRPV6 / spike / envelope protein (エンベロープ (ウイルス)) / fusion protein (融合タンパク質) / archaea (古細菌) / haloarchaea (高度好塩菌) | ||||||
機能・相同性 | Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 生体膜 / VP5 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Halorubrum pleomorphic virus 6 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16 Å | ||||||
データ登録者 | El Omari, K. / Li, S. / Huiskonen, J.T. / Stuart, D.I. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: The structure of a prokaryotic viral envelope protein expands the landscape of membrane fusion proteins. 著者: Kamel El Omari / Sai Li / Abhay Kotecha / Thomas S Walter / Eduardo A Bignon / Karl Harlos / Pentti Somerharju / Felix De Haas / Daniel K Clare / Mika Molin / Felipe Hurtado / Mengqiu Li / ...著者: Kamel El Omari / Sai Li / Abhay Kotecha / Thomas S Walter / Eduardo A Bignon / Karl Harlos / Pentti Somerharju / Felix De Haas / Daniel K Clare / Mika Molin / Felipe Hurtado / Mengqiu Li / Jonathan M Grimes / Dennis H Bamford / Nicole D Tischler / Juha T Huiskonen / David I Stuart / Elina Roine / 要旨: Lipid membrane fusion is an essential function in many biological processes. Detailed mechanisms of membrane fusion and the protein structures involved have been mainly studied in eukaryotic systems, ...Lipid membrane fusion is an essential function in many biological processes. Detailed mechanisms of membrane fusion and the protein structures involved have been mainly studied in eukaryotic systems, whereas very little is known about membrane fusion in prokaryotes. Haloarchaeal pleomorphic viruses (HRPVs) have a membrane envelope decorated with spikes that are presumed to be responsible for host attachment and membrane fusion. Here we determine atomic structures of the ectodomains of the 57-kDa spike protein VP5 from two related HRPVs revealing a previously unreported V-shaped fold. By Volta phase plate cryo-electron tomography we show that VP5 is monomeric on the viral surface, and we establish the orientation of the molecules with respect to the viral membrane. We also show that the viral membrane fuses with the host cytoplasmic membrane in a process mediated by VP5. This sheds light on protein structures involved in prokaryotic membrane fusion. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6j7v.cif.gz | 101.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6j7v.ent.gz | 77.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6j7v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57333.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Halorubrum pleomorphic virus 6 (ウイルス) 参照: UniProt: H9ABP6 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Halorubrum / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.057 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Halorubrum (古細菌) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Halorubrum |
ウイルス殻 | 名称: Envelope封筒 |
緩衝液 | pH: 7.2 |
緩衝液成分 | 濃度: 1.6 M / 名称: sodium chloride塩化ナトリウム / 式: NaCl塩化ナトリウム |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 平均露光時間: 1.6 sec. / 電子線照射量: 1.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6057 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
EM volume selection | Num. of tomograms: 10 / Num. of volumes extracted: 8953 | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / Target criteria: cross correlation | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6QGL PDB chain-ID: A / Accession code: 6QGL / Source name: PDB / タイプ: experimental model |