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- PDB-6g94: Structure of E. coli hydrogenase-1 C19G variant in complex with c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g94
タイトルStructure of E. coli hydrogenase-1 C19G variant in complex with cytochrome b
要素
  • (Hydrogenase-1 ...ヒドロゲナーゼ) x 2
  • Probable Ni/Fe-hydrogenase 1 B-type cytochrome subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / new [4Fe-4S] cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogen metabolic process / [Ni-Fe] hydrogenase complex / 発酵 / ヒドロゲナーゼ (受容体) / anaerobic electron transport chain / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / periplasmic side of plasma membrane / 嫌気呼吸 / ferredoxin hydrogenase activity ...hydrogen metabolic process / [Ni-Fe] hydrogenase complex / 発酵 / ヒドロゲナーゼ (受容体) / anaerobic electron transport chain / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / periplasmic side of plasma membrane / 嫌気呼吸 / ferredoxin hydrogenase activity / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / respiratory electron transport chain / cellular response to starvation / outer membrane-bounded periplasmic space / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / iron ion binding / heme binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit / Nickel-dependent hydrogenases b-type cytochrome subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenases b-type cytochrome subunit signature 2. / Cytochrome b561, bacterial/Ni-hydrogenase / Prokaryotic cytochrome b561 / Fumarate Reductase Cytochrome B subunit / Transmembrane di-heme cytochromes, Chain C / Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit ...Nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit / Nickel-dependent hydrogenases b-type cytochrome subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenases b-type cytochrome subunit signature 2. / Cytochrome b561, bacterial/Ni-hydrogenase / Prokaryotic cytochrome b561 / Fumarate Reductase Cytochrome B subunit / Transmembrane di-heme cytochromes, Chain C / Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Di-haem cytochrome, transmembrane / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / イレギュラー / Up-down Bundle / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fe4S4 / FE3-S4 CLUSTER / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NICKEL (II) ION / 鉄・硫黄クラスター / Probable Ni/Fe-hydrogenase 1 B-type cytochrome subunit / Probable Ni/Fe-hydrogenase 1 B-type cytochrome subunit / Hydrogenase-1 large chain / Hydrogenase-1 small chain / Hydrogenase-1 small chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用
ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2018
タイトル: X-ray structural, functional and computational studies of the O2-sensitive E. coli hydrogenase-1 C19G variant reveal an unusual [4Fe-4S] cluster.
著者: Volbeda, A. / Mouesca, J.M. / Darnault, C. / Roessler, M.M. / Parkin, A. / Armstrong, F.A. / Fontecilla-Camps, J.C.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the O(2)-tolerant membrane-bound hydrogenase 1 from Escherichia coli in complex with its cognate cytochrome b.
著者: Volbeda, A. / Darnault, C. / Parkin, A. / Sargent, F. / Armstrong, F.A. / Fontecilla-Camps, J.C.
#2: ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2013
タイトル: Principles of sustained enzymatic hydrogen oxidation in the presence of oxygen--the crucial influence of high potential Fe-S clusters in the electron relay of [NiFe]-hydrogenases.
著者: Evans, R.M. / Parkin, A. / Roessler, M.M. / Murphy, B.J. / Adamson, H. / Lukey, M.J. / Sargent, F. / Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C. / Armstrong, F.A.
#3: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2012
タイトル: X-ray crystallographic and computational studies of the O2-tolerant [NiFe]-hydrogenase 1 from Escherichia coli.
著者: Volbeda, A. / Amara, P. / Darnault, C. / Mouesca, J.M. / Parkin, A. / Roessler, M.M. / Armstrong, F.A. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2018年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42020年2月5日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref ...entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.52024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
S: Hydrogenase-1 small chain
L: Hydrogenase-1 large chain
T: Hydrogenase-1 small chain
M: Hydrogenase-1 large chain
Q: Hydrogenase-1 small chain
J: Hydrogenase-1 large chain
R: Hydrogenase-1 small chain
K: Hydrogenase-1 large chain
A: Probable Ni/Fe-hydrogenase 1 B-type cytochrome subunit
B: Probable Ni/Fe-hydrogenase 1 B-type cytochrome subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)467,57940
ポリマ－461,33210
非ポリマー6,24730
水12,647702
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.410, 165.030, 206.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11S
21T
31Q
41R
12S
22T
32Q
42R
13S
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33Q
43R
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15S
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110T
210R
111T
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313G
413H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
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1771L288 - 290
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1871L292 - 315
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1781L499
2781M499
3781J499
4781K499
1881L501 - 518
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3191J521 - 522
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3391J543 - 558
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43131H58 - 88
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24131F90 - 120
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15131E122 - 161
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46131H163 - 164
17131E167 - 171
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NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.970771, 0.03411, -0.237571), (0.042785, -0.949401, -0.31114), (-0.236163, -0.31221, 0.920191)-37.929211, 13.40058, -2.48158
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4given(0.46722, -0.038955, -0.883283), (-0.268795, 0.945483, -0.18388), (0.842291, 0.323334, 0.431278)-69.729843, 10.53673, -29.80826
5given(1), (1), (1)
6given(-0.970417, 0.032, -0.239304), (0.044519, -0.950464, -0.30763), (-0.237294, -0.309183, 0.920922)-37.979099, 13.58366, -2.51463
7given(-0.662567, 0.004344, 0.74899), (0.005723, -0.999925, 0.010862), (0.748981, 0.011483, 0.662492)37.24781, 10.2859, -16.75021
8given(0.463731, -0.038301, -0.885148), (-0.266431, 0.946792, -0.180553), (0.844966, 0.319559, 0.428852)-69.72364, 10.63286, -29.99988
9given(1), (1), (1)
10given(-0.969517, 0.038297, -0.242014), (0.039248, -0.950684, -0.307669), (-0.241862, -0.307788, 0.920201)-38.012341, 13.4207, -2.65974
11given(-0.664418, 0.00385, 0.747351), (0.006083, -0.999926, 0.010559), (0.747336, 0.011562, 0.664346)37.213032, 10.30006, -16.630489
12given(0.464551, -0.043644, -0.88447), (-0.262389, 0.94715, -0.184552), (0.84578, 0.317809, 0.428548)-69.667, 10.26564, -30.05929
13given(1), (1), (1)
14given(-0.68753, 0.005137, 0.726138), (0.006834, -0.999885, 0.013544), (0.726124, 0.014274, 0.687416)36.54364, 10.41147, -14.98331
15given(1), (1), (1)
16given(-0.691494, -0.003064, 0.722376), (0.010238, -0.999932, 0.005559), (0.72231, 0.011239, 0.691478)36.00779, 9.93381, -14.70131
17given(1), (1), (1)
18given(-0.971193, 0.033234, -0.235967), (0.043357, -0.949055, -0.312115), (-0.234318, -0.313354, 0.920274)-37.893398, 13.33099, -2.46327
19given(-0.660269, 0.000507, 0.751029), (0.009078, -0.999921, 0.008656), (0.750974, 0.012533, 0.660213)37.20414, 10.13498, -16.918039
20given(0.469595, -0.034389, -0.882212), (-0.270266, 0.945672, -0.180724), (0.840498, 0.323299, 0.434788)-69.873703, 10.67083, -29.61018
21given(1), (1), (1)
22given(-0.971122, 0.034825, -0.23603), (0.042138, -0.948703, -0.313348), (-0.234835, -0.314245, 0.919838)-37.88398, 13.29166, -2.49758
23given(-0.66189, 0.002236, 0.749598), (0.00819, -0.999914, 0.010215), (0.749556, 0.012901, 0.661815)37.24445, 10.21703, -16.80514
24given(0.468879, -0.036942, -0.88249), (-0.270096, 0.945268, -0.183075), (0.840952, 0.324197, 0.433239)-69.817886, 10.56085, -29.72534
25given(1), (1), (1)
26given(-0.971088, 0.032368, -0.236519), (0.044931, -0.948276, -0.31425), (-0.234457, -0.315791, 0.919405)-37.946602, 13.33624, -2.55277
27given(-0.662517, -0.000349, 0.749046), (0.0096, -0.999922, 0.008026), (0.748985, 0.012508, 0.662469)37.168812, 10.09418, -16.76333
28given(0.467532, -0.033096, -0.883357), (-0.272235, 0.945339, -0.179503), (0.841013, 0.324404, 0.432966)-69.933907, 10.80165, -29.736139
29given(1), (1), (1)
30given(-0.971268, 0.031071, -0.235951), (0.045669, -0.948681, -0.312919), (-0.233565, -0.314704, 0.920005)-37.971931, 13.39108, -2.47105
31given(-0.660069, -0.003946, 0.751195), (0.012104, -0.999912, 0.005383), (0.751108, 0.012645, 0.660058)37.02187, 9.95238, -16.922489
32given(0.469431, -0.030042, -0.882458), (-0.272197, 0.945823, -0.176997), (0.839966, 0.32329, 0.435821)-70.053719, 10.9478, -29.528311
33given(1), (1), (1)
34given(-0.656074, 0.012424, 0.754594), (-0.019205, -0.999816, -0.000235), (0.754452, -0.014646, 0.656192)37.32196, 10.00363, -16.7069
35given(1), (1), (1)
36given(-0.685688, 0.033296, 0.727133), (-0.021969, -0.999445, 0.025048), (0.727564, 0.001201, 0.686039)35.405788, 11.50258, -14.73069
37given(1), (1), (1)
38given(-0.668455, -0.000138, 0.743753), (0.014214, -0.99982, 0.01259), (0.743617, 0.018988, 0.668336)37.039799, 10.34618, -16.35074
39given(1), (1), (1)
40given(-0.970946, 0.034352, -0.236819), (0.04274, -0.948835, -0.312866), (-0.235449, -0.313898, 0.9198)-37.884239, 13.31695, -2.50124
41given(-0.662227, 0.001049, 0.749303), (0.008591, -0.999923, 0.008992), (0.749254, 0.012392, 0.662167)37.23011, 10.17634, -16.782221
42given(0.467727, -0.036806, -0.883106), (-0.269977, 0.945434, -0.182393), (0.841632, 0.323728, 0.432268)-69.776901, 10.60632, -29.770411

-
要素

-
Hydrogenase-1 ... , 2種, 8分子 STQRLMJK

#1: タンパク質
Hydrogenase-1 small chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 small subunit / NiFe hydrogenase


分子量: 36768.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C19G variant / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: hyaA, b0972, JW0954 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P69739, UniProt: P69740*PLUS, ヒドロゲナーゼ (受容体)
#2: タンパク質
Hydrogenase-1 large chain / HYD1 / Membrane-bound hydrogenase 1 large subunit / NiFe hydrogenase


分子量: 64751.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: hyaB, b0973, JW0955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACD8, ヒドロゲナーゼ (受容体)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Probable Ni/Fe-hydrogenase 1 B-type cytochrome subunit


分子量: 27626.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: hyaC, b0974, JW0956 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AAM1, UniProt: P0AAM2*PLUS

-
非ポリマー , 9種, 732分子

#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物
ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 295.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#6: 化合物
ChemComp-ER2 / Fe4S4 / Cubane-type cluster


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#7: 化合物
ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON


分子量: 135.890 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2O
#8: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#9: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 702 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: PEG4000, NaAc, NH4Ac, DTT, DMM

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97908 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.67 Å / Num. obs: 146009 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.305 / Rpim(I) all: 0.161 / Rrim(I) all: 0.347 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 656127
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.5-2.594.62.194141920.2791.1472.48499.1
9.68-49.674.10.03727250.9980.020.04298.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GD3

4gd3


解像度: 2.5→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 37.343 / SU ML: 0.358 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.827 / ESU R Free: 0.307 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2529 7064 4.9 %RANDOM
Rwork0.2219 ---
obs0.2234 136263 97.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 145.44 Å2 / Biso mean: 52.019 Å2 / Biso min: 30.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.92 Å20 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3---0.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29537 0 218 702 30457
Biso mean--45.92 41.12 -
残基数----3834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01930675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1951.94741735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.96653822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.65923.7521338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.582154632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.815173
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.24502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02123604
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11S56TIGHT POSITIONAL0.070.05
11S52TIGHT POSITIONAL0.060.05
11S911TIGHT POSITIONAL0.070.05
11S163TIGHT POSITIONAL0.040.05
12T163TIGHT POSITIONAL0.040.05
13Q163TIGHT POSITIONAL0.050.05
14R163TIGHT POSITIONAL0.050.05
11S781TIGHT THERMAL4.414
12T781TIGHT THERMAL3.724
13Q781TIGHT THERMAL3.24
14R781TIGHT THERMAL4.064
21S330TIGHT THERMAL4.974
22T330TIGHT THERMAL3.574
23Q330TIGHT THERMAL3.14
24R330TIGHT THERMAL4.754
31S603TIGHT THERMAL3.414
32T603TIGHT THERMAL2.924
33Q603TIGHT THERMAL3.114
34R603TIGHT THERMAL2.854
41S19MEDIUM POSITIONAL0.080.5
41S20TIGHT THERMAL2.264
41S19MEDIUM THERMAL2.158
51S22MEDIUM POSITIONAL0.070.5
51S36TIGHT THERMAL2.594
51S22MEDIUM THERMAL4.028
61L1139TIGHT THERMAL3.574
62M1139TIGHT THERMAL3.474
63J1139TIGHT THERMAL2.74
64K1139TIGHT THERMAL3.034
71L1132TIGHT THERMAL3.244
72M1132TIGHT THERMAL3.044
73J1132TIGHT THERMAL3.354
74K1132TIGHT THERMAL3.14
81L1031TIGHT THERMAL3.174
82M1031TIGHT THERMAL3.54
83J1031TIGHT THERMAL3.424
84K1031TIGHT THERMAL3.244
91L425TIGHT THERMAL3.794
92M425TIGHT THERMAL3.554
93J425TIGHT THERMAL3.044
94K425TIGHT THERMAL2.854
101T51MEDIUM POSITIONAL0.10.5
101T56TIGHT THERMAL2.684
101T51MEDIUM THERMAL3.28
111T24MEDIUM POSITIONAL0.110.5
111T52TIGHT THERMAL1.914
111T24MEDIUM THERMAL1.88
121Q911TIGHT THERMAL3.014
131Q163TIGHT THERMAL2.194
132S163TIGHT THERMAL2.254
133T163TIGHT THERMAL2.464
134R163TIGHT THERMAL2.374
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 439 -
Rwork0.378 8577 -
all-9016 -
obs--84.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9040.2423-0.0671.069-0.2741.06990.0191-0.0381-0.03020.12750.0546-0.0666-0.00950.1684-0.07370.55720.0363-0.00330.1773-0.02550.02465.78924.519-11.584
21.0395-0.12910.80260.6916-0.21071.4660.0160.0926-0.0232-0.04680.01830.0555-0.056-0.0225-0.03430.5420.00850.00330.1493-0.0190.0617-11.86822.208-32.5
30.10230.05230.13830.73840.13260.6548-0.0117-0.05240.00330.0284-0.01230.0359-0.114-0.08680.02410.57740.03460.01910.14330.00670.0323-14.8335.057-3.633
40.70950.4648-0.22741.45790.18470.92380.0465-0.02830.0368-0.00240.01510.21270.0982-0.2686-0.06160.545-0.0454-0.03960.25860.01940.1441-39.503-6.287-22.517
50.92060.562-0.78070.8217-0.10330.9569-0.06250.06760.0045-0.02990.02520.05650.0333-0.08870.03730.5457-0.014-0.00480.1564-0.00090.1-17.8451.868-36.465
60.27270.2141-0.07870.6490.0880.63790.035-0.0488-0.02080.0717-0.01260.00550.2099-0.0751-0.02250.6419-0.0467-0.01840.11820.02250.0559-21.118-19.48-13.297
70.5055-0.05120.20970.65870.21760.71760.0019-0.1038-0.08550.1875-0.0080.03640.00970.02540.00610.66590.0074-0.01110.1396-0.02460.037224.742-14.433-20.057
80.89830.00680.19841.23750.01551.03110.01840.0155-0.0147-0.17010.00250.14590.01080.0808-0.02090.604-0.00560.01370.1328-0.05340.040920.81-12.265-47.079
90.327-0.10010.18140.4814-0.14750.51260.04920.0459-0.06060.0119-0.0329-0.08140.09670.1445-0.01630.62610.0536-0.01280.1627-0.0740.072944.638-24.663-30.043
100.91240.35040.14731.0581-0.35430.7962-0.04770.1974-0.1144-0.19840.068-0.08850.00450.2123-0.02030.6616-0.02230.09240.2834-0.01690.027446.61716.318-61.459
111.52260.3121-0.49260.52880.12710.90230.03570.07950.0111-0.1066-0.00910.0855-0.010.0546-0.02670.6122-0.00360.02950.1572-0.02950.028221.7047.979-54.402
120.36410.14570.10020.6865-0.1760.2975-0.01120.05090.0035-0.0017-0.0422-0.0492-0.07310.11570.05340.6331-0.03130.02190.18040.01240.012441.08229.516-41.603
131.14020.46030.21731.0184-0.00220.7702-0.0170.1724-0.0086-0.25-0.00380.16740.0592-0.12370.02080.67720.0129-0.02310.25050.00850.0928-23.9043.646-61.589
140.51450.6991-0.45261.4136-0.21161.5606-0.05470.17670.0814-0.18240.09120.2374-0.02920.054-0.03660.67810.0045-0.04480.2538-0.02990.08188.9154.945-75.445
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1S3 - 172
2X-RAY DIFFRACTION1S343
3X-RAY DIFFRACTION2S173 - 266
4X-RAY DIFFRACTION2S341 - 342
5X-RAY DIFFRACTION3L2 - 582
6X-RAY DIFFRACTION3L583 - 590
7X-RAY DIFFRACTION4T4 - 172
8X-RAY DIFFRACTION4T343
9X-RAY DIFFRACTION5T173 - 266
10X-RAY DIFFRACTION5T341 - 342
11X-RAY DIFFRACTION6M2 - 582
12X-RAY DIFFRACTION6M583 - 590
13X-RAY DIFFRACTION7Q4 - 172
14X-RAY DIFFRACTION7Q343
15X-RAY DIFFRACTION8Q173 - 266
16X-RAY DIFFRACTION8Q341 - 342
17X-RAY DIFFRACTION9J2 - 582
18X-RAY DIFFRACTION9J583 - 590
19X-RAY DIFFRACTION10R4 - 172
20X-RAY DIFFRACTION10R343
21X-RAY DIFFRACTION11R173 - 266
22X-RAY DIFFRACTION11R341 - 342
23X-RAY DIFFRACTION12K2 - 582
24X-RAY DIFFRACTION12K583 - 590
25X-RAY DIFFRACTION13S267 - 297
26X-RAY DIFFRACTION13T267 - 299
27X-RAY DIFFRACTION13A14 - 89
28X-RAY DIFFRACTION13A100 - 113
29X-RAY DIFFRACTION13A126 - 207
30X-RAY DIFFRACTION13A301
31X-RAY DIFFRACTION14Q267 - 298
32X-RAY DIFFRACTION14R267 - 294
33X-RAY DIFFRACTION14B14 - 83
34X-RAY DIFFRACTION14B101 - 114
35X-RAY DIFFRACTION14B127 - 202
36X-RAY DIFFRACTION14B301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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