PDB-6g70: Structure of murine Prpf39

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g70

タイトル

Structure of murine Prpf39

要素

Pre-mRNA-processing factor 39

キーワード

SPLICING / U1snRNP / HAT repeat protein

機能・相同性

機能・相同性情報

commitment complex / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / mRNA 5'-splice site recognition /

転写後修飾
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

De Bortoli, F.D. / Loll, B. / Wahl, M. / Heyd, F.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Increased versatility despite reduced molecular complexity: evolution, structure and function of metazoan splicing factor PRPF39.
著者: De Bortoli, F. / Neumann, A. / Kotte, A. / Timmermann, B. / Schuler, T. / Wahl, M.C. / Loll, B. / Heyd, F.

履歴

登録	2018年4月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_data_processing_status / pdbx_database_proc / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2020年4月22日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g70.cif.gz	446 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g70.ent.gz	373.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g70.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/6g70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/6g70	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1wth-d 2462 4iij-d 5m7e-d 6mu8-d 6f7c-d 6w03-d 5crf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18430/m36g70 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pre-mRNA-processing factor 39

B: Pre-mRNA-processing factor 39

157 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	189.490, 72.760, 207.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.46, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Pre-mRNA-processing factor 39 分子量: 78437.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prpf39 / プラスミド: pGEX 6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLys / 参照: UniProt: E9QJV4, UniProt: Q8K2Z2*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.75 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M bis-tris-propane pH 6.5, 1.8 M sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月19日
放射	モノクロメーター: SI111-DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 39170 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 102 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 3.3→3.45 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4809 / CC_1/2: 0.637 / R_rim(I) all: 2.6 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.3→47.848 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.52

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2953	3032	7.8 %
R_work	0.2468	-	-
obs	0.2507	38895	97.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→47.848 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8592	0	0	0	8592

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	8802
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.802	11873
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.041	5289
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1242
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1535

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2999-3.3515	0.4715	134	0.4535	1559	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3515-3.4064	0.4355	147	0.4311	1582	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4064-3.4652	0.4051	131	0.4181	1610	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4652-3.5281	0.4533	125	0.4443	1606	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5281-3.596	0.4533	139	0.3925	1593	X-RAY DIFFRACTION	97
3.596-3.6694	0.4198	136	0.3555	1633	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6694-3.7491	0.4266	132	0.3473	1572	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7491-3.8363	0.3803	149	0.3227	1628	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8363-3.9322	0.339	135	0.3062	1583	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9322-4.0384	0.3544	135	0.2896	1653	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0384-4.1572	0.3319	133	0.2733	1594	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1572-4.2913	0.3233	144	0.2575	1655	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2913-4.4446	0.2626	126	0.2389	1646	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4446-4.6224	0.26	156	0.2281	1654	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6224-4.8326	0.2771	134	0.2148	1661	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8326-5.0871	0.262	144	0.2162	1633	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0871-5.4054	0.2858	153	0.2192	1654	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4054-5.8221	0.2758	126	0.2358	1653	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8221-6.4068	0.3356	132	0.2396	1682	X-RAY DIFFRACTION	99
6.4068-7.331	0.2842	141	0.2464	1687	X-RAY DIFFRACTION	99
7.331-9.2255	0.2286	138	0.1942	1670	X-RAY DIFFRACTION	99
9.2255-47.853	0.2319	142	0.1911	1655	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8551	0.4046	1.1778	6.4183	2.9009	5.5736	-0.2954	-0.1799	0.0704	0.3911	0.1495	0.0211	-0.0532	0.3058	-0.0376	0.9138	-0.0608	0.0348	0.6791	0.0338	0.479	64.1641	36.5002	60.9202
2	0.4076	-0.2052	0.0408	1.5065	1.0149	3.2419	0.1015	0.1909	0.2778	0.092	-0.1126	-0.1135	-1.2045	-0.3728	-0.1592	1.6769	-0.2267	-0.0011	1.1156	0.0455	0.8142	63.7605	55.319	54.1948
3	1.8671	-0.7035	-0.8865	0.27	-0.0459	4.9644	0.0695	0.2702	-0.4158	-0.2802	-0.117	0.31	0.9846	0.1329	0.1407	1.3341	-0.2612	0.1641	1.5453	-0.0401	0.9188	80.0063	33.9683	18.1765
4	6.1786	-0.2741	0.8798	3.285	-1.857	1.1299	-1.1782	0.1512	0.2848	-0.7653	0.5145	1.1626	0.2405	-1.5645	0.4048	1.4338	-0.0526	-0.1944	1.8203	0.0732	1.1783	74.684	37.6256	-17.3994
5	1.6523	0.2932	-0.5401	6.8069	3.2473	5.9832	-0.2225	0.0325	0.134	-0.4496	0.2442	0.1019	-0.0183	0.4265	-0.0598	0.7332	0.0818	-0.0804	0.7283	0.0893	0.5445	54.2646	59.0416	-58.8541
6	0.9037	-0.1226	0.4606	1.0577	-0.0038	2.7559	-0.051	0.0411	-0.2983	-0.2919	0.1265	-0.0498	0.8683	0.5797	-0.1044	1.3229	0.2257	-0.0274	0.8687	0.0126	0.6595	57.3038	34.9157	-59.1712
7	1.3017	-0.1758	2.157	0.5871	0.3155	5.7306	-0.056	0.3115	0.5575	-0.1755	-0.1308	-0.0662	-1.1045	0.4813	0.2438	1.3269	0.0773	-0.1703	1.5005	0.0334	1.1927	79.5829	56.2145	-14.4803
8	6.4781	-1.9591	-0.4519	1.2416	0.2396	0.0476	0.1235	-0.6195	0.8562	1.0597	0.1051	0.3823	-0.6333	-1.7135	0.2411	1.3796	0.0973	0.3531	1.9313	0.0883	1.3194	73.6077	50.6671	15.2086

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 74:273)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 274:387)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 388:535)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 536:602)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 74:227)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 228:417)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 418:555)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 556:602)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)