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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ff4 | |||||||||
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タイトル | human Bact spliceosome core structure | |||||||||
要素 |
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キーワード | SPLICING / spliceosome (スプライセオソーム) / human (ヒト) / HELA / BACT / dynamics | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RES complex / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / snoRNA splicing / post-mRNA release spliceosomal complex / U11/U12 snRNP / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / B-WICH complex / embryonic brain development / splicing factor binding ...RES complex / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / snoRNA splicing / post-mRNA release spliceosomal complex / U11/U12 snRNP / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / B-WICH complex / embryonic brain development / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / nuclear retinoic acid receptor binding / Prp19 complex / positive regulation of androgen receptor activity / mRNA 3'-end processing / blastocyst formation / pre-mRNA binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / C2H2 zinc finger domain binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / : / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / positive regulation by host of viral transcription / U2-type precatalytic spliceosome / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Notch binding / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / nuclear vitamin D receptor binding / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / SAGA complex / RUNX3 regulates NOTCH signaling / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / RHOBTB1 GTPase cycle / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / WD40-repeat domain binding / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / positive regulation of neurogenesis / U2-type prespliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / nuclear androgen receptor binding / cyclosporin A binding / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / Notch-HLH transcription pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / Formation of paraxial mesoderm / mRNA Splicing - Minor Pathway / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / regulation of RNA splicing / mRNA 3'-splice site recognition / protein localization to nucleus / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / retinoic acid receptor signaling pathway / U5 snRNA binding / U5 snRNP / RHOBTB2 GTPase cycle / localization / U2 snRNA binding / カハール体 / U6 snRNA binding / regulation of DNA repair / protein peptidyl-prolyl isomerization / pre-mRNA intronic binding / cellular response to retinoic acid / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / positive regulation of protein export from nucleus / nuclear receptor coactivator activity / RNA splicing / response to cocaine / DNA damage checkpoint signaling / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / 細胞分化 / nuclear receptor binding / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / spliceosomal complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of protein catabolic process / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / 核小体 / 転写後修飾 / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Pre-NOTCH Transcription and Translation 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Haselbach, D. / Komarov, I. / Agafonov, D. / Hartmuth, K. / Graf, B. / Kastner, B. / Luehrmann, R. / Stark, H. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2018 タイトル: Structure and Conformational Dynamics of the Human Spliceosomal B Complex. 著者: David Haselbach / Ilya Komarov / Dmitry E Agafonov / Klaus Hartmuth / Benjamin Graf / Olexandr Dybkov / Henning Urlaub / Berthold Kastner / Reinhard Lührmann / Holger Stark / 要旨: The spliceosome is a highly dynamic macromolecular complex that precisely excises introns from pre-mRNA. Here we report the cryo-EM 3D structure of the human B spliceosome at 3.4 Å resolution. In ...The spliceosome is a highly dynamic macromolecular complex that precisely excises introns from pre-mRNA. Here we report the cryo-EM 3D structure of the human B spliceosome at 3.4 Å resolution. In the B state, the spliceosome is activated but not catalytically primed, so that it is functionally blocked prior to the first catalytic step of splicing. The spliceosomal core is similar to the yeast B spliceosome; important differences include the presence of the RNA helicase aquarius and peptidyl prolyl isomerases. To examine the overall dynamic behavior of the purified spliceosome, we developed a principal component analysis-based approach. Calculating the energy landscape revealed eight major conformational states, which we refined to higher resolution. Conformational differences of the highly flexible structural components between these eight states reveal how spliceosomal components contribute to the assembly of the spliceosome, allowing it to generate a dynamic interaction network required for its subsequent catalytic activation. | |||||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 6ff4.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ff4.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ff4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/6ff4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/6ff4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4255MC 4233C 4234C 4235C 4236C 4237C 4238C 4239C 4240C 4247C 4248C 4249C 4250C 4251C 4252C 4253C 4254C 6ff7C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 15種, 15分子 137ABCDELOPQRty
#1: タンパク質 | 分子量: 37425.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q9Y388 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 70669.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q9BRD0 |
#6: タンパク質 | 分子量: 49327.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q15428 |
#8: タンパク質 | 分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q6P2Q9 |
#9: タンパク質 | 分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q15029 |
#10: タンパク質 | 分子量: 61610.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q13573 |
#11: タンパク質 | 分子量: 57280.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: O43660 |
#12: タンパク質 | 分子量: 65612.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: O60508 |
#13: タンパク質 | 分子量: 92406.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q99459 |
#14: タンパク質 | 分子量: 100610.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q9BZJ0 |
#15: タンパク質 | 分子量: 46959.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q9NW64 |
#16: タンパク質 | 分子量: 17032.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: P41223 |
#17: タンパク質 | 分子量: 26674.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q9P013 |
#23: タンパク質 | 分子量: 38847.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: O15541 |
#27: タンパク質 | 分子量: 12427.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q7RTV0 |
-RNA鎖 , 4種, 4分子 256Z
#2: RNA鎖 | 分子量: 60186.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLA S3 / 参照: GenBank: 36516 |
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#4: RNA鎖 | 分子量: 36908.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: GenBank: 36515 |
#5: RNA鎖 | 分子量: 34404.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 |
#21: RNA鎖 | 分子量: 153787.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 |
-Splicing factor 3B subunit ... , 5種, 5分子 8uvxz
#7: タンパク質 | 分子量: 100377.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q13435 |
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#24: タンパク質 | 分子量: 146024.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: O75533 |
#25: タンパク質 | 分子量: 135718.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q15393 |
#26: タンパク質 | 分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q9BWJ5 |
#28: タンパク質 | 分子量: 14606.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q9Y3B4 |
-Serine/arginine repetitive matrix protein ... , 2種, 2分子 SY
#18: タンパク質 | 分子量: 300255.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q9UQ35 |
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#20: タンパク質 | 分子量: 102600.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q8IYB3 |
-Peptidyl-prolyl cis-trans ... , 2種, 2分子 Vs
#19: タンパク質 | 分子量: 18257.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q9Y3C6, プロリルイソメラーゼ |
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#22: タンパク質 | 分子量: 53941.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa S3 / 参照: UniProt: Q6UX04, プロリルイソメラーゼ |
-非ポリマー , 4種, 16分子
#29: 化合物 | ChemComp-MG / #30: 化合物 | ChemComp-IHP / | #31: 化合物 | ChemComp-GTP / | #32: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human Bact spliceosome state 1 unmasked / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4, #6-#28 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 4.5 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / Cell: HeLa | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.9 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 75 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot with blotting sensor |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 0.001 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER Residual tilt: 14 mradians |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 32000 |
電子光学装置 | 球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector with two hexapoles elements |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 308000 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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