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- PDB-6drh: ADP-ribosyltransferase toxin/immunity pair -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6drh
タイトルADP-ribosyltransferase toxin/immunity pair
要素
  • ADP-ribosyl-(Dinitrogen reductase) hydrolase
  • PAAR repeat-containing protein
キーワードTOXIN (毒素) / Immunity / Type VI secretion / ADP-ribosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


[protein ADP-ribosylarginine] hydrolase / ADP-ribosylarginine hydrolase activity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / host cell cytoplasm / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NAD:arginine ADP-ribosyltransferase, ART / NAD:arginine ADP-ribosyltransferase / PAAR motif / PAAR motif / ADP-ribosylation/Crystallin J1 / ADP-ribosylglycohydrolase / ADP-ribosylation/Crystallin J1 superfamily / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / NAD(+)--protein-arginine ADP-ribosyltransferase Tre1 / ADP-ribosylarginine hydrolase Tri1
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia proteamaculans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.299 Å
データ登録者Bosch, D.E. / Ting, S. / Allaire, M. / Mougous, J.D.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Bifunctional Immunity Proteins Protect Bacteria against FtsZ-Targeting ADP-Ribosylating Toxins.
著者: Ting, S.Y. / Bosch, D.E. / Mangiameli, S.M. / Radey, M.C. / Huang, S. / Park, Y.J. / Kelly, K.A. / Filip, S.K. / Goo, Y.A. / Eng, J.K. / Allaire, M. / Veesler, D. / Wiggins, P.A. / Peterson, S.B. / Mougous, J.D.
履歴
登録2018年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyl-(Dinitrogen reductase) hydrolase
B: PAAR repeat-containing protein
C: ADP-ribosyl-(Dinitrogen reductase) hydrolase
D: PAAR repeat-containing protein
E: ADP-ribosyl-(Dinitrogen reductase) hydrolase
F: PAAR repeat-containing protein
G: ADP-ribosyl-(Dinitrogen reductase) hydrolase
H: PAAR repeat-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,66912
ポリマ－247,3608
非ポリマー3094
水30,7161705
1
A: ADP-ribosyl-(Dinitrogen reductase) hydrolase
B: PAAR repeat-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9353
ポリマ－61,8402
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
2
C: ADP-ribosyl-(Dinitrogen reductase) hydrolase
D: PAAR repeat-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9594
ポリマ－61,8402
非ポリマー1192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
3
E: ADP-ribosyl-(Dinitrogen reductase) hydrolase
F: PAAR repeat-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8402
ポリマ－61,8402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19710 Å2
手法PISA
4
G: ADP-ribosyl-(Dinitrogen reductase) hydrolase
H: PAAR repeat-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9353
ポリマ－61,8402
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.169, 151.006, 196.904
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain B and (resid 24 through 25 or resid 27 through 166 or resid 168 through 192))
21(chain D and (resid 24 through 25 or resid 27 through 166 or resid 168 through 192))
31(chain F and (resid 24 through 25 or resid 27 through 166 or resid 168 through 192))
41(chain H and (resid 24 through 25 or resid 27 through 166 or resid 168 through 192))
12(chain A and (resid 3 through 12 or resid 14...
22(chain C and (resid 3 through 12 or resid 14...
32(chain E and (resid 3 through 12 or resid 14...
42(chain G and (resid 3 through 12 or resid 14...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNALAALA(chain B and (resid 24 through 25 or resid 27 through 166 or resid 168 through 192))BB24 - 2520 - 21
121VALVALTYRTYR(chain B and (resid 24 through 25 or resid 27 through 166 or resid 168 through 192))BB27 - 16623 - 162
131PROPROPROPRO(chain B and (resid 24 through 25 or resid 27 through 166 or resid 168 through 192))BB168 - 192164 - 188
211GLNGLNALAALA(chain D and (resid 24 through 25 or resid 27 through 166 or resid 168 through 192))DD24 - 2520 - 21
221VALVALTYRTYR(chain D and (resid 24 through 25 or resid 27 through 166 or resid 168 through 192))DD27 - 16623 - 162
231PROPROPROPRO(chain D and (resid 24 through 25 or resid 27 through 166 or resid 168 through 192))DD168 - 192164 - 188
311GLNGLNALAALA(chain F and (resid 24 through 25 or resid 27 through 166 or resid 168 through 192))FF24 - 2520 - 21
321VALVALTYRTYR(chain F and (resid 24 through 25 or resid 27 through 166 or resid 168 through 192))FF27 - 16623 - 162
331PROPROPROPRO(chain F and (resid 24 through 25 or resid 27 through 166 or resid 168 through 192))FF168 - 192164 - 188
411GLNGLNALAALA(chain H and (resid 24 through 25 or resid 27 through 166 or resid 168 through 192))HH24 - 2520 - 21
421VALVALTYRTYR(chain H and (resid 24 through 25 or resid 27 through 166 or resid 168 through 192))HH27 - 16623 - 162
431PROPROPROPRO(chain H and (resid 24 through 25 or resid 27 through 166 or resid 168 through 192))HH168 - 192164 - 188
112ASPASPGLNGLN(chain A and (resid 3 through 12 or resid 14...AA3 - 123 - 12
122TYRTYRALAALA(chain A and (resid 3 through 12 or resid 14...AA14 - 1514 - 15
132ARGARGLEULEU(chain A and (resid 3 through 12 or resid 14...AA17 - 2117 - 21
142PROPROGLYGLY(chain A and (resid 3 through 12 or resid 14...AA40 - 4640 - 46
152ILEILEPROPRO(chain A and (resid 3 through 12 or resid 14...AA2 - 372 - 37
162GLUGLUGLYGLY(chain A and (resid 3 through 12 or resid 14...AA48 - 13348 - 133
172ILEILEPHEPHE(chain A and (resid 3 through 12 or resid 14...AA2 - 3662 - 366
182PROPROARGARG(chain A and (resid 3 through 12 or resid 14...AA186 - 248186 - 248
192ILEILEPHEPHE(chain A and (resid 3 through 12 or resid 14...AA2 - 3662 - 366
1102ALAALAGLYGLY(chain A and (resid 3 through 12 or resid 14...AA251 - 269251 - 269
1112LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 3 through 12 or resid 14...AA274274
1122ARGARGPHEPHE(chain A and (resid 3 through 12 or resid 14...AA276 - 366276 - 366
212ASPASPGLNGLN(chain C and (resid 3 through 12 or resid 14...CC3 - 123 - 12
222TYRTYRALAALA(chain C and (resid 3 through 12 or resid 14...CC14 - 1514 - 15
232ARGARGLEULEU(chain C and (resid 3 through 12 or resid 14...CC17 - 2117 - 21
242PROPROSERSER(chain C and (resid 3 through 12 or resid 14...CC23 - 2623 - 26
252ILEILEPROPRO(chain C and (resid 3 through 12 or resid 14...CC2 - 372 - 37
262PROPROGLYGLY(chain C and (resid 3 through 12 or resid 14...CC40 - 4640 - 46
272ILEILEPHEPHE(chain C and (resid 3 through 12 or resid 14...CC2 - 3662 - 366
282ILEILEPHEPHE(chain C and (resid 3 through 12 or resid 14...CC2 - 3662 - 366
292ALAALAGLYGLY(chain C and (resid 3 through 12 or resid 14...CC251 - 269251 - 269
2102LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 3 through 12 or resid 14...CC274274
2112ARGARGPHEPHE(chain C and (resid 3 through 12 or resid 14...CC276 - 366276 - 366
312ASPASPGLNGLN(chain E and (resid 3 through 12 or resid 14...EE3 - 123 - 12
322TYRTYRALAALA(chain E and (resid 3 through 12 or resid 14...EE14 - 1514 - 15
332ARGARGLEULEU(chain E and (resid 3 through 12 or resid 14...EE17 - 2117 - 21
342PROPROGLYGLY(chain E and (resid 3 through 12 or resid 14...EE40 - 4640 - 46
352GLUGLUGLYGLY(chain E and (resid 3 through 12 or resid 14...EE48 - 13348 - 133
362METMETPHEPHE(chain E and (resid 3 through 12 or resid 14...EE1 - 3661 - 366
372PROPROARGARG(chain E and (resid 3 through 12 or resid 14...EE186 - 248186 - 248
382ALAALAGLYGLY(chain E and (resid 3 through 12 or resid 14...EE251 - 269251 - 269
392TYRTYRLYSLYS(chain E and (resid 3 through 12 or resid 14...EE271 - 272271 - 272
3102LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 3 through 12 or resid 14...EE274274
3112ARGARGPHEPHE(chain E and (resid 3 through 12 or resid 14...EE276 - 366276 - 366
412ASPASPGLNGLN(chain G and (resid 3 through 12 or resid 14...GG3 - 123 - 12
422TYRTYRALAALA(chain G and (resid 3 through 12 or resid 14...GG14 - 1514 - 15
432ARGARGLEULEU(chain G and (resid 3 through 12 or resid 14...GG17 - 2117 - 21
442PROPROSERSER(chain G and (resid 3 through 12 or resid 14...GG23 - 2623 - 26
452ILEILEPROPRO(chain G and (resid 3 through 12 or resid 14...GG2 - 372 - 37
462PROPROGLYGLY(chain G and (resid 3 through 12 or resid 14...GG40 - 4640 - 46
472ILEILEPHEPHE(chain G and (resid 3 through 12 or resid 14...GG2 - 3662 - 366
482ILEILEPHEPHE(chain G and (resid 3 through 12 or resid 14...GG2 - 3662 - 366
492ALAALAGLYGLY(chain G and (resid 3 through 12 or resid 14...GG251 - 269251 - 269
4102LYSLYSLYSLYS(chain G and (resid 3 through 12 or resid 14...GG274274
4112ARGARGPHEPHE(chain G and (resid 3 through 12 or resid 14...GG276 - 366276 - 366

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
ADP-ribosyl-(Dinitrogen reductase) hydrolase


分子量: 40977.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Serratia proteamaculans (strain 568) (バクテリア)
株: 568 / 遺伝子: Spro_3018 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A8GG79, ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase
#2: タンパク質
PAAR repeat-containing protein


分子量: 20862.826 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Serratia proteamaculans (strain 568) (バクテリア)
株: 568 / 遺伝子: Spro_3017 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8GG78
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1705 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Na2HPO4, 1.6 M citric acid pH 4.2 / Temp details: 298

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.299→50 Å / Num. obs: 115805 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 24.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.3→2.32 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2853 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DRE

6dre


解像度: 2.299→49.535 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2064 1999 1.73 %
Rwork0.1516 --
obs0.1525 115662 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.15 Å2 / Biso mean: 27.5344 Å2 / Biso min: 8.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.299→49.535 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17207 0 16 1705 18928
Biso mean--41.63 32.21 -
残基数----2194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01517622
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.41223942
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072596
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.8211941
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B3156X-RAY DIFFRACTION6.313TORSIONAL
12D3156X-RAY DIFFRACTION6.313TORSIONAL
13F3156X-RAY DIFFRACTION6.313TORSIONAL
14H3156X-RAY DIFFRACTION6.313TORSIONAL
21A6658X-RAY DIFFRACTION6.313TORSIONAL
22C6658X-RAY DIFFRACTION6.313TORSIONAL
23E6658X-RAY DIFFRACTION6.313TORSIONAL
24G6658X-RAY DIFFRACTION6.313TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2989-2.35640.24971390.17977931807098
2.3564-2.42010.29391420.182980068148100
2.4201-2.49130.23731400.183180258165100
2.4913-2.57170.26961410.17647993813499
2.5717-2.66360.22811420.173780428184100
2.6636-2.77030.24931420.171780918233100
2.7703-2.89630.22331410.173180778218100
2.8963-3.0490.29411430.177680678210100
3.049-3.240.22881430.165581308273100
3.24-3.49010.19951430.149481468289100
3.4901-3.84120.1631440.131381468290100
3.8412-4.39670.14811430.112582098352100
4.3967-5.53820.17911470.120882588405100
5.5382-49.54630.17181490.15285428691100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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