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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dn7 | ||||||
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タイトル | SPRY domain-containing SOCS box protein 2 complexed with WDINNN(BAL) Cyclic peptide inhibitor | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM/INHIBITOR (免疫系) / proteasomal degradation (プロテアソーム) / nitric oxide (一酸化窒素) / inhibitor (酵素阻害剤) / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex (免疫系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of protein polyubiquitination / SCF複合体 / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / regulation of circadian rhythm / rhythmic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination ...positive regulation of protein polyubiquitination / SCF複合体 / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / regulation of circadian rhythm / rhythmic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Law, R.H.P. / Caradoc-Davies, T.T. / Norton, R.S. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018 タイトル: A Cyclic Peptide Inhibitor of the iNOS-SPSB Protein-Protein Interaction as a Potential Anti-Infective Agent. 著者: Sadek, M.M. / Barlow, N. / Leung, E.W.W. / Williams-Noonan, B.J. / Yap, B.K. / Shariff, F.M. / Caradoc-Davies, T.T. / Nicholson, S.E. / Chalmers, D.K. / Thompson, P.E. / Law, R.H.P. / Norton, R.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dn7.cif.gz | 183 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6dn7.ent.gz | 149.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6dn7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dn7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dn7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25228.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPSB4, SSB4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: Q96A44 #2: タンパク質・ペプチド | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.72 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate 20 % w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→32.61 Å / Num. obs: 91682 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rpim(I) all: 0.324 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.4→32.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU R Cruickshank DPI: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.068 / SU Rfree Blow DPI: 0.066 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.062
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.62 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.4→32.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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