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- PDB-6cnv: INFLUENZA B/BRISBANE HEMAGGLUTININ FAB CR9115 SD84H COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cnv
タイトルINFLUENZA B/BRISBANE HEMAGGLUTININ FAB CR9115 SD84H COMPLEX
要素
  • CR9114 Fab heavy chain
  • CR9114 Light chain
  • Envelope glycoprotein
  • Hemagglutininヘマグルチニン
  • SD84h
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) / influenza (インフルエンザ) / Single domain antibody (ナノボディ) / hemagglutinin (ヘマグルチニン) / humanization
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell ...viral budding from plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン / ヘマグルチニン / Envelope glycoprotein / ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Luo, J. / Obmolova, G.
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Universal protection against influenza infection by a multidomain antibody to influenza hemagglutinin.
著者: Nick S Laursen / Robert H E Friesen / Xueyong Zhu / Mandy Jongeneelen / Sven Blokland / Jan Vermond / Alida van Eijgen / Chan Tang / Harry van Diepen / Galina Obmolova / Marijn van der Neut ...著者: Nick S Laursen / Robert H E Friesen / Xueyong Zhu / Mandy Jongeneelen / Sven Blokland / Jan Vermond / Alida van Eijgen / Chan Tang / Harry van Diepen / Galina Obmolova / Marijn van der Neut Kolfschoten / David Zuijdgeest / Roel Straetemans / Ryan M B Hoffman / Travis Nieusma / Jesper Pallesen / Hannah L Turner / Steffen M Bernard / Andrew B Ward / Jinquan Luo / Leo L M Poon / Anna P Tretiakova / James M Wilson / Maria P Limberis / Ronald Vogels / Boerries Brandenburg / Joost A Kolkman / Ian A Wilson /
要旨: Broadly neutralizing antibodies against highly variable pathogens have stimulated the design of vaccines and therapeutics. We report the use of diverse camelid single-domain antibodies to influenza ...Broadly neutralizing antibodies against highly variable pathogens have stimulated the design of vaccines and therapeutics. We report the use of diverse camelid single-domain antibodies to influenza virus hemagglutinin to generate multidomain antibodies with impressive breadth and potency. Multidomain antibody MD3606 protects mice against influenza A and B infection when administered intravenously or expressed locally from a recombinant adeno-associated virus vector. Crystal and single-particle electron microscopy structures of these antibodies with hemagglutinins from influenza A and B viruses reveal binding to highly conserved epitopes. Collectively, our findings demonstrate that multidomain antibodies targeting multiple epitopes exhibit enhanced virus cross-reactivity and potency. In combination with adeno-associated virus-mediated gene delivery, they may provide an effective strategy to prevent infection with influenza virus and other highly variable pathogens.
履歴
登録2018年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Envelope glycoprotein
C: SD84h
L: CR9114 Light chain
H: CR9114 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,35710
ポリマ－121,4385
非ポリマー1,9195
水0
1
A: Hemagglutinin
B: Envelope glycoprotein
C: SD84h
L: CR9114 Light chain
H: CR9114 Fab heavy chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Envelope glycoprotein
C: SD84h
L: CR9114 Light chain
H: CR9114 Fab heavy chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Envelope glycoprotein
C: SD84h
L: CR9114 Light chain
H: CR9114 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)370,07130
ポリマ－364,31515
非ポリマー5,75615
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)190.780, 190.780, 190.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin / ヘマグルチニン


分子量: 37699.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: U3RVK6
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein


分子量: 23910.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: G4WYG8, UniProt: M1E1E4, UniProt: C0LT38*PLUS

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抗体 , 3種, 3分子 CLH

#3: 抗体 SD84h


分子量: 12564.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 CR9114 Light chain


分子量: 22840.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 CR9114 Fab heavy chain


分子量: 24423.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 2種, 5分子

#6: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM sodium acetate, pH 4.5, 5.5 M sodium formate, and 5% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.1→47.7 Å / Num. obs: 18421 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 4.1→4.21 Å / 冗長度: 10.6 % / Num. unique obs: 1349 / CC1/2: 0.547 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.1→47.695 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2762 919 4.99 %
Rwork0.2405 --
obs0.2422 18411 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.1→47.695 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7775 0 126 0 7901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048091
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26411000
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0732896
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061409
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.1002-4.31620.33221290.28222458X-RAY DIFFRACTION100
4.3162-4.58640.28961300.25272476X-RAY DIFFRACTION100
4.5864-4.94020.28281300.23132465X-RAY DIFFRACTION100
4.9402-5.43680.29351310.23962489X-RAY DIFFRACTION100
5.4368-6.2220.29571310.2352495X-RAY DIFFRACTION100
6.222-7.83340.27161320.25252510X-RAY DIFFRACTION100
7.8334-47.69820.24781360.22712599X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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