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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cg2 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of KDM4A with Compound 8 | ||||||
要素 | Lysine-specific demethylase 4A | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / KDM4A / Small Molecule Inhibitor / Demethylase / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / methylated histone binding / positive regulation of neuron differentiation / response to nutrient levels / negative regulation of autophagy / HDMs demethylate histones / 核小体 / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / 遺伝子発現の調節 / クロマチンリモデリング / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / クロマチン / positive regulation of gene expression / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å | ||||||
データ登録者 | Hosfield, D.J. / Nie, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2018 タイトル: Structure-based design and discovery of potent and selective KDM5 inhibitors. 著者: Nie, Z. / Shi, L. / Lai, C. / O'Connell, S.M. / Xu, J. / Stansfield, R.K. / Hosfield, D.J. / Veal, J.M. / Stafford, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6cg2.cif.gz | 302.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6cg2.ent.gz | 243.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6cg2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/6cg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/6cg2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40761.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) 参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む #2: 化合物 | ChemComp-NI / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-QC2 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG4K, 150mM NaCl, 50mM HEPES pH 7.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.95 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.34→140.33 Å / Num. obs: 67709 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.34→2.48 Å / Num. measured obs: 39925 / Rsym value: 0.755 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5VGI 解像度: 2.34→140.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 8.307 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.35 / ESU R Free: 0.24 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 162.12 Å2 / Biso mean: 43.884 Å2 / Biso min: 16.82 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.34→140.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.336→2.396 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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