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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ccb | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of 253-11 SOSIP trimer in complex with 10-1074 Fab | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / vaccine (ワクチン) / antibody (抗体) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Moyo, T. / Ereno-Orbea, J. / Dorfman, J. / Julien, J.P. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018 タイトル: Molecular Basis of Unusually High Neutralization Resistance in Tier 3 HIV-1 Strain 253-11. 著者: Moyo, T. / Ereno-Orbea, J. / Jacob, R.A. / Pavillet, C.E. / Kariuki, S.M. / Tangie, E.N. / Julien, J.P. / Dorfman, J.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ccb.cif.gz | 427.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ccb.ent.gz | 347.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ccb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/6ccb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/6ccb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-Glycoprotein ... , 2種, 4分子 ABCG
#1: タンパク質 | 分子量: 18312.857 Da / 分子数: 2 / 変異: T605C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B2YFS0 #2: タンパク質 | 分子量: 54178.965 Da / 分子数: 2 / 変異: T295N, I297T, A501C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B2YFS0 |
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-抗体 , 2種, 4分子 DHEL
#3: 抗体 | 分子量: 25488.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 抗体 | 分子量: 23237.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 5種, 36分子
#5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#8: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#9: 糖 | ChemComp-NAG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.5 M sodium chloride, 1.9 M ammonium sulphate and 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03327 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03327 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 6.5→39.6 Å / Num. obs: 11600 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 6.5→6.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.56 / Num. unique obs: 5468 / CC1/2: 0.491 / Rpim(I) all: 0.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5T3X 解像度: 6.5→39.547 Å / SU ML: 1.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 43.85 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 6.5→39.547 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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