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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5x6b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SepCysE-SepCysS in complex with tRNACys from Methanocaldococcus jannaschii | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / SepCysE / multidomain protein / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase / Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase activity / 翻訳 (生物学) 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.596 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, M. / Kato, K. / Yao, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Structural basis for tRNA-dependent cysteine biosynthesis 著者: Chen, M. / Kato, K. / Kubo, Y. / Tanaka, Y. / Liu, Y. / Long, F. / Whitman, W.B. / Lill, P. / Gatsogiannis, C. / Raunser, S. / Shimizu, N. / Shinoda, A. / Nakamura, A. / Tanaka, I. / Yao, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5x6b.cif.gz | 258.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5x6b.ent.gz | 199 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5x6b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/5x6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/5x6b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47538.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌) 株: DSM 2661 / 遺伝子: MJ1678 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59072*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 25334.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: MJ1481 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58876 #3: RNA鎖 | | 分子量: 24129.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | AUTHORS STATE THAT THE ENTITY SEQUENCE OF THE CHAIN I OR J MAPPED TO GB AAB99700.1 RESIDUE 1 TO 396. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M MES pH 5.0, 2.4M Ammonium Sulfate / PH範囲: 5.0-5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.596→48.221 Å / Num. obs: 59370 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 18.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3WKR, 1B23 解像度: 2.596→48.221 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.94
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.596→48.221 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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