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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wq8 | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of type II secretion system secretin GspD in Vibrio cholerae | ||||||
要素 | Type II secretion system protein DType II secretion system | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Secretin (セクレチン) / C15 symmetry / T2SS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / protein secretion / cell outer membrane / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | ||||||
データ登録者 | Yan, Z. / Yin, M. / Li, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017 タイトル: Structural insights into the secretin translocation channel in the type II secretion system. 著者: Zhaofeng Yan / Meng Yin / Dandan Xu / Yongqun Zhu / Xueming Li / 要旨: The secretin GspD of the type II secretion system (T2SS) forms a channel across the outer membrane in Gram-negative bacteria to transport substrates from the periplasm to the extracellular milieu. ...The secretin GspD of the type II secretion system (T2SS) forms a channel across the outer membrane in Gram-negative bacteria to transport substrates from the periplasm to the extracellular milieu. The lack of an atomic-resolution structure of the GspD channel hinders the investigation of substrate translocation mechanism of T2SS. Here we report cryo-EM structures of two GspD channels (∼1 MDa), from Escherichia coli K12 and Vibrio cholerae, at ∼3 Å resolution. The structures reveal a pentadecameric channel architecture, wherein three rings of GspD N domains form the periplasmic channel. The secretin domain constitutes a novel double β-barrel channel, with at least 60 β-strands in each barrel, and is stabilized by S domains. The outer membrane channel is sealed by β-strand-enriched gates. On the basis of the partially open state captured, we proposed a detailed gate-opening mechanism. Our structures provide a structural basis for understanding the secretin superfamily and the mechanism of substrate translocation in T2SS. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wq8.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wq8.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wq8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/5wq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/5wq8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70863.078 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: epsD, VC_2733 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P45779 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 1 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae O1 (コレラ菌) | ||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / プラスミド: pASK-IBA3c | ||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 1.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10_2152: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C15 (15回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41579 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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