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- PDB-5wko: Crystal structure of antibody 27F3 recognizing the HA from A/Cali... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wko
タイトルCrystal structure of antibody 27F3 recognizing the HA from A/California/04/2009 (H1N1) influenza virus
要素
  • (Hemagglutininヘマグルチニン) x 2
  • Antibody 27F3 heavy chain
  • Antibody 27F3 light chain
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / 27F3 H1 HA A/California/04/2009
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell ...immunoglobulin complex / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulin V-Type ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / リボン / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / 抗体 / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン / ヘマグルチニン / ヘマグルチニン / Ig-like domain-containing protein / IGK@ protein / Myosin-reactive immunoglobulin light chain variable region
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.492 Å
データ登録者Wilson, I.A. / Lang, S. / Zhu, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56 AI117675 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: Antibody 27F3 Broadly Targets Influenza A Group 1 and 2 Hemagglutinins through a Further Variation in VH1-69 Antibody Orientation on the HA Stem.
著者: Lang, S. / Xie, J. / Zhu, X. / Wu, N.C. / Lerner, R.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月15日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody 27F3 heavy chain
B: Antibody 27F3 light chain
C: Antibody 27F3 heavy chain
D: Antibody 27F3 light chain
E: Antibody 27F3 heavy chain
F: Antibody 27F3 light chain
G: Antibody 27F3 heavy chain
H: Antibody 27F3 light chain
I: Antibody 27F3 heavy chain
J: Antibody 27F3 light chain
K: Antibody 27F3 heavy chain
L: Antibody 27F3 light chain
M: Hemagglutinin
N: Hemagglutinin
O: Hemagglutinin
P: Hemagglutinin
Q: Hemagglutinin
R: Hemagglutinin
S: Hemagglutinin
T: Hemagglutinin
U: Hemagglutinin
V: Hemagglutinin
W: Hemagglutinin
X: Hemagglutinin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)623,36524
ポリマ－623,36524
非ポリマー00
水0
1
A: Antibody 27F3 heavy chain
B: Antibody 27F3 light chain
E: Antibody 27F3 heavy chain
F: Antibody 27F3 light chain
I: Antibody 27F3 heavy chain
J: Antibody 27F3 light chain
M: Hemagglutinin
N: Hemagglutinin
O: Hemagglutinin
P: Hemagglutinin
Q: Hemagglutinin
R: Hemagglutinin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,68212
ポリマ－311,68212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Antibody 27F3 heavy chain
D: Antibody 27F3 light chain
G: Antibody 27F3 heavy chain
H: Antibody 27F3 light chain
K: Antibody 27F3 heavy chain
L: Antibody 27F3 light chain
S: Hemagglutinin
T: Hemagglutinin
U: Hemagglutinin
V: Hemagglutinin
W: Hemagglutinin
X: Hemagglutinin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,68212
ポリマ－311,68212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)190.580, 191.486, 391.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: 抗体
Antibody 27F3 heavy chain


分子量: 23817.703 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DKFZp686P15220 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6N089
#2: 抗体
Antibody 27F3 light chain


分子量: 23140.697 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGK@ / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UL78, UniProt: Q6P5S8
#3: タンパク質
Hemagglutinin / ヘマグルチニン


分子量: 36729.402 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C3W5S1
#4: タンパク質
Hemagglutinin / ヘマグルチニン


分子量: 20206.320 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A023ZYH9, UniProt: C5MVT7*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.51 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 77.2 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 177944 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.97 / Rpim(I) all: 0.08 / Rsym value: 0.13 / Net I/av σ(I): 8.7 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 8765 / CC1/2: 0.73 / Rpim(I) all: 0.45 / Rsym value: 0.76 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M4Y 4FQH 4FQL

4m4y

4fqh

4fql


解像度: 3.492→49.451 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2683 8902 5.01 %
Rwork0.2462 --
obs0.2473 177692 98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.492→49.451 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数43322 0 0 0 43322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01844410
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.58860342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.94716258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1756624
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.017764
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.53210.34832650.32824867X-RAY DIFFRACTION86
3.5321-3.57370.31832880.29675622X-RAY DIFFRACTION99
3.5737-3.61720.33723000.30375655X-RAY DIFFRACTION99
3.6172-3.6630.3013120.29925649X-RAY DIFFRACTION99
3.663-3.71120.30433150.28145611X-RAY DIFFRACTION99
3.7112-3.7620.30482820.27855686X-RAY DIFFRACTION99
3.762-3.81570.29412930.27365671X-RAY DIFFRACTION99
3.8157-3.87270.27342910.28175616X-RAY DIFFRACTION99
3.8727-3.93320.27522680.28445683X-RAY DIFFRACTION99
3.9332-3.99760.29852980.27395698X-RAY DIFFRACTION99
3.9976-4.06650.27383090.26795625X-RAY DIFFRACTION99
4.0665-4.14040.28622950.26915659X-RAY DIFFRACTION99
4.1404-4.220.26662920.25035657X-RAY DIFFRACTION99
4.22-4.30610.27452690.24555666X-RAY DIFFRACTION99
4.3061-4.39970.26562900.2395622X-RAY DIFFRACTION99
4.3997-4.5020.26353040.23335643X-RAY DIFFRACTION99
4.502-4.61450.25463140.23495627X-RAY DIFFRACTION99
4.6145-4.73910.24222980.22755681X-RAY DIFFRACTION99
4.7391-4.87850.26072970.24215627X-RAY DIFFRACTION99
4.8785-5.03580.26083120.23355671X-RAY DIFFRACTION99
5.0358-5.21560.24673180.23335620X-RAY DIFFRACTION99
5.2156-5.42420.24333100.23045642X-RAY DIFFRACTION98
5.4242-5.67070.25232950.24815639X-RAY DIFFRACTION98
5.6707-5.96920.293000.25675668X-RAY DIFFRACTION98
5.9692-6.34250.28533160.25085646X-RAY DIFFRACTION98
6.3425-6.8310.25523000.25545679X-RAY DIFFRACTION98
6.831-7.51630.28943090.24525679X-RAY DIFFRACTION98
7.5163-8.5990.30652970.22345675X-RAY DIFFRACTION98
8.599-10.81520.19212840.18215693X-RAY DIFFRACTION96
10.8152-49.45560.25022810.22575613X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 98.7608 Å / Origin y: 0.2239 Å / Origin z: 46.8985 Å
111213212223313233
T0.6596 Å2-0.0813 Å20.0111 Å2-0.6776 Å20.0233 Å2--0.7102 Å2
L0.0405 °2-0.1227 °20.0037 °2-0.1309 °20.0057 °2--0.007 °2
S0.0249 Å °0.0296 Å °-0.0017 Å °-0.0751 Å °-0.0066 Å °-0.0052 Å °-0.0036 Å °-0.0082 Å °-0.0226 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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