PDB-5vqb: Crystal structure of rifampin monooxygenase from Streptomyces ven...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vqb

タイトル

Crystal structure of rifampin monooxygenase from Streptomyces venezuelae, complex with FAD

要素

Rifampin monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

rifampin (リファンピシン) /

rifamycin /

antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) /

monooxygenase / FAD /

flavin adenine dinucleotide (フラビンアデニンジヌクレオチド) /

structural genomics (構造ゲノミクス) / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / NIAID /

National Institute of Allergy and Infectious Disease (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所)

機能・相同性

機能・相同性情報

rifampicin monooxygenase / FAD binding /

monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces venezuelae (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.391 Å

データ登録者

Cox, G. / Kelso, J. / Stogios, P.J. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Wright, G.D. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2018
タイトル: Rox, a Rifamycin Resistance Enzyme with an Unprecedented Mechanism of Action.
著者: Koteva, K. / Cox, G. / Kelso, J.K. / Surette, M.D. / Zubyk, H.L. / Ejim, L. / Stogios, P. / Savchenko, A. / Sorensen, D. / Wright, G.D.

履歴

登録	2017年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年2月21日	Group: Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_related Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_database_related.db_id
改定 1.3	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vqb.cif.gz	553.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vqb.ent.gz	458.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/5vqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/5vqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6brdC 5kowS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5eqi-d 5eqh-d 4pyp-d 6brd-1 6m20-1 2bxs-2 4zwc-1 6c7s-d 6m20-2 5dlk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP96175

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Rifampin monooxygenase

B: Rifampin monooxygenase

C: Rifampin monooxygenase

ヘテロ分子

160 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Rifampin monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Rifampin monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Rifampin monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	203.085, 129.285, 75.311
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.52, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Rifampin monooxygenase 分子量: 52470.309 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (strain ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745) (バクテリア) 株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745 遺伝子: SVEN_0481 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F2R776
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.35 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES pH 6, 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 5K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.391→48.92 Å / Num. obs: 25915 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / R_pim(I) all: 0.173 / R_sym value: 0.288 / Net I/σ(I): 5.7
反射シェル	解像度: 3.4→3.46 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / Num. unique obs: 1305 / CC_1/2: 0.457 / R_pim(I) all: 0.565 / R_sym value: 0.928 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2733: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5KOW

5kow

解像度: 3.391→48.92 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2836	1295	5 %	RANDOM
R_work	0.2255	-	-	-
obs	0.2284	25896	99.23 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.391→48.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10623	0	173	60	10856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	11006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.447	14968
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.801	3931
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1682
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1953

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3906-3.5263	0.3528	137	0.3084	2595	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5263-3.6868	0.3472	144	0.2793	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6868-3.8811	0.3428	144	0.2529	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8811-4.1241	0.3037	145	0.2308	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1241-4.4423	0.2438	145	0.1987	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4423-4.889	0.2368	144	0.1901	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
4.889-5.5956	0.2311	145	0.2029	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5956-7.0465	0.3107	145	0.2354	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0465-48.9248	0.2546	146	0.2006	2765	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.5354	-1.8352	-1.1145	5.2599	3.0456	5.879	0.1165	-0.0608	-0.4126	0.5039	0.4698	-0.3845	0.0787	0.1813	-0.3673	0.304	0.0883	-0.1773	0.2573	-0.0427	0.203	59.2717	-12.6866	26.9855
2	2.0067	-0.6612	0.4475	3.2592	0.9567	2.1329	-0.1377	0.032	0.0426	0.1632	0.3145	-0.1949	0.027	0.1096	-0.1655	0.2202	0.0466	-0.0494	0.2134	0.0491	0.1909	54.6482	-6.0267	23.6254
3	7.8563	-1.1234	-0.0095	0.3488	-1.1025	6.4456	-0.3742	1.2065	1.6497	-0.558	-0.4753	-0.6302	0.1394	0.9786	0.7451	1.0983	-0.2219	0.2121	1.2186	0.4378	1.1338	60.3304	7.9664	1.1435
4	3.4712	0.8477	-0.4379	4.1892	1.2093	5.2938	0.0257	0.2051	0.1543	-0.2792	0.0996	0.4405	0.1344	-0.3063	-0.0249	0.1509	0.0855	0.0441	0.3317	0.0531	0.0957	46.8639	-10.8805	20.3791
5	1.1137	-0.3558	-0.1562	5.2145	-2.3803	4.1952	-0.2051	-0.2958	-0.0564	0.2041	0.1417	-0.0146	-0.1816	-0.389	0.1222	0.1323	0.0901	-0.0072	0.3479	0.0798	0.2579	38.2333	1.7315	16.5731
6	4.7424	1.5785	-1.4759	2.578	-1.3693	2.6455	0.1584	-0.507	0.6934	0.7863	-0.307	0.4377	-0.2128	-0.5037	0.0628	0.5448	0.0158	0.1207	0.4549	-0.1099	0.2433	37.5131	-1.0557	42.6175
7	2.2833	-0.0059	-0.0993	1.4862	-0.6642	3.1556	-0.0811	0.3474	-0.0589	0.0784	-0.0367	0.003	-0.0865	-0.0304	0.1128	0.4181	-0.1228	-0.2549	0.2309	0.0714	0.3089	14.1468	25.2029	-15.6154
8	0.0611	-0.0525	0.1312	0.1827	-0.0661	0.2977	-0.1516	-0.2357	0.1416	0.365	-0.4159	0.2574	-0.0794	-0.4999	0.2928	1.4119	-0.0642	0.3331	0.8	-0.5603	1.9665	22.6157	0.7621	-13.7177
9	3.6815	5.3565	-3.8872	8.9872	-4.5818	5.07	0.6921	0.3146	-0.0994	-0.8333	-2.218	-4.4143	0.3445	2.5296	1.5828	2.0694	0.4063	0.6011	2.046	1.4626	4.1244	14.5588	-6.9537	-0.1342
10	9.1242	0.5563	5.3584	6.4996	3.2555	4.4748	0.3308	-0.4965	-4.0428	0.7479	0.249	0.3942	1.5587	-0.3328	-0.4402	1.7277	0.0193	0.2813	0.9454	-0.0692	2.1347	18.3785	-1.9107	-12.3963
11	0.8884	0.2096	-0.6793	2.4514	-0.6745	1.9016	-0.2705	-0.1791	0.3157	-0.0321	0.0153	-0.4228	-0.1757	0.2763	-0.2808	0.4797	-0.108	-0.3849	0.2156	0.0241	0.2437	24.6616	29.7867	-12.7727
12	2.0802	-0.4745	-0.0285	1.6632	-0.6392	0.5361	-0.1496	-0.2824	0.4943	0.1458	0.0188	-0.0098	-0.3027	0.019	0.1091	0.6113	0.0283	-0.2703	0.3037	-0.0585	0.3758	19.8307	32.4672	4.0031
13	1.46	-0.5399	-0.2902	3.2823	1.7519	4.3171	0.1474	-0.2033	0.0909	-0.2126	-0.0965	0.0946	-0.1315	0.0863	-0.0253	0.1766	-0.0441	-0.0167	0.2666	-0.036	0.5591	59.679	28.1264	46.0157
14	9.1302	1.7925	1.0834	6.4318	-0.9032	4.5115	-1.6295	2.2143	-1.0894	-2.1482	0.1841	-2.0204	-1.6664	2.3294	1.4467	2.5174	-0.5506	0.6015	1.6777	0.2091	1.7379	70.8847	35.5777	20.969
15	5.5561	2.1807	6.2025	5.5523	4.8073	8.308	-1.2087	0.1572	-1.2334	-1.793	0.4734	-2.1334	-1.4817	0.8759	0.7323	1.9649	-0.0078	0.5661	1.1493	0.7154	2.144	67.5009	45.7514	25.2994
16	3.0777	-0.0062	1.1833	5.4645	-1.1349	4.5679	-0.1567	-0.1096	0.2261	0.2023	-0.1439	-0.8754	-0.1117	0.217	0.263	0.2842	0.0156	-0.0566	0.2556	-0.0675	0.6801	68.954	28.8148	52.8453
17	5.6405	-0.4603	-2.4035	3.5447	-0.8776	8.8881	0.2681	-0.0092	-0.027	-0.2887	-0.0041	-0.3698	-0.0526	0.6186	-0.2517	0.1491	0.0368	-0.065	0.4379	-0.0841	0.6315	84.7713	23.9748	38.0539
18	4.2146	0.8896	-1.7735	1.7893	1.9074	4.4833	-0.2387	-0.7555	-0.5787	0.7308	0.1406	-0.3257	0.7768	0.2186	0.0762	0.6512	0.1689	-0.1421	0.4796	0.0857	0.6346	68.3387	4.7038	55.9912

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:41)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 42:167)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 168:257)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 258:308)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 309:385)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 386:474)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 1:168)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 169:184)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 185:197)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 198:260)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 261:332)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 333:474)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 1:171)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 172:220)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 221:256)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain C and resid 257:334)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 335:385)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 386:474)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)