PDB-5vl1: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Mycobacterium ulc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vl1

タイトル

Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Mycobacterium ulcerans complexed with L-lysine

要素

Lysine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE (リガーゼ) / SSGCID / synthetase /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

リシンtRNAリガーゼ /

lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation /

nucleic acid binding / magnesium ion binding /

ATP binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium ulcerans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Mycobacterium ulcerans complexed with L-lysine
著者: Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vl1.cif.gz	769.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vl1.ent.gz	637.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vl1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/5vl1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/5vl1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3a74S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6aqh-3 6aqg-2 6aqh-2 6aqg-4 6aqh-1 6aqh-4 6aqg-3 4drf-2 6dcx-1 5x7d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MyulA.00612.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lysine--tRNA ligase

B: Lysine--tRNA ligase

C: Lysine--tRNA ligase

D: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

228 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
57.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.9 kDa, 1 ポリマー
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5

A: Lysine--tRNA ligase

B: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
114 kDa, 2 ポリマー
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6

C: Lysine--tRNA ligase

D: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
114 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.040, 96.690, 105.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.380, 104.840, 117.150
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 9 through 15 or (resid 16...
2	1	(chain B and (resid 9 or (resid 10 through 13...
3	1	(chain C and (resid 9 through 10 or (resid 11...
4	1	(chain D and (resid 9 or (resid 10 through 13...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	ARG	ARG	(chain A and (resid 9 through 15 or (resid 16...	A	A	9 - 15	17 - 23
1	2	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain A and (resid 9 through 15 or (resid 16...	A	A	16	24
1	3	PRO	PRO	ARG	ARG	(chain A and (resid 9 through 15 or (resid 16...	A	A	9 - 494	17 - 502
1	4	PRO	PRO	ARG	ARG	(chain A and (resid 9 through 15 or (resid 16...	A	A	9 - 494	17 - 502
1	5	PRO	PRO	ARG	ARG	(chain A and (resid 9 through 15 or (resid 16...	A	A	9 - 494	17 - 502
1	6	PRO	PRO	ARG	ARG	(chain A and (resid 9 through 15 or (resid 16...	A	A	9 - 494	17 - 502
2	1	PRO	PRO	PRO	PRO	(chain B and (resid 9 or (resid 10 through 13...	B	B	9	17
2	2	GLU	GLU	ARG	ARG	(chain B and (resid 9 or (resid 10 through 13...	B	B	10 - 13	18 - 21
2	3	ILE	ILE	ARG	ARG	(chain B and (resid 9 or (resid 10 through 13...	B	B	8 - 494	16 - 502
2	4	ILE	ILE	ARG	ARG	(chain B and (resid 9 or (resid 10 through 13...	B	B	8 - 494	16 - 502
2	5	ILE	ILE	ARG	ARG	(chain B and (resid 9 or (resid 10 through 13...	B	B	8 - 494	16 - 502
2	6	ILE	ILE	ARG	ARG	(chain B and (resid 9 or (resid 10 through 13...	B	B	8 - 494	16 - 502
3	1	PRO	PRO	GLU	GLU	(chain C and (resid 9 through 10 or (resid 11...	C	C	9 - 10	17 - 18
3	2	GLN	GLN	ARG	ARG	(chain C and (resid 9 through 10 or (resid 11...	C	C	11 - 13	19 - 21
3	3	ILE	ILE	ARG	ARG	(chain C and (resid 9 through 10 or (resid 11...	C	C	8 - 494	16 - 502
3	4	ILE	ILE	ARG	ARG	(chain C and (resid 9 through 10 or (resid 11...	C	C	8 - 494	16 - 502
3	5	ILE	ILE	ARG	ARG	(chain C and (resid 9 through 10 or (resid 11...	C	C	8 - 494	16 - 502
3	6	ILE	ILE	ARG	ARG	(chain C and (resid 9 through 10 or (resid 11...	C	C	8 - 494	16 - 502
4	1	PRO	PRO	PRO	PRO	(chain D and (resid 9 or (resid 10 through 13...	D	D	9	17
4	2	GLU	GLU	ARG	ARG	(chain D and (resid 9 or (resid 10 through 13...	D	D	10 - 13	18 - 21
4	3	ASN	ASN	ARG	ARG	(chain D and (resid 9 or (resid 10 through 13...	D	D	7 - 494	15 - 502
4	4	ASN	ASN	ARG	ARG	(chain D and (resid 9 or (resid 10 through 13...	D	D	7 - 494	15 - 502
4	5	ASN	ASN	ARG	ARG	(chain D and (resid 9 or (resid 10 through 13...	D	D	7 - 494	15 - 502
4	6	ASN	ASN	ARG	ARG	(chain D and (resid 9 or (resid 10 through 13...	D	D	7 - 494	15 - 502

#1: タンパク質	Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase / LysRS 分子量: 56581.621 Da / 分子数: 4 / 断片: MyulA.00612.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium ulcerans (strain Agy99) (バクテリア) 株: Agy99 / 遺伝子: lysS, MUL_4181 / プラスミド: MyulA.00612.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0PV47, リシンtRNAリガーゼ
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン / リシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.29 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: MyulA.00612.a.B1.PW37993 at 28 mg/ml was incubated with 3 mM MgCl2, AMPPNP, and L-Lysine, then mixed 1:1 with Morpheus(e9): 10% (w/v) PEG-20,000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.1 M bicine/ Trisma ...詳細: MyulA.00612.a.B1.PW37993 at 28 mg/ml was incubated with 3 mM MgCl2, AMPPNP, and L-Lysine, then mixed 1:1 with Morpheus(e9): 10% (w/v) PEG-20,000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.1 M bicine/ Trisma base, pH = 8.5, and 0.03 M each diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol, pentaethylene glycol

結晶

マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.29 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: MyulA.00612.a.B1.PW37993 at 28 mg/ml was incubated with 3 mM MgCl2, AMPPNP, and L-Lysine, then mixed 1:1 with Morpheus(e9): 10% (w/v) PEG-20,000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.1 M bicine/ Trisma ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月12日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→46.455 Å / Num. obs: 86858 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.945 % / B_iso Wilson estimate: 52.3 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 1.021 / Net I/σ(I): 12.14 / Num. measured all: 342637 / Scaling rejects: 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.7-2.77	3.986	0.599	2.36	6396	0.805	0.692	98.2
2.77-2.85	3.986	0.473	2.93	6214	0.88	0.547	98.4
2.85-2.93	3.983	0.376	3.68	6107	0.916	0.435	98.2
2.93-3.02	3.982	0.306	4.43	5877	0.942	0.354	98.7
3.02-3.12	3.979	0.24	5.6	5723	0.96	0.277	98.4
3.12-3.23	3.971	0.187	6.92	5554	0.974	0.217	98.7
3.23-3.35	3.966	0.148	8.52	5312	0.983	0.172	98.7
3.35-3.49	3.96	0.115	10.56	5167	0.989	0.134	98.7
3.49-3.64	3.947	0.096	12.63	4934	0.991	0.111	99
3.64-3.82	3.946	0.078	15.1	4738	0.993	0.091	98.8
3.82-4.02	3.927	0.07	16.66	4482	0.995	0.081	99.1
4.02-4.27	3.914	0.058	19.39	4264	0.996	0.067	99.2
4.27-4.56	3.914	0.052	21.39	4019	0.996	0.061	98.8
4.56-4.93	3.902	0.05	21.99	3709	0.996	0.058	99.5
4.93-5.4	3.904	0.051	21.78	3429	0.996	0.06	99.3
5.4-6.04	3.894	0.055	21.69	3119	0.995	0.063	99.3
6.04-6.97	3.876	0.051	22.06	2736	0.997	0.059	99.3
6.97-8.54	3.882	0.042	26.16	2319	0.997	0.048	99.5
8.54-12.07	3.856	0.036	29.09	1801	0.997	0.042	99.4
12.07-46.455	3.694	0.036	29.34	958	0.998	0.042	97.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3A74

3a74

解像度: 2.7→46.455 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.55

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2043	2193	2.53 %
R_work	0.177	-	-
obs	0.1777	86835	98.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 218.31 Å² / B_iso mean: 63.6092 Å² / B_iso min: 5.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→46.455 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14866	0	101	326	15293
B_iso mean	-	-	78.95	50.74	-
残基数	-	-	-	-	1941

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	15380
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5	20882
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	2379
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2756
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.497	9364

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	8542	X-RAY DIFFRACTION	8.803	TORSIONAL
1	2	B	8542	X-RAY DIFFRACTION	8.803	TORSIONAL
1	3	C	8542	X-RAY DIFFRACTION	8.803	TORSIONAL
1	4	D	8542	X-RAY DIFFRACTION	8.803	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6999-2.7586	0.3069	119	0.2846	5243	5362	98
2.7586-2.8227	0.324	124	0.2541	5247	5371	98
2.8227-2.8933	0.2659	117	0.2449	5295	5412	98
2.8933-2.9715	0.261	127	0.236	5304	5431	98
2.9715-3.0589	0.3003	126	0.2473	5284	5410	99
3.0589-3.1577	0.2722	134	0.2428	5292	5426	99
3.1577-3.2705	0.2557	130	0.2235	5298	5428	99
3.2705-3.4014	0.2514	133	0.2126	5313	5446	99
3.4014-3.5561	0.2526	155	0.1975	5249	5404	99
3.5561-3.7435	0.2146	159	0.1901	5265	5424	99
3.7435-3.978	0.2075	136	0.163	5302	5438	99
3.978-4.2849	0.1795	145	0.1402	5297	5442	99
4.2849-4.7158	0.1544	123	0.1213	5323	5446	99
4.7158-5.3973	0.1649	153	0.1381	5307	5460	99
5.3973-6.7966	0.1933	138	0.1657	5349	5487	99
6.7966-46.4621	0.1475	174	0.1481	5274	5448	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.16	-0.245	0.571	1.2637	-1.2988	2.6743	-0.1783	-0.2737	-0.0692	0.3286	0.0027	-0.2962	-0.2856	0.2319	0.1536	0.4442	0.0467	-0.0039	0.3766	0.005	0.4229	7.5002	-11.003	15.7467
2	5.7287	-2.1687	-2.8689	1.0199	0.8482	7.7693	-0.2261	0.0071	-0.156	-0.0444	0.4406	0.1979	0.5417	-0.598	-0.1608	0.3547	-0.0099	-0.0122	0.3191	-0.0446	0.4247	-10.5642	-5.8726	-7.46
3	1.1044	-0.3063	-0.0268	1.1232	0.2195	1.4967	-0.0106	0.0689	-0.0631	-0.0326	0.0565	0.1837	0.1214	-0.3031	-0.0604	0.3401	-0.0207	0.0376	0.3743	0.0609	0.374	-13.932	-12.1899	-15.9063
4	3.9213	0.8064	-0.7611	2.5478	-1.0823	4.0545	0.1035	0.1862	-0.0092	-0.2767	-0.1002	-0.1468	-0.1355	-0.074	-0.0043	0.4981	0.0115	-0.0074	0.3059	0.0825	0.3639	-2.3596	15.1972	-35.6676
5	1.4855	-0.1075	1.5988	1.0426	-1.664	3.9829	-0.0436	-0.1623	0.2805	0.3152	0.0138	0.0565	-0.8263	-0.1815	0.1144	0.6852	-0.004	0.0062	0.2847	-0.0367	0.4519	-1.8908	16.4806	-10.8263
6	1.689	-0.3048	0.3067	1.9327	-1.3962	2.9124	-0.1698	-0.223	0.1855	0.413	0.2245	0.0374	-0.2034	-0.2018	-0.0458	0.5098	0.0785	0.0739	0.299	-0.0092	0.3181	-4.5208	-1.0883	11.2542
7	7.6966	-0.9181	0.3006	0.2725	-0.5452	2.8848	-0.4299	-0.2423	0.6365	0.4126	0.3315	-0.3164	-0.7312	0.0408	0.0935	0.8038	0.0204	-0.091	0.3338	-0.0736	0.5169	-0.978	8.434	11.8676
8	0.9588	0.2945	0.192	2.0008	0.5189	1.4193	-0.331	-0.4647	0.681	0.6868	-0.1774	-0.1998	-1.2124	0.6374	0.0185	1.231	-0.1328	-0.2395	0.5887	-0.1915	0.7774	8.3542	20.7863	19.7361
9	0.6575	-0.188	0.021	1.2084	0.0305	2.3458	-0.22	-0.2063	0.1951	0.5592	0.1051	-0.162	-0.9223	0.0027	0.1117	0.8595	0.0401	-0.0874	0.4332	-0.0368	0.472	1.1994	9.4333	19.4257
10	3.4994	1.1591	-0.8966	5.1435	-0.122	3.5075	-0.2202	0.4325	-0.7297	-0.6946	-0.3581	-0.1699	0.3927	-0.3436	0.5341	0.7896	0.0361	-0.0017	0.5277	-0.1366	0.6042	-37.6959	9.3758	12.2221
11	0.8186	-0.4179	-0.3833	1.5018	0.8325	2.0648	0.1006	0.1168	-0.092	-0.2592	-0.123	0.0432	-0.0378	-0.1529	0.0386	0.333	0.0706	0.0135	0.343	0.0694	0.3485	-33.4335	31.104	35.3807
12	0.7455	0.5259	1.9191	6.7382	-1.5835	6.2685	0.1601	0.0336	-0.0963	-0.3925	0.0253	-0.347	-0.0178	0.6088	-0.0709	0.2474	0.0118	0.0033	0.3057	-0.0089	0.3316	-28.4143	39.247	47.6548
13	0.9286	-0.0916	0.1728	1.8115	-0.2683	1.9563	0.067	-0.0599	0.1317	0.0997	-0.0259	-0.1708	-0.3127	0.263	-0.0615	0.3309	-0.058	0.0461	0.3285	0.028	0.3546	-21.045	38.4492	55.765
14	3.1939	0.8945	-0.9301	8.9889	0.3864	3.2547	0.2286	-0.3122	0.5322	0.621	-0.0661	0.0048	-0.8342	0.1738	-0.2133	0.6012	0.0202	0.1354	0.481	-0.0944	0.3411	-40.0632	52.7462	72.6247
15	3	-0.3154	-0.7133	2.8908	0.0627	5.1463	-0.1857	0.1777	-0.2447	0.1788	0.028	0.3769	0.0487	-0.644	0.187	0.3282	0.0784	0.186	0.5361	0.0177	0.4867	-55.3613	38.7185	74.6253
16	2.0238	-0.1612	-0.9281	1.7266	0.2982	4.2293	0.1566	-0.007	0.1314	0.1476	-0.1041	0.2697	-0.619	-0.3059	-0.0659	0.4613	0.162	0.1279	0.4358	0.0308	0.4737	-50.8263	47.3612	71.8604
17	0.1958	-0.7092	-0.2943	4.211	3.5732	5.1791	-0.167	-0.2544	-0.2314	0.2251	0.099	0.3788	0.1916	-0.497	0.1564	0.2292	0.0226	0.0277	0.6074	0.0383	0.4881	-52.2225	32.6257	44.8371
18	1.0511	-0.2322	-0.1409	2.3891	0.4396	2.5163	0.1604	0.2077	0.1028	-0.4273	-0.0741	0.1128	-0.2417	-0.0701	-0.0523	0.4647	0.1237	0.0207	0.4261	0.0852	0.3362	-35.6437	37.4422	28.7153
19	1.897	3.1134	-0.4035	6.7824	2.1486	4.6797	0.201	0.0087	0.2606	-0.5189	-0.1407	0.5904	-0.6277	-0.7466	0.0551	0.4403	0.1602	-0.0829	0.668	0.0702	0.4402	-46.2811	39.3404	28.8708
20	0.7999	-0.3431	0.9895	0.7932	-0.3517	1.601	0.13	0.4951	0.0331	-0.6214	-0.4229	0.9665	-0.3955	-1.3536	-0.2104	0.7783	0.344	-0.3166	1.2723	-0.0246	0.7663	-62.1089	38.6549	21.7346
21	1.779	-0.3733	-0.6201	1.2342	0.1835	2.3223	0.0974	0.2895	0.1476	-0.5944	-0.1534	0.3988	-0.3485	-0.7321	0.0358	0.7295	0.2495	-0.172	0.8804	-0.0532	0.5143	-51.4073	36.23	15.8636
22	0.7003	-0.3978	-0.1254	0.8161	0.3141	2.2526	0.2012	0.2555	-0.0151	-0.3198	-0.245	0.1493	-0.3748	-0.6	-0.0156	0.5358	0.1563	-0.0708	0.5562	0.0667	0.4469	-44.8441	39.7794	27.9209

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 254 )	A	9 - 254
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 255 through 278 )	A	255 - 278
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 279 through 502 )	A	279 - 502
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 8 through 140 )	B	8 - 140
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 141 through 191 )	B	141 - 191
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 192 through 254 )	B	192 - 254
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 255 through 278 )	B	255 - 278
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 279 through 372 )	B	279 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 502 )	B	373 - 502
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 8 through 123 )	C	8 - 123
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 124 through 254 )	C	124 - 254
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 255 through 278 )	C	255 - 278
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 279 through 502 )	C	279 - 502
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 7 through 39 )	D	7 - 39
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 40 through 86 )	D	40 - 86
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 87 through 169 )	D	87 - 169
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 170 through 193 )	D	170 - 193
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 194 through 254 )	D	194 - 254
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 255 through 278 )	D	255 - 278
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 279 through 372 )	D	279 - 372
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 373 through 441 )	D	373 - 441
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 442 through 502 )	D	442 - 502

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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