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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uz4 | ||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of YjeQ bound to the 30S subunit suggests a fidelity checkpoint function for this protein in ribosome assembly | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME/Hydrolase / Ribosome assembly (リボソーム) / 30S subunit / YjeQ protein / RsgA protein / RIBOSOME-Hydrolase complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanosine tetraphosphate binding / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity ...guanosine tetraphosphate binding / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / GDP binding / cytosolic small ribosomal subunit / リボソーム生合成 / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / zinc ion binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å | ||||||
データ登録者 | Razi, A. / Guarne, A. / Ortega, J. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017 タイトル: The cryo-EM structure of YjeQ bound to the 30S subunit suggests a fidelity checkpoint function for this protein in ribosome assembly. 著者: Aida Razi / Alba Guarné / Joaquin Ortega / 要旨: Recent work suggests that bacterial YjeQ (RsgA) participates in the late stages of assembly of the 30S subunit and aids the assembly of the decoding center but also binds the mature 30S subunit with ...Recent work suggests that bacterial YjeQ (RsgA) participates in the late stages of assembly of the 30S subunit and aids the assembly of the decoding center but also binds the mature 30S subunit with high affinity. To determine the function and mechanisms of YjeQ in the context of the mature subunit, we determined the cryo-EM structure of the fully assembled 30S subunit in complex with YjeQ at 5.8-Å resolution. We found that binding of YjeQ stabilizes helix 44 into a conformation similar to that adopted by the subunit during proofreading. This finding indicates that, along with acting as an assembly factor, YjeQ has a role as a checkpoint protein, consisting of testing the proofreading ability of the 30S subunit. The structure also informs the mechanism by which YjeQ implements the release from the 30S subunit of a second assembly factor, called RbfA. Finally, it reveals how the 30S subunit stimulates YjeQ GTPase activity and leads to release of the protein. Checkpoint functions have been described for eukaryotic ribosome assembly factors; however, this work describes an example of a bacterial assembly factor that tests a specific translation mechanism of the 30S subunit. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5uz4.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5uz4.ent.gz | 941.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5uz4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/5uz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/5uz4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTB
#2: タンパク質 | 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCS9, UniProt: P0A7V3*PLUS |
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#3: タンパク質 | 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCR2, UniProt: P0A7V8*PLUS |
#4: タンパク質 | 分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W3, UniProt: P0A7W1*PLUS |
#5: タンパク質 | 分子量: 15211.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358 |
#6: タンパク質 | 分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359 |
#7: タンパク質 | 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCS1 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MBZ1 |
#9: タンパク質 | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCT6, UniProt: P0A7R5*PLUS |
#10: タンパク質 | 分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCR3 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCV7 |
#12: タンパク質 | 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T1, UniProt: P0A7S9*PLUS |
#13: タンパク質 | 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCS2, UniProt: P0AG59*PLUS |
#14: タンパク質 | 分子量: 10319.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X9M2, UniProt: P0ADZ4*PLUS |
#15: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MIU7, UniProt: P0A7T3*PLUS |
#16: タンパク質 | 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCS6 |
#17: タンパク質 | 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MLK7 |
#18: タンパク質 | 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCT1, UniProt: P0A7U3*PLUS |
#19: タンパク質 | 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MAE3, UniProt: P0A7U7*PLUS |
#20: タンパク質 | 分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MBF0, UniProt: P0A7V0*PLUS |
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AZ
#1: RNA鎖 | 分子量: 494971.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1095872043 |
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#21: タンパク質 | 分子量: 37345.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rsgA, engC, yjeQ, b4161, JW4122 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P39286, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 |
-非ポリマー , 2種, 2分子
#22: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#23: 化合物 | ChemComp-GGM / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structure of the 30S subunit in complex with YjeQ GTPase タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#21 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat CFT-222C |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 25000 X / 倍率(補正後): 34482 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.5 sec. / 電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-20 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 487018 | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130462 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER |