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- PDB-5t7z: Monoclinic crystal form of the EpoB NRPS cyclization-docking bido... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t7z
タイトルMonoclinic crystal form of the EpoB NRPS cyclization-docking bidomain from Sorangium cellulosum
要素EpoB
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / epothilone (エポチロン) / NRPS / thiazoline (チアゾリン) / cyclization (環式化合物)
機能・相同性
機能・相同性情報


organic substance biosynthetic process / phosphopantetheine binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
TubC, N-terminal docking domain superfamily / TubC, N-terminal docking domain / TubC N-terminal docking domain / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding, conserved site ...TubC, N-terminal docking domain superfamily / TubC, N-terminal docking domain / TubC N-terminal docking domain / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sorangium cellulosum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Dowling, D.P. / Kung, Y. / Croft, A.K. / Taghizadeh, K. / Kelly, W.L. / Walsh, C.T. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structural elements of an NRPS cyclization domain and its intermodule docking domain.
著者: Dowling, D.P. / Kung, Y. / Croft, A.K. / Taghizadeh, K. / Kelly, W.L. / Walsh, C.T. / Drennan, C.L.
履歴
登録2016年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EpoB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7641
ポリマ－61,7641
非ポリマー00
水5,170287
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.768, 90.115, 63.337
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.740, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 EpoB


分子量: 61764.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sorangium cellulosum (バクテリア)
遺伝子: epoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KIZ9
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細NcoI restriction site was used for the original cloning into pET30a, introducing an Ala ...NcoI restriction site was used for the original cloning into pET30a, introducing an Ala substitution for Thr at position two

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 % / 解説: monoclinic plates
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein at 20 mg mL-1 was incubated with 10 mM acetyl coenzyme A and 30 mM 2-methyl-thiazole-4-carboxylic acid ethyl ester (Synthonix, Wake Forest, NC). Well solution: 56% tacsimate (pH 7.0; ...詳細: Protein at 20 mg mL-1 was incubated with 10 mM acetyl coenzyme A and 30 mM 2-methyl-thiazole-4-carboxylic acid ethyl ester (Synthonix, Wake Forest, NC). Well solution: 56% tacsimate (pH 7.0; Hampton Research, Aliso Viejo, CA) and 1% PEG 1,500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 35020 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 22.69 Å2 / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.03→2.1 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: R32 EpoBcy

解像度: 2.03→36.404 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2116 1719 4.95 %5%
Rwork0.1805 32990 --
obs0.1821 34709 98.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.64 Å2 / Biso mean: 28.6716 Å2 / Biso min: 10.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→36.404 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3964 0 0 287 4251
Biso mean---33.3 -
残基数----493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034129
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6455636
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026641
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003734
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5491581
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.03-2.08980.28741460.22912558270492
2.0898-2.15720.26431310.21932700283197
2.1572-2.23430.2281410.19872743288499
2.2343-2.32370.24921410.194227612902100
2.3237-2.42950.2261550.193627842939100
2.4295-2.55750.22371270.202627992926100
2.5575-2.71770.2721360.200227682904100
2.7177-2.92750.221670.19182765293299
2.9275-3.22190.20381520.18582752290499
3.2219-3.68770.19081410.16072775291699
3.6877-4.64460.17571470.15072773292099
4.6446-36.40950.18611350.16782812294798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.13-0.0821-0.34792.1947-0.18670.9863-0.0310.0107-0.1513-0.0028-0.0263-0.54290.23290.16360.060.2739-0.0208-0.00050.22-0.0160.3417-6.8345-17.275341.1621
21.0372-0.0565-0.17730.35050.10610.86520.01240.1152-0.0017-0.0478-0.03180.0186-0.02960.03230.01410.14510.0141-0.02330.14510.00840.132914.7742.595912.3977
30.91650.20510.25910.78940.43771.16520.029-0.17320.0446-0.0063-0.04930.0463-0.0525-0.08320.01190.17380.00410.03350.16710.00660.164711.33858.30738.7471
40.6959-0.2551-0.35810.68390.35731.4223-0.0493-0.09720.03620.03760.0901-0.044-0.09980.1835-0.03530.2124-0.01320.01820.22460.00040.193423.16558.113133.3687
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:59)A2 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 60:242)A60 - 242
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 243:405)A243 - 405
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 406:497)A406 - 497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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