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- PDB-5o61: The complete structure of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o61
タイトルThe complete structure of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosome
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • (50S ribosomal protein ...) x 31
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA23SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
  • Conserved domain proteinタンパク質ドメイン
  • LSU ribosomal protein L28P
  • P/P-site Phe-tRNA(Phe)
  • mRNA fragment
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / translation (翻訳 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) ...large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 ...Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid
類似検索 - ドメイン・相同性
フェニルアラニン / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein S6 / Conserved domain protein / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 ...フェニルアラニン / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein S6 / Conserved domain protein / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein bS18B / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL15
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Hentschel, J. / Burnside, C. / Mignot, I. / Leibundgut, M. / Boehringer, D. / Ban, N.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B_163478 スイス
NCCR RNA and disease program, SNSF51NF40_141735 スイス
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: The Complete Structure of the Mycobacterium smegmatis 70S Ribosome.
著者: Jendrik Hentschel / Chloe Burnside / Ingrid Mignot / Marc Leibundgut / Daniel Boehringer / Nenad Ban /
要旨: The ribosome carries out the synthesis of proteins in every living cell. It consequently represents a frontline target in anti-microbial therapy. Tuberculosis ranks among the leading causes of death ...The ribosome carries out the synthesis of proteins in every living cell. It consequently represents a frontline target in anti-microbial therapy. Tuberculosis ranks among the leading causes of death worldwide, due in large part to the combination of difficult-to-treat latency and antibiotic resistance. Here, we present the 3.3-Å cryo-EM structure of the 70S ribosome of Mycobacterium smegmatis, a close relative to the human pathogen Mycobacterium tuberculosis. The structure reveals two additional ribosomal proteins and localizes them to the vicinity of drug-target sites in both the catalytic center and the decoding site of the ribosome. Furthermore, we visualized actinobacterium-specific rRNA and protein expansions that extensively remodel the ribosomal surface with implications for polysome organization. Our results provide a foundation for understanding the idiosyncrasies of mycobacterial translation and reveal atomic details of the structure that will facilitate the design of anti-tubercular therapeutics.
履歴
登録2017年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02024年5月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn
Item: _atom_site.auth_seq_id / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.auth_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3751
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3751
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
3: 50S ribosomal protein bL37
A: 23S rRNA
B: 5S rRNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L9
I: 50S ribosomal protein L10
J: 50S ribosomal protein L11
K: 50S ribosomal protein L13
L: 50S ribosomal protein L14
M: 50S ribosomal protein L15
N: 50S ribosomal protein L16
O: 50S ribosomal protein L17
P: 50S ribosomal protein L18
Q: 50S ribosomal protein L19
R: 50S ribosomal protein L20
S: 50S ribosomal protein L21
T: 50S ribosomal protein L22
U: 50S ribosomal protein L23
V: 50S ribosomal protein L24
W: 50S ribosomal protein L25
X: 50S ribosomal protein L27
Y: LSU ribosomal protein L28P
Z: 50S ribosomal protein L29
a: 50S ribosomal protein L30
b: 50S ribosomal protein L32
c: 50S ribosomal protein L33 1
d: 50S ribosomal protein L34
e: 50S ribosomal protein L35
f: 50S ribosomal protein L36
g: 50S ribosomal protein L31
BA: 16S rRNA
BB: Conserved domain protein
BC: 30S ribosomal protein S3
BD: 30S ribosomal protein S4
BE: 30S ribosomal protein S5
BF: 30S ribosomal protein S6
BG: 30S ribosomal protein S7
BH: 30S ribosomal protein S8
BI: 30S ribosomal protein S9
BJ: 30S ribosomal protein S10
BK: 30S ribosomal protein S11
BL: 30S ribosomal protein S12
BM: 30S ribosomal protein S13
BN: 30S ribosomal protein S14 type Z
BO: 30S ribosomal protein S15
BP: 30S ribosomal protein S16
BQ: 30S ribosomal protein S17
BR: 30S ribosomal protein S18 2
BS: 30S ribosomal protein S19
BT: 30S ribosomal protein S20
BV: 30S ribosomal protein S2
BW: P/P-site Phe-tRNA(Phe)
BX: mRNA fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,322,204689
ポリマ－2,306,45557
非ポリマー15,748632
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area268650 Å2
ΔGint-2235 kcal/mol
Surface area826670 Å2
手法PISA

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 3CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXZabcdefg

#1: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein bL37 / / bl37


分子量: 2841.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QTP4
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / / uL2


分子量: 30425.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD4
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / / uL3


分子量: 23011.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD1
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / / uL4


分子量: 22920.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD2
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / / uL5


分子量: 21152.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG1
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / / uL6


分子量: 19483.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG4
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / / bL9


分子量: 15949.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 44-73 modeled as poly-alanine
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R7F6
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L10 / / uL10


分子量: 18035.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS62
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L11 / / uL11


分子量: 15023.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS45
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / / uL13


分子量: 16146.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSP8
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / / uL14


分子量: 13400.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSF9
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / / uL15


分子量: 15602.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I7G436, UniProt: A0QSG8*PLUS
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / / uL16


分子量: 15774.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD8
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / / bL17


分子量: 21892.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL9
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / / uL18


分子量: 13711.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG5
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L19 / / bL19


分子量: 12892.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QV42
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / / bL20


分子量: 14494.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QYU6
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / / bL21


分子量: 11055.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R151
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / / uL22


分子量: 16353.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD6
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / / uL23


分子量: 11047.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD3
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / / uL24


分子量: 11228.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 48-55 not modeled
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG0
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / / bL25


分子量: 22571.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R3D2
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / / bL27


分子量: 9249.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R150
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / / uL29


分子量: 8790.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD9
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / / uL30


分子量: 7022.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG7
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L32 / / bL32


分子量: 6467.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R3I9
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L33 1 / リボソーム / bL33


分子量: 6468.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS39
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / / bL34


分子量: 5522.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R7K0
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / / bL35


分子量: 7298.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QYU7
#33: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / / bL36


分子量: 4341.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL4
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L31 / / bL31


分子量: 8312.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: residues 49-55 not modeled, intersubunit bridge forming protein
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R215

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 ABBABWBX

#2: RNA鎖 23S rRNA / 23SリボソームRNA


分子量: 1012140.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: GenBank: 118168627
#3: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38061.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: GenBank: 118168627
#35: RNA鎖 16S rRNA /


分子量: 495373.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: GenBank: 118168627
#56: RNA鎖 P/P-site Phe-tRNA(Phe)


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Model and sequence adopted from Escherichia coli tRNA(Phe)
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
#57: RNA鎖 mRNA fragment


分子量: 1791.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

-
30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 BCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBV

#37: タンパク質 30S ribosomal protein S3 / / uS3


分子量: 30191.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD7
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S4 / / uS4


分子量: 23415.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL7
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / / uS5


分子量: 21946.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG6
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / / bS6


分子量: 10991.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0D6J3X3
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / / uS7


分子量: 17660.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS97
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / / uS8


分子量: 14492.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG3
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S9 / / uS9


分子量: 16794.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSP9
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / / uS10


分子量: 11454.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD0
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / / uS11


分子量: 14671.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL6
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S12 / / uS12


分子量: 13896.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS96
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S13 / / uS13


分子量: 14249.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL5
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z / リボソーム / uS14


分子量: 6976.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG2
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S15 / / uS15


分子量: 10368.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QVQ3
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / / bS16


分子量: 16795.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QV37
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / / uS17


分子量: 11127.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSE0
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S18 2 / リボソーム / bS18


分子量: 9524.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R7F7
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S19 / / uS19


分子量: 10800.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD5
#54: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / / bS20


分子量: 9556.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R102
#55: タンパク質 30S ribosomal protein S2 / / uS2


分子量: 30145.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QVB8

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 YBB

#26: タンパク質 LSU ribosomal protein L28P / bL28


分子量: 6891.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I7FJ52, UniProt: A0QV03*PLUS
#36: タンパク質・ペプチド Conserved domain protein / タンパク質ドメイン / bS22


分子量: 4164.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QR10

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非ポリマー , 3種, 632分子

#58: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#59: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#60: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C9H11NO2
詳細: Model and sequence adopted from Escherichia coli tRNA(Phe)
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 70S ribosomeリボソーム / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#57 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 96 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 100719 X
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
詳細: FEI EPU data collection
画像スキャン動画フレーム数/画像: 7

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN Boxer1.9粒子像選択
4CTFFIND3CTF補正
9PHENIXモデル精密化
10RELION1.4初期オイラー角割当
11RELION1.4最終オイラー角割当
13RELION1.4３次元再構成
CTF補正詳細: CTF correction in Relion / タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 224584 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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