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- PDB-5o60: Structure of the 50S large ribosomal subunit from Mycobacterium s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o60
タイトルStructure of the 50S large ribosomal subunit from Mycobacterium smegmatis
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 32
  • 23S rRNA23SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
  • tRNA CCA-end acetylated (Phe)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / translation (翻訳 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex ...large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal protein L2; domain 3 / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain ...Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal protein L2; domain 3 / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Ribosomal Protein L22; Chain A / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Rubrerythrin, domain 2 / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / RRM (RNA recognition motif) domain / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Single Sheet / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35
類似検索 - ドメイン・相同性
フェニルアラニン / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL3 ...フェニルアラニン / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL34
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Hentschel, J. / Burnside, C. / Mignot, I. / Leibundgut, M. / Boehringer, D. / Ban, N.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B_163478 スイス
NCCR RNA and disease program, SNSF51NF40_141735 スイス
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: The Complete Structure of the Mycobacterium smegmatis 70S Ribosome.
著者: Jendrik Hentschel / Chloe Burnside / Ingrid Mignot / Marc Leibundgut / Daniel Boehringer / Nenad Ban /
要旨: The ribosome carries out the synthesis of proteins in every living cell. It consequently represents a frontline target in anti-microbial therapy. Tuberculosis ranks among the leading causes of death ...The ribosome carries out the synthesis of proteins in every living cell. It consequently represents a frontline target in anti-microbial therapy. Tuberculosis ranks among the leading causes of death worldwide, due in large part to the combination of difficult-to-treat latency and antibiotic resistance. Here, we present the 3.3-Å cryo-EM structure of the 70S ribosome of Mycobacterium smegmatis, a close relative to the human pathogen Mycobacterium tuberculosis. The structure reveals two additional ribosomal proteins and localizes them to the vicinity of drug-target sites in both the catalytic center and the decoding site of the ribosome. Furthermore, we visualized actinobacterium-specific rRNA and protein expansions that extensively remodel the ribosomal surface with implications for polysome organization. Our results provide a foundation for understanding the idiosyncrasies of mycobacterial translation and reveal atomic details of the structure that will facilitate the design of anti-tubercular therapeutics.
履歴
登録2017年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine
改定 1.32019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3750
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3750
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
3: 50S ribosomal protein bL37
A: 23S rRNA
B: 5S rRNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L9
I: 50S ribosomal protein L10
J: 50S ribosomal protein L11
K: 50S ribosomal protein L13
L: 50S ribosomal protein L14
M: 50S ribosomal protein L15
N: 50S ribosomal protein L16
O: 50S ribosomal protein L17
P: 50S ribosomal protein L18
Q: 50S ribosomal protein L19
R: 50S ribosomal protein L20
S: 50S ribosomal protein L21
T: 50S ribosomal protein L22
U: 50S ribosomal protein L23
V: 50S ribosomal protein L24
W: 50S ribosomal protein L25
X: 50S ribosomal protein L27
Y: 50S ribosomal protein L28
Z: 50S ribosomal protein L29
a: 50S ribosomal protein L30
b: 50S ribosomal protein L32
c: 50S ribosomal protein L33 1
d: 50S ribosomal protein L34
e: 50S ribosomal protein L35
f: 50S ribosomal protein L36
g: 50S ribosomal protein L31
2: tRNA CCA-end acetylated (Phe)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,496,822448
ポリマ－1,486,47835
非ポリマー10,343413
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area213070 Å2
ΔGint-4898 kcal/mol
Surface area534060 Å2
手法PISA

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 3CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdefg

#1: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein bL37 / / bl37


分子量: 2841.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QTP4
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / / uL2


分子量: 30425.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD4
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / / uL3


分子量: 23011.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD1
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / / uL4


分子量: 22920.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD2
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / / uL5


分子量: 21152.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG1
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / / uL6


分子量: 19483.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG4
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / / bL9


分子量: 15949.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 44 to 73 modeled as poly-alanine
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R7F6
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L10 / / uL10


分子量: 18035.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS62
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L11 / / uL11


分子量: 15023.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS45
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / / uL13


分子量: 16146.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSP8
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / / uL14


分子量: 13400.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSF9
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / / uL15


分子量: 15602.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG8
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / / uL16


分子量: 15774.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD8
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / / bL17


分子量: 21892.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL9
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / / uL18


分子量: 13711.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG5
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L19 / / bL19


分子量: 12892.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QV42
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / / bL20


分子量: 14494.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QYU6
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / / bL21


分子量: 11055.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R151
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / / uL22


分子量: 16353.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD6
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / / uL23


分子量: 11047.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD3
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / / uL24


分子量: 11228.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 48 to 55 not modeled
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG0
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / / bL25 / General stress protein CTC


分子量: 22571.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R3D2
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / / bL27


分子量: 9249.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R150
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L28 / / bL28


分子量: 6891.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QV03
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / / uL29


分子量: 8790.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD9
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / / uL30


分子量: 7022.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG7
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L32 / / bL32


分子量: 6467.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R3I9
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L33 1 / リボソーム / bL33


分子量: 6468.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS39
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / / bL34


分子量: 5522.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R7K0
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / / bL35


分子量: 7298.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QYU7
#33: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / / bL36


分子量: 4341.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL4
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L31 / / bL31


分子量: 8312.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R215

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 AB2

#2: RNA鎖 23S rRNA / 23SリボソームRNA


分子量: 1012140.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: GenBank: 118168627
#3: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38061.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: GenBank: 118168627
#35: RNA鎖 tRNA CCA-end acetylated (Phe)


分子量: 894.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: tRNA CCA polyribonucleotid, acetylated (Phe)
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

-
非ポリマー , 3種, 413分子

#36: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#37: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#38: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C9H11NO2 / 詳細: tRNA CCA polyribonucleotid, acetylated (Phe)
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 50S large ribosomal subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#35 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 96 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 100719 X
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
詳細: FEI EPU data collection
画像スキャン動画フレーム数/画像: 7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1692 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN Boxer1.9粒子像選択
4CTFFIND3CTF補正
9RELION1.4初期オイラー角割当
10RELION1.4最終オイラー角割当
12RELION1.4３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正詳細: CTF correction in Relion / タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 224584 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
精密化解像度: 3.18→3.18 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 24.53 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2369 43228 2.51 %
Rwork0.2196 --
obs0.22 1725191 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.008106493
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.074160029
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.42749852
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04520563
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0068269
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2026-3.2390.517914870.508456880ELECTRON MICROSCOPY100
3.239-3.27710.400914320.373255268ELECTRON MICROSCOPY100
3.2771-3.3170.366714570.349656290ELECTRON MICROSCOPY100
3.317-3.3590.349714470.330956010ELECTRON MICROSCOPY100
3.359-3.40320.322714660.31556627ELECTRON MICROSCOPY100
3.4032-3.44980.350713810.304455639ELECTRON MICROSCOPY100
3.4498-3.49910.326814710.29556033ELECTRON MICROSCOPY100
3.4991-3.55130.299813690.286555944ELECTRON MICROSCOPY100
3.5513-3.60670.307115150.281556214ELECTRON MICROSCOPY100
3.6067-3.66590.289514360.268356156ELECTRON MICROSCOPY100
3.6659-3.72910.270514670.25456037ELECTRON MICROSCOPY100
3.7291-3.79680.271214400.247656376ELECTRON MICROSCOPY100
3.7968-3.86980.255914610.237555639ELECTRON MICROSCOPY100
3.8698-3.94880.227213820.22255955ELECTRON MICROSCOPY100
3.9488-4.03460.236414700.217956290ELECTRON MICROSCOPY100
4.0346-4.12840.221614460.208956398ELECTRON MICROSCOPY100
4.1284-4.23160.213914260.197655482ELECTRON MICROSCOPY100
4.2316-4.3460.211414210.191156305ELECTRON MICROSCOPY100
4.346-4.47380.200514050.184356427ELECTRON MICROSCOPY100
4.4738-4.61810.186915160.174355878ELECTRON MICROSCOPY100
4.6181-4.7830.189114820.171255981ELECTRON MICROSCOPY100
4.783-4.97430.184514320.167755906ELECTRON MICROSCOPY100
4.9743-5.20050.171614370.162955984ELECTRON MICROSCOPY100
5.2005-5.47430.167814040.156856333ELECTRON MICROSCOPY100
5.4743-5.81680.168914290.157456140ELECTRON MICROSCOPY100
5.8168-6.26510.160814300.151856064ELECTRON MICROSCOPY100
6.2651-6.89410.176514450.156555941ELECTRON MICROSCOPY100
6.8941-7.88820.163314500.148556288ELECTRON MICROSCOPY100
7.8882-9.9250.170313940.152555844ELECTRON MICROSCOPY100
9.925-49.3650.159314300.146655634ELECTRON MICROSCOPY99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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