PDB-5nmp: Isatin hydrolase A (IHA) from Ralstonia solanacearum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nmp

タイトル

Isatin hydrolase A (IHA) from Ralstonia solanacearum

要素

Isatin hydrolase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Isatin (イサチン) /

ralstonia (ラルストニア属)

機能・相同性

機能・相同性情報

arylformamidase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine
類似検索 - 分子機能

生物種

Ralstonia solanacearum (青枯病菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Sommer, T. / Bjerregaard-Andersen, K. / Morth, J.P.

資金援助

デンマーク,

ノルウェー, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: A fundamental catalytic difference between zinc and manganese dependent enzymes revealed in a bacterial isatin hydrolase.
著者: Sommer, T. / Bjerregaard-Andersen, K. / Uribe, L. / Etzerodt, M. / Diezemann, G. / Gauss, J. / Cascella, M. / Morth, J.P.

履歴

登録	2017年4月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.2	2018年9月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nmp.cif.gz	1020.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nmp.ent.gz	865.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nmp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/5nmp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/5nmp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nnaC 5nnbC 4j0nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vuf-d 6cze-1 4m8d-6 1q7c-d 1n4m-1 6cve-1 1kws-d 5e7i-2 6h7d-d 3igy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isatin hydrolase

B: Isatin hydrolase

C: Isatin hydrolase

D: Isatin hydrolase

E: Isatin hydrolase

F: Isatin hydrolase

G: Isatin hydrolase

H: Isatin hydrolase

I: Isatin hydrolase

J: Isatin hydrolase

ヘテロ分子

291 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Isatin hydrolase

B: Isatin hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, run equivalent to a dimer
58.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Isatin hydrolase

D: Isatin hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
58.3 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Isatin hydrolase

F: Isatin hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
58.3 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Isatin hydrolase

H: Isatin hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
58.1 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Isatin hydrolase

J: Isatin hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
58.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	164.840, 164.840, 275.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Isatin hydrolase 分子量: 28958.447 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (青枯病菌) 株: GMI1000 / 遺伝子: RSc1835 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8XYC3
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸 / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.21 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1 M succinate, 0.1 M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→99.199 Å / Num. obs: 125897 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 2.65→2.72 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 9226 / R_pim(I) all: 0.663 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4J0N

4j0n

解像度: 2.65→99.199 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.81 / 位相誤差: 21.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1925	12152	5.02 %
R_work	0.1609	-	-
obs	0.1625	241930	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→99.199 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20298	0	74	246	20618

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	21032
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.653	28759
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.793	7333
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	3106
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3807

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.6801	0.3155	378	0.3068	7531	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6801-2.7117	0.3455	424	0.2976	7561	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7117-2.7447	0.3179	373	0.2924	7823	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7447-2.7795	0.3183	429	0.2913	7542	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7795-2.816	0.334	418	0.2954	7682	X-RAY DIFFRACTION	99
2.816-2.8546	0.3245	481	0.2938	7567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8546-2.8954	0.3106	435	0.2856	7732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8954-2.9386	0.295	374	0.269	7682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9386-2.9846	0.2855	400	0.2546	7684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9846-3.0335	0.2914	420	0.2391	7684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0335-3.0858	0.2717	427	0.2276	7620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0858-3.1419	0.2791	416	0.2248	7684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1419-3.2023	0.2531	410	0.2101	7696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2023-3.2677	0.2604	401	0.2063	7667	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2677-3.3388	0.2438	395	0.2052	7715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3388-3.4164	0.2577	411	0.202	7681	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4164-3.5019	0.222	379	0.1973	7735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5019-3.5966	0.2036	410	0.1606	7627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5966-3.7024	0.1698	382	0.1471	7748	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7024-3.8219	0.1708	438	0.1465	7685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8219-3.9585	0.1578	389	0.1355	7634	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9585-4.117	0.1668	373	0.1304	7768	X-RAY DIFFRACTION	100
4.117-4.3044	0.1414	387	0.1211	7602	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3044-4.5313	0.1511	359	0.1127	7664	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5313-4.8152	0.1346	396	0.1058	7655	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8152-5.187	0.1429	405	0.1124	7659	X-RAY DIFFRACTION	99
5.187-5.7089	0.1471	424	0.1278	7627	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7089-6.5349	0.1731	387	0.1295	7643	X-RAY DIFFRACTION	99
6.5349-8.2327	0.1454	399	0.1287	7653	X-RAY DIFFRACTION	99
8.2327-99.2685	0.1534	432	0.1273	7527	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.3567	-4.9412	-1.3265	6.8294	0.6768	3.9519	0.2598	0.459	-0.8765	-0.6454	-0.6088	0.6008	0.1949	0.2594	0.2516	0.8166	-0.0266	-0.0674	0.7235	0.1144	0.6712	195.6862	81.8534	231.9793
2	5.0412	1.92	-5.1124	1.8537	-0.9261	6.0249	-0.1613	0.1012	0.43	0.0613	0.2869	0.1331	0.3784	-0.5137	-0.1915	0.5597	0.0444	0.0252	0.4812	0.0701	0.4756	183.1473	81.8556	255.6825
3	7.5559	3.9077	-3.4742	3.6377	-3.4169	3.5168	-0.4053	-0.3977	0.1752	0.6788	0.4004	0.9863	0.0951	-0.8371	-0.0483	0.7582	-0.0118	0.0833	0.5907	0.019	0.5222	182.9718	67.5374	274.8092
4	7.1988	5.2096	1.3204	4.6157	0.5247	4.1836	0.1887	-0.1474	0.2355	1.0167	-0.352	0.2671	-0.8073	0.3406	0.2371	0.9033	-0.0186	-0.149	0.5531	0.0433	0.6931	196.1976	93.841	273.4353
5	0.7356	0.0085	0.2225	2.1319	0.4012	0.7527	-0.0929	0.1799	-0.0071	0.2716	0.0093	-0.2517	0.0678	0.133	0.0826	0.5486	0.0013	0.0445	0.4794	0.0372	0.4424	191.8275	68.3066	259.1495
6	6.1354	-2.5368	-4.1877	7.8407	2.5083	7.3033	-0.204	0.6132	-0.3058	-0.2165	-0.2521	0.99	-0.0101	-0.5225	0.4714	0.473	-0.0293	-0.069	0.5725	-0.01	0.5886	168.2504	64.347	248.6046
7	5.3093	-1.0057	-4.3967	5.944	3.2339	5.7108	-0.5477	0.0301	-0.2868	0.0453	0.0816	0.5087	0.1977	0.4168	0.4752	0.4966	-0.0301	0.0054	0.4609	0.0815	0.3425	176.8838	69.2426	250.2383
8	2.7433	-1.0732	-1.8562	8.312	5.2648	7.9466	-0.3196	0.017	-0.1143	0.5086	-0.0811	1.12	0.1803	-0.1201	0.395	0.6175	0.0739	0.1193	0.4559	0.0278	0.5593	170.5954	67.746	266.3961
9	5.9861	-2.0063	-2.5136	7.0533	4.1623	5.766	0.0485	0.4242	-0.2639	0.1164	-0.1409	-0.143	0.1234	-0.1096	0.1585	0.5933	-0.0009	0.0224	0.4778	0.0216	0.4855	179.7885	60.0894	251.7536
10	4.8741	0.5368	-0.7985	3.3796	-1.6623	0.9037	-0.2835	-0.189	-0.1302	0.2003	0.1973	-0.0853	0.2759	0.2337	0.0918	0.6113	-0.0364	0.0951	0.4755	-0.0344	0.3912	181.3869	57.9224	259.22
11	3.6799	0.4377	1.9265	2.5545	-0.5969	2.7572	-0.0793	0.4092	0.1079	-0.0091	0.0293	0.0962	-0.0609	0.1451	0.0366	0.5097	-0.0309	0.0695	0.4675	0.0316	0.349	186.8206	74.9839	251.8467
12	3.9433	-3.6752	3.732	3.4816	-2.9784	6.7546	0.3861	1.6049	-0.5941	-0.6577	-0.5524	0.2619	0.3184	-0.0024	0.1216	0.7468	-0.0583	0.0427	0.8215	0.0499	0.5255	190.5531	73.6757	234.7788
13	5.9147	0.923	5.2765	3.7209	1.6867	4.8924	-0.2317	0.0575	0.1294	0.0155	-0.1464	-0.2996	-0.257	0.867	0.2481	0.538	-0.0634	0.0388	0.5021	0.1036	0.5889	204.9456	73.6844	254.977
14	4.6007	1.5263	2.8315	8.7696	6.3559	8.8401	-0.0121	0.0925	-0.0949	0.8987	0.0534	-0.9763	-0.2096	0.7478	-0.0071	0.7648	-0.0244	-0.1483	0.6213	0.0213	0.7331	205.6074	86.8854	274.7856
15	7.8481	3.977	-2.2316	4.2117	-2.8203	2.1694	0.529	-0.2389	0.1902	1.1091	-0.4142	0.2358	0.2656	-0.2218	-0.0129	0.8262	0.028	0.0001	0.5435	0.002	0.4577	192.2289	60.8129	272.6196
16	1.0139	0.3964	0.8515	1.7119	-0.1345	0.7706	-0.0986	0.3209	0.3418	0.1519	-0.1254	-0.1477	-0.426	0.2164	0.2122	0.6552	-0.0544	-0.0331	0.5067	0.0961	0.5372	196.3357	87.1743	259.5673
17	2.1155	-1.1364	1.983	6.3168	-2.0492	6.9308	-0.1606	0.6551	0.668	-0.1868	-0.2773	-1.1358	-0.401	0.7768	0.5682	0.6325	-0.2002	0.0453	0.9864	0.2959	1.0104	219.4505	91.8159	248.1861
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精密化 TLSグループ

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31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 1 through 18 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 19 through 35 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 36 through 49 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 50 through 64 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 65 through 112 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 113 through 137 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resid 138 through 176 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'D' and (resid 177 through 201 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'D' and (resid 202 through 226 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'D' and (resid 227 through 263 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 1 through 18 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 19 through 49 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 50 through 64 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'E' and (resid 65 through 112 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'E' and (resid 113 through 137 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'E' and (resid 138 through 201 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'E' and (resid 202 through 226 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'E' and (resid 227 through 263 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 4 through 18 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 19 through 35 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'F' and (resid 36 through 49 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'F' and (resid 50 through 64 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'F' and (resid 65 through 112 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'F' and (resid 113 through 137 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'F' and (resid 138 through 155 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'F' and (resid 156 through 176 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'F' and (resid 177 through 201 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'F' and (resid 202 through 226 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'F' and (resid 227 through 263 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'G' and (resid 3 through 18 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'G' and (resid 19 through 35 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'G' and (resid 36 through 49 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'G' and (resid 50 through 64 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'G' and (resid 65 through 112 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'G' and (resid 113 through 155 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'G' and (resid 156 through 176 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'G' and (resid 177 through 201 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'G' and (resid 202 through 226 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'G' and (resid 227 through 263 )
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'H' and (resid 3 through 35 )
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'H' and (resid 36 through 49 )
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'H' and (resid 50 through 112 )
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'H' and (resid 113 through 137 )
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'H' and (resid 138 through 155 )
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'H' and (resid 156 through 176 )
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'H' and (resid 177 through 201 )
77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'H' and (resid 202 through 226 )
78	X-RAY DIFFRACTION	78	chain 'H' and (resid 227 through 263 )
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80	X-RAY DIFFRACTION	80	chain 'I' and (resid 19 through 35 )
81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'I' and (resid 36 through 49 )
82	X-RAY DIFFRACTION	82	chain 'I' and (resid 50 through 100 )
83	X-RAY DIFFRACTION	83	chain 'I' and (resid 101 through 201 )
84	X-RAY DIFFRACTION	84	chain 'I' and (resid 202 through 226 )
85	X-RAY DIFFRACTION	85	chain 'I' and (resid 227 through 263 )
86	X-RAY DIFFRACTION	86	chain 'J' and (resid 1 through 18 )
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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