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- PDB-5mmj: Structure of the small subunit of the chloroplast ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mmj
タイトルStructure of the small subunit of the chloroplast ribosome
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 16
  • (plastid ribosomal protein ...) x 8
  • 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • 50S ribosomal protein L31
  • Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / chloroplast (葉緑体) / translation (翻訳 (生物学)) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法)
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid small ribosomal subunit / plastid translation / negative regulation of translational elongation / primary metabolic process / mitochondrial small ribosomal subunit / 色素体 / 葉緑体 / ribosomal small subunit binding / 葉緑体 / ribosomal small subunit biogenesis ...plastid small ribosomal subunit / plastid translation / negative regulation of translational elongation / primary metabolic process / mitochondrial small ribosomal subunit / 色素体 / 葉緑体 / ribosomal small subunit binding / 葉緑体 / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / ミトコンドリア / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1480 / Ribosomal protein PSRP-3/Ycf65 / PSRP-3/Ycf65 superfamily / Plastid and cyanobacterial ribosomal protein (PSRP-3 / Ycf65) / 30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus ...Helix Hairpins - #1480 / Ribosomal protein PSRP-3/Ycf65 / PSRP-3/Ycf65 superfamily / Plastid and cyanobacterial ribosomal protein (PSRP-3 / Ycf65) / 30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / S16 Ribosomal Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S18 / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / 30s Ribosomal Protein S18 / 30s ribosomal protein s13; domain 2 / Ribosomal protein S13/S18, C-terminal domain / Ribosomal protein S20 / 30s Ribosomal Protein S19; Chain A / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / RNA-binding S4 domain / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / Ribosomal protein S3 C-terminal domain / Helix hairpin bin / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S11/S14 / Ribosomal protein S10 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / S15/NS1, RNA-binding / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / 30S ribosomal protein / Ribosomal Protein S5; domain 2 / RRM (RNA recognition motif) domain / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / RNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / : / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Few Secondary Structures
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS13c / Small ribosomal subunit protein bS6c alpha / Large ribosomal subunit protein bL31c / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein uS17c ...: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS13c / Small ribosomal subunit protein bS6c alpha / Large ribosomal subunit protein bL31c / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein uS17c / Small ribosomal subunit protein uS10c / Small ribosomal subunit protein uS9c / Small ribosomal subunit protein uS11c / Small ribosomal subunit protein uS14c / Small ribosomal subunit protein uS19c / Small ribosomal subunit protein uS2c / Small ribosomal subunit protein uS3c / Small ribosomal subunit protein uS8c / Small ribosomal subunit protein uS4c / Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / Small ribosomal subunit protein bS16c / Small ribosomal subunit protein bTHXc / Small ribosomal subunit protein uS12cz/uS12cy / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein uS7cz/uS7cy / Small ribosomal subunit protein uS17c / Small ribosomal subunit protein uS10c / Small ribosomal subunit protein uS13c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Small ribosomal subunit protein cS22 / Small ribosomal subunit protein uS9c / Small ribosomal subunit protein bS6c alpha / Small ribosomal subunit protein cS23 / Small ribosomal subunit protein uS15c / Small ribosomal subunit protein bS18c / Small ribosomal subunit protein uS5c
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Bieri, P. / Leibundgut, M. / Saurer, M. / Boehringer, D. / Ban, N.
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2017
タイトル: The complete structure of the chloroplast 70S ribosome in complex with translation factor pY.
著者: Philipp Bieri / Marc Leibundgut / Martin Saurer / Daniel Boehringer / Nenad Ban /
要旨: Chloroplasts are cellular organelles of plants and algae that are responsible for energy conversion and carbon fixation by the photosynthetic reaction. As a consequence of their endosymbiotic origin, ...Chloroplasts are cellular organelles of plants and algae that are responsible for energy conversion and carbon fixation by the photosynthetic reaction. As a consequence of their endosymbiotic origin, they still contain their own genome and the machinery for protein biosynthesis. Here, we present the atomic structure of the chloroplast 70S ribosome prepared from spinach leaves and resolved by cryo-EM at 3.4 Å resolution. The complete structure reveals the features of the 4.5S rRNA, which probably evolved by the fragmentation of the 23S rRNA, and all five plastid-specific ribosomal proteins. These proteins, required for proper assembly and function of the chloroplast translation machinery, bind and stabilize rRNA including regions that only exist in the chloroplast ribosome. Furthermore, the structure reveals plastid-specific extensions of ribosomal proteins that extensively remodel the mRNA entry and exit site on the small subunit as well as the polypeptide tunnel exit and the putative binding site of the signal recognition particle on the large subunit. The translation factor pY, involved in light- and temperature-dependent control of protein synthesis, is bound to the mRNA channel of the small subunit and interacts with 16S rRNA nucleotides at the A-site and P-site, where it protects the decoding centre and inhibits translation by preventing tRNA binding. The small subunit is locked by pY in a non-rotated state, in which the intersubunit bridges to the large subunit are stabilized.
履歴
登録2016年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22017年8月2日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _em_software.name
改定 1.32018年10月17日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: cell / refine / Item: _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 1.42019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3532
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L31
8: plastid ribosomal protein bS1c
a: 16S ribosomal RNA
b: 30S ribosomal protein S2, chloroplastic
c: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic
d: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic
e: 30S ribosomal protein S5, chloroplastic
f: plastid ribosomal protein bS6c
g: 30S ribosomal protein S7, chloroplastic
h: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic
i: plastid ribosomal protein uS9c
j: plastid ribosomal protein uS10c
k: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic
l: 30S ribosomal protein S12, chloroplastic
m: plastid ribosomal protein uS13c
n: 30S ribosomal protein S14, chloroplastic
o: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic
p: 30S ribosomal protein S16, chloroplastic
q: plastid ribosomal protein uS17c
r: 30S ribosomal protein S18, chloroplastic
s: 30S ribosomal protein S19 alpha, chloroplastic
t: plastid ribosomal protein bS20c
u: plastid ribosomal protein bS21c
v: 30S ribosomal protein 2, chloroplastic
w: 30S ribosomal protein 3, chloroplastic
x: 30S ribosomal protein S31, chloroplastic
y: Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)982,336212
ポリマ－977,83927
非ポリマー4,496185
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area127160 Å2
ΔGint-2281 kcal/mol
Surface area312860 Å2
手法PISA

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 0y

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L31 / / plastid ribosomal protein bL31c


分子量: 14748.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R0R6, UniProt: P82249*PLUS
#27: タンパク質 Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / plastid pY / 30S ribosomal protein 1 / CS-S5 / CS5 / Plastid-specific 30S ribosomal protein 1 / ...plastid pY / 30S ribosomal protein 1 / CS-S5 / CS5 / Plastid-specific 30S ribosomal protein 1 / PSrp-1 / Ribosomal protein 1 / S22


分子量: 33799.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P19954

-
Plastid ribosomal protein ... , 8種, 8分子 8fijmqtu

#2: タンパク質 plastid ribosomal protein bS1c


分子量: 14826.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Residues were built as poly-alanine and deposited as UNK.
由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
#8: タンパク質 plastid ribosomal protein bS6c


分子量: 23510.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R0H2, UniProt: P82403*PLUS
#11: タンパク質 plastid ribosomal protein uS9c


分子量: 22415.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RY17, UniProt: P82278*PLUS
#12: タンパク質 plastid ribosomal protein uS10c


分子量: 21440.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RWE7, UniProt: P82162*PLUS
#15: タンパク質 plastid ribosomal protein uS13c


分子量: 19310.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R024, UniProt: P82163*PLUS
#19: タンパク質 plastid ribosomal protein uS17c


分子量: 18151.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RRR0, UniProt: P82137*PLUS
#22: タンパク質 plastid ribosomal protein bS20c


分子量: 20147.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
#23: タンパク質 plastid ribosomal protein bS21c


分子量: 20616.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RHF9, UniProt: P82024*PLUS

-
30S ribosomal protein ... , 16種, 16分子 bcdeghklnoprsvwx

#4: タンパク質 30S ribosomal protein S2, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS2c


分子量: 26736.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P08242
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S3, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS3c


分子量: 24965.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09595
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS4c


分子量: 23454.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P13788
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S5, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS5c


分子量: 33626.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Residues 122-150 were built as poly-alanine and deposited as UNK.
由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9ST69
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S7, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS7c


分子量: 17378.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82129
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S8, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS8c


分子量: 15527.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09597
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S11, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS11c


分子量: 14927.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06506
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S12, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS12c


分子量: 13794.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P62128
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S14, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS14c


分子量: 11809.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06507
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S15, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS15c


分子量: 10778.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9M3I4
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S16, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bS16c


分子量: 10454.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28807
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S18, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS18c


分子量: 12079.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9M3K7
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S19 alpha, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS19c / CS-S23


分子量: 10632.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06508
#24: タンパク質 30S ribosomal protein 2, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein cS22 / Plastid-specific 30S ribosomal protein 2 / PSRP-2


分子量: 28327.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82277
#25: タンパク質 30S ribosomal protein 3, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein cS23 / Plastid-specific 30S ribosomal protein 3 / PSRP-3


分子量: 20312.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82412
#26: タンパク質 30S ribosomal protein S31, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bTHXc / Plastid-specific 30S ribosomal protein 4 / PSRP-4


分子量: 10602.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P47910

-
RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 186分子 a

#28: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: RNA鎖 16S ribosomal RNA / 16SリボソームRNA / plastid 16S rRNA


分子量: 483466.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 7636084

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Chloroplast 70S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#27 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / Organelle: chloroplast / 組織: leaf
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTris hydrochlorideTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
225 mMPotassium chlorideKCl1
325 mMMagnesium acetateMg(CH3COO)21
42 mMDithiothreitolジチオトレイトールDTT1
50.05 mMSpermineスペルミン1
62 mMSpermidineスペルミジン1
試料濃度: 0.12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 2796
画像スキャン動画フレーム数/画像: 8 / 利用したフレーム数/画像: 2-8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1692 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN1.9粒子像選択Batchboxer
2EPU画像取得
4CTFFIND3CTF補正CTF estimation
5RELION1.4CTF補正Amplitude correction
8UCSF Chimera1.11.2モデルフィッティング
10RELION1.4初期オイラー角割当
11RELION1.4最終オイラー角割当
12RELION1.4分類
13RELION1.4３次元再構成
14PHENIX1.11.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 326094
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 127031 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 111.6 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL
精密化解像度: 3.646→300.24 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 29.71 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 29364 2.51 %
Rwork0.2354 --
obs0.2357 1168752 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00859305
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.08487437
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.64626903
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04410992
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0055572
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.646-3.68750.51389900.491237843ELECTRON MICROSCOPY100
3.6875-3.73090.420510200.409137921ELECTRON MICROSCOPY100
3.7309-3.77640.41089430.39437862ELECTRON MICROSCOPY100
3.7764-3.82420.39739800.386938564ELECTRON MICROSCOPY100
3.8242-3.87450.38769700.381138020ELECTRON MICROSCOPY100
3.8745-3.92760.3949770.367837784ELECTRON MICROSCOPY100
3.9276-3.98370.37879640.352637946ELECTRON MICROSCOPY100
3.9837-4.04320.3589870.344238004ELECTRON MICROSCOPY100
4.0432-4.10630.34819950.334938223ELECTRON MICROSCOPY100
4.1063-4.17370.35459670.324137663ELECTRON MICROSCOPY100
4.1737-4.24560.323210070.312238382ELECTRON MICROSCOPY100
4.2456-4.32290.33129480.300937989ELECTRON MICROSCOPY100
4.3229-4.4060.29779830.288138005ELECTRON MICROSCOPY100
4.406-4.4960.29499440.282837615ELECTRON MICROSCOPY100
4.496-4.59370.300310330.272238169ELECTRON MICROSCOPY100
4.5937-4.70060.268110110.26438085ELECTRON MICROSCOPY100
4.7006-4.81820.27089980.250837811ELECTRON MICROSCOPY100
4.8182-4.94840.241410160.240137918ELECTRON MICROSCOPY100
4.9484-5.09410.24819580.233638250ELECTRON MICROSCOPY100
5.0941-5.25850.25479500.226637875ELECTRON MICROSCOPY100
5.2585-5.44650.221910160.221238114ELECTRON MICROSCOPY100
5.4465-5.66450.20759550.206938061ELECTRON MICROSCOPY100
5.6645-5.92240.22659410.205737771ELECTRON MICROSCOPY100
5.9224-6.23460.203710160.193338109ELECTRON MICROSCOPY100
6.2346-6.62530.20899630.194838134ELECTRON MICROSCOPY100
6.6253-7.13690.192510060.178837837ELECTRON MICROSCOPY100
7.1369-7.85510.1749750.167738057ELECTRON MICROSCOPY100
7.8551-8.99180.18479780.172237953ELECTRON MICROSCOPY100
8.9918-11.32890.16769500.156937728ELECTRON MICROSCOPY99
11.3289-301.2630.15789230.14937695ELECTRON MICROSCOPY99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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