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- PDB-5mmi: Structure of the large subunit of the chloroplast ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mmi
タイトルStructure of the large subunit of the chloroplast ribosome
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 17
  • (plastid ribosomal protein ...) x 14
  • 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA
  • 4.5S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • E-site tRNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / chloroplast (葉緑体) / translation (翻訳 (生物学)) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法)
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid translation / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / 葉緑体 / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit ...plastid translation / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / 葉緑体 / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ミトコンドリア / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 ...Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L24e; Chain: T; / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L6 / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Outer Surface Protein A; domain 3 / Ribosomal Protein L22; Chain A / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Rubrerythrin, domain 2 / Ribosomal protein L10 / RRM (RNA recognition motif) domain / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Single Sheet / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein uL18c ...: / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Large ribosomal subunit protein uL10c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein uL5c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Large ribosomal subunit protein uL4c / Large ribosomal subunit protein cL37 alpha / Large ribosomal subunit protein uL4c / Large ribosomal subunit protein uL2cz/uL2cy / Large ribosomal subunit protein uL22c / Large ribosomal subunit protein uL14c / Large ribosomal subunit protein bL36c / Large ribosomal subunit protein uL13c / Large ribosomal subunit protein uL16c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein bL35c / Large ribosomal subunit protein bL21c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein cL37 alpha / Large ribosomal subunit protein bL20c / Large ribosomal subunit protein bL32c / Large ribosomal subunit protein bL33c / Large ribosomal subunit protein uL11c / Large ribosomal subunit protein uL10c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL5c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL34c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Large ribosomal subunit protein cL38 / Large ribosomal subunit protein bL19c / Large ribosomal subunit protein uL23c
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Bieri, P. / Leibundgut, M. / Saurer, M. / Boehringer, D. / Ban, N.
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2017
タイトル: The complete structure of the chloroplast 70S ribosome in complex with translation factor pY.
著者: Philipp Bieri / Marc Leibundgut / Martin Saurer / Daniel Boehringer / Nenad Ban /
要旨: Chloroplasts are cellular organelles of plants and algae that are responsible for energy conversion and carbon fixation by the photosynthetic reaction. As a consequence of their endosymbiotic origin, ...Chloroplasts are cellular organelles of plants and algae that are responsible for energy conversion and carbon fixation by the photosynthetic reaction. As a consequence of their endosymbiotic origin, they still contain their own genome and the machinery for protein biosynthesis. Here, we present the atomic structure of the chloroplast 70S ribosome prepared from spinach leaves and resolved by cryo-EM at 3.4 Å resolution. The complete structure reveals the features of the 4.5S rRNA, which probably evolved by the fragmentation of the 23S rRNA, and all five plastid-specific ribosomal proteins. These proteins, required for proper assembly and function of the chloroplast translation machinery, bind and stabilize rRNA including regions that only exist in the chloroplast ribosome. Furthermore, the structure reveals plastid-specific extensions of ribosomal proteins that extensively remodel the mRNA entry and exit site on the small subunit as well as the polypeptide tunnel exit and the putative binding site of the signal recognition particle on the large subunit. The translation factor pY, involved in light- and temperature-dependent control of protein synthesis, is bound to the mRNA channel of the small subunit and interacts with 16S rRNA nucleotides at the A-site and P-site, where it protects the decoding centre and inhibits translation by preventing tRNA binding. The small subunit is locked by pY in a non-rotated state, in which the intersubunit bridges to the large subunit are stabilized.
履歴
登録2016年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22017年8月2日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _em_software.name
改定 1.32018年10月17日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: cell / refine / Item: _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 1.42019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3531
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L31
1: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic
2: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic
3: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic
4: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic
5: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic
6: plastid ribosomal protein cL37, PSRP5
7: 50S ribosomal protein 6, chloroplastic
A: 23S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
C: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic
D: plastid ribosomal protein uL3c
E: plastid ribosomal protein uL4c
F: plastid ribosomal protein uL5c
G: plastid ribosomal protein uL6c
H: plastid ribosomal protein bL9c
I: plastid ribosomal protein uL10c
J: 50S ribosomal protein L11, chloroplastic
K: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic
L: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic
M: plastid ribosomal protein uL15c
N: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic
O: plastid ribosomal protein bL17c
P: plastid ribosomal protein uL18c
Q: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic
R: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic
S: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic
T: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic
U: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic
V: plastid ribosomal protein uL24c
W: 4.5S ribosomal RNA
X: plastid ribosomal protein bL27c
Y: plastid ribosomal protein bL28c
Z: plastid ribosomal protein uL29c
z: E-site tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,625,172538
ポリマ－1,612,86435
非ポリマー12,308503
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9140 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area31260 Å2
手法PISA

-
要素

-
50S ribosomal protein ... , 17種, 17分子 0123457CJKLNQRSTU

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L31 / / plastid ribosomal protein bL31c


分子量: 14748.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R0R6, UniProt: P82249*PLUS
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L32, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bL32c


分子量: 6650.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28804
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L33, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bL33c


分子量: 7668.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Zn-binding protein / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28805
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L34, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bL34c / CL34


分子量: 16126.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82244
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L35, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bL35c / CL35


分子量: 17376.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P23326
#6: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bL36c


分子量: 4414.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Zn-binding protein / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12230
#8: タンパク質 50S ribosomal protein 6, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein cL38 / PSRP6 / CL25 / Plastid-specific 50S ribosomal protein 6 / PSRP-6


分子量: 12080.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82411
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L2, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uL2c / Ribosomal protein CS-L4


分子量: 29853.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06509
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L11, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uL11c / CL11


分子量: 23689.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P31164
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L13, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uL13c / CL13


分子量: 28211.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12629
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L14, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uL14c / Ribosomal protein CS-L29


分子量: 13484.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09596
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L16, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uL16c / Ribosomal protein CS-L24


分子量: 15328.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P17353
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L19, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bL19c / CL19


分子量: 26121.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82413
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L20, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bL20c


分子量: 15725.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28803
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L21, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bL21c / CL21 / CS-L7


分子量: 28441.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Residues 68-81 were built as poly-alanine and deposited as UNK.
由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P24613
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L22, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uL22c / Ribosomal protein CS-L13


分子量: 23292.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09594
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L23, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uL23c / PRPL23


分子量: 21832.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9LWB5

-
Plastid ribosomal protein ... , 14種, 14分子 6DEFGHIMOPVXYZ

#7: タンパク質 plastid ribosomal protein cL37, PSRP5


分子量: 15694.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9S2M7, UniProt: P27684*PLUS
#12: タンパク質 plastid ribosomal protein uL3c


分子量: 33034.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QEC7, UniProt: P82191*PLUS
#13: タンパク質 plastid ribosomal protein uL4c


分子量: 32541.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RVQ9, UniProt: O49937*PLUS
#14: タンパク質 plastid ribosomal protein uL5c


分子量: 28182.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Residues 39-52 were built as poly-alanine and deposited as UNK.
由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RJX4, UniProt: P82192*PLUS
#15: タンパク質 plastid ribosomal protein uL6c


分子量: 24516.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R4N9, UniProt: P82193*PLUS
#16: タンパク質 plastid ribosomal protein bL9c


分子量: 22038.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RQ91, UniProt: P82180*PLUS
#17: タンパク質 plastid ribosomal protein uL10c


分子量: 26128.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R3N5, UniProt: P82139*PLUS
#21: タンパク質 plastid ribosomal protein uL15c


分子量: 29081.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QHT0, UniProt: P22798*PLUS
#23: タンパク質 plastid ribosomal protein bL17c


分子量: 14577.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RLJ4, UniProt: P82194*PLUS
#24: タンパク質 plastid ribosomal protein uL18c


分子量: 18410.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QQ60, UniProt: P82195*PLUS
#30: タンパク質 plastid ribosomal protein uL24c


分子量: 21417.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QFU9, UniProt: P27683*PLUS
#32: タンパク質 plastid ribosomal protein bL27c


分子量: 21366.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R4I2, UniProt: P82190*PLUS
#33: タンパク質 plastid ribosomal protein bL28c


分子量: 16460.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RD02, UniProt: P82245*PLUS
#34: タンパク質 plastid ribosomal protein uL29c


分子量: 19083.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R7W8, UniProt: P82248*PLUS

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 ABWz

#9: RNA鎖 23S ribosomal RNA / 23SリボソームRNA / plastid 23S rRNA


分子量: 911344.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 7636084
#10: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA / plastid 5S rRNA


分子量: 39014.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
#31: RNA鎖 4.5S ribosomal RNA / plastid 4.5S rRNA


分子量: 34334.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 12299
#35: RNA鎖 E-site tRNA


分子量: 589.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CA-3' end of E-site tRNA / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)

-
非ポリマー , 2種, 503分子

#36: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#37: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Chloroplast 70S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#35 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / Organelle: chloroplast / 組織: leaf
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTris hydrochlorideTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
225 mMPotassium chlorideKCl1
325 mMMagnesium acetateMg(CH3COO)21
42 mMDithiothreitolジチオトレイトールDTT1
50.05 mMSpermineスペルミン1
62 mMSpermidineスペルミジン1
試料濃度: 0.12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 2796
画像スキャン動画フレーム数/画像: 8 / 利用したフレーム数/画像: 2-8

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1692 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN1.9粒子像選択Batchboxer
2EPU画像取得
4CTFFIND3CTF補正CTF estimation
5RELION1.4CTF補正Amplitude correction
8UCSF Chimera1.11.2モデルフィッティング
10RELION1.4初期オイラー角割当
11RELION1.4最終オイラー角割当
12RELION1.4分類
13RELION1.4３次元再構成
14PHENIX1.11.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 326094
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 154332 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 56.9 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL
精密化解像度: 3.25→212.302 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.06 / 位相誤差: 26.15 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2471 41351 2.5 %
Rwork0.2343 --
obs0.2346 1650858 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.008103202
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.1154296
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.6248326
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04619619
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0068225
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2501-3.2870.456313950.461454328ELECTRON MICROSCOPY100
3.287-3.32570.396613890.36953061ELECTRON MICROSCOPY100
3.3257-3.36620.363713600.353853815ELECTRON MICROSCOPY100
3.3662-3.40890.361613930.34753861ELECTRON MICROSCOPY100
3.4089-3.45370.354513970.335853596ELECTRON MICROSCOPY100
3.4537-3.5010.352614240.325853475ELECTRON MICROSCOPY100
3.501-3.5510.34113900.315553622ELECTRON MICROSCOPY100
3.551-3.60410.32813700.304353704ELECTRON MICROSCOPY100
3.6041-3.66040.313712880.294954345ELECTRON MICROSCOPY100
3.6604-3.72040.302414300.283653187ELECTRON MICROSCOPY100
3.7204-3.78460.292314130.270553519ELECTRON MICROSCOPY100
3.7846-3.85340.279712800.265153784ELECTRON MICROSCOPY100
3.8534-3.92750.264614170.252453678ELECTRON MICROSCOPY100
3.9275-4.00770.259813680.242553529ELECTRON MICROSCOPY100
4.0077-4.09480.243713960.234453910ELECTRON MICROSCOPY100
4.0948-4.19010.222913180.225253189ELECTRON MICROSCOPY100
4.1901-4.29490.241914020.216353886ELECTRON MICROSCOPY100
4.2949-4.4110.222413630.209954042ELECTRON MICROSCOPY100
4.411-4.54080.215714030.201653423ELECTRON MICROSCOPY100
4.5408-4.68740.203813560.195153684ELECTRON MICROSCOPY100
4.6874-4.85490.206913750.189353742ELECTRON MICROSCOPY100
4.8549-5.04930.199513310.18353608ELECTRON MICROSCOPY100
5.0493-5.27920.186314190.174753354ELECTRON MICROSCOPY100
5.2792-5.55750.177113550.167853915ELECTRON MICROSCOPY100
5.5575-5.90570.176613010.167853805ELECTRON MICROSCOPY100
5.9057-6.36170.178814240.164353373ELECTRON MICROSCOPY100
6.3617-7.0020.169414100.162553715ELECTRON MICROSCOPY100
7.002-8.01520.162513740.156953652ELECTRON MICROSCOPY100
8.0152-10.09840.173914450.161953681ELECTRON MICROSCOPY100
10.0984-212.7560.162713650.157253024ELECTRON MICROSCOPY99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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