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- PDB-5mma: Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mma
タイトルCrystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI XZ379 (compound 5'g)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
  • integraseインテグラーゼ
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / PFV / prototype foamy virus / integrase (インテグラーゼ) / strand transfer (逆転写酵素) / INSTI / tetramer intasome / integration / inhibitor (酵素阻害剤) / drug (薬物)
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / virion component / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / virion component / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / タンパク質分解 / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Endonuclease III; domain 1 / SH3 type barrels. - #140 / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix non-globular / Special / リボヌクレアーゼH / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / SH3 type barrels. / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Roll / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / Chem-VHT / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human spumaretrovirus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Maskell, D.P. / Pye, V.E. / Cherepanov, P.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure-Guided Optimization of HIV Integrase Strand Transfer Inhibitors.
著者: Zhao, X.Z. / Smith, S.J. / Maskell, D.P. / Metifiot, M. / Pye, V.E. / Fesen, K. / Marchand, C. / Pommier, Y. / Cherepanov, P. / Hughes, S.H. / Burke, T.R.
履歴
登録2016年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年9月30日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: integrase
B: integrase
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,51729
ポリマ－99,9444
非ポリマー2,57425
水4,125229
1
A: integrase
B: integrase
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子

A: integrase
B: integrase
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,03558
ポリマ－199,8878
非ポリマー5,14750
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area35350 Å2
ΔGint-310 kcal/mol
Surface area56160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.570, 159.570, 124.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 integrase / インテグラーゼ / Pr125Pol


分子量: 44456.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: G217S, S218G = natural variance / 由来: (組換発現) Human spumaretrovirus (ウイルス) / 遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14350, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, リボヌクレアーゼH, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ...参照: UniProt: P14350, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, リボヌクレアーゼH, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')


分子量: 5834.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5195.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 8種, 254分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-VHT / methyl 2-[[3-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methylcarbamoyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-1,8-naphthyridin-4-yl]amino]ethanoate


分子量: 418.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16F2N4O5
#9: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル / 1,6-Hexanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#11: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.35 M ammonium sulfate, 25% (v/v) glycerol, 4.8% (v/v) 1,6-hexanediol, 50 mM Mes-NaOH, 1mM EDTA, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→71.36 Å / Num. obs: 52567 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 1.49 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BE2

4be2


解像度: 2.55→71.36 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.61
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2073 2601 4.95 %random selection
Rwork0.1788 ---
obs0.1801 52565 99.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 71.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→71.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4374 732 159 229 5494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055522
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5637635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6493162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04844
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004829
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5501-2.59650.4221370.37222563X-RAY DIFFRACTION99
2.5965-2.64640.28381480.29172557X-RAY DIFFRACTION99
2.6464-2.70040.25731510.25242582X-RAY DIFFRACTION99
2.7004-2.75920.26911280.24712588X-RAY DIFFRACTION100
2.7592-2.82330.30721350.23732577X-RAY DIFFRACTION100
2.8233-2.8940.27091320.21532609X-RAY DIFFRACTION100
2.894-2.97220.21481280.20962603X-RAY DIFFRACTION100
2.9722-3.05970.22141480.20242590X-RAY DIFFRACTION100
3.0597-3.15840.2481370.20342593X-RAY DIFFRACTION100
3.1584-3.27130.23461470.21322610X-RAY DIFFRACTION100
3.2713-3.40230.24611490.20112594X-RAY DIFFRACTION100
3.4023-3.55710.24111420.18982630X-RAY DIFFRACTION100
3.5571-3.74470.22331250.17732638X-RAY DIFFRACTION100
3.7447-3.97920.20551570.17022614X-RAY DIFFRACTION100
3.9792-4.28650.18081280.14942646X-RAY DIFFRACTION100
4.2865-4.71770.14841250.13752684X-RAY DIFFRACTION100
4.7177-5.40020.18271310.14952683X-RAY DIFFRACTION100
5.4002-6.80290.17581230.16762729X-RAY DIFFRACTION100
6.8029-71.38980.18191300.17282874X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35580.3120.06420.5110.38640.36930.0621-0.0911-0.24450.0055-0.17960.24520.1851-0.281500.5041-0.0814-0.05150.6063-0.08680.6612-70.20726.4589-57.7623
20.3183-0.10780.30450.1430.02191.2493-0.0161-0.14850.0032-0.00030.00670.02860.2001-0.0435-00.4359-0.03470.04370.45680.02960.4614-35.063736.4599-8.5636
30.4196-0.2652-0.27540.17010.24940.1767-0.1772-0.18820.1544-0.09990.01190.1554-0.2188-0.4510.00020.52850.00960.07070.6104-0.00430.6487-46.664450.9806-2.0719
40.2816-0.1419-0.04320.05570.06110.4493-0.16730.008-0.0134-0.03060.12340.11170.4677-0.2818-0.00080.5636-0.19190.07830.53620.04760.5557-54.15925.3669-27.0508
50.3169-0.02620.36410.1962-0.08580.464-0.1148-0.34340.0180.06690.10770.05670.04140.2702-00.4950.01490.03810.655-0.00540.4634-20.094739.357213.0552
60.210.1830.1540.48180.28390.1868-0.2186-0.69110.5082-0.1404-0.0655-0.2023-0.10290.3516-0.00780.5451-0.01430.03941.07940.01180.5302-13.851447.351516.5422
70.21920.23730.03150.2581-0.12110.2673-0.1449-0.4007-0.21210.2410.09610.29180.2715-0.3654-00.6347-0.03260.09040.82120.03670.516-33.312432.366118.1259
80.04880.02220.03870.01470.0190.0133-0.464-0.12420.0083-0.0555-0.33470.38910.6127-0.0212-0.00041.33580.06810.01791.14670.1351.2238-29.287417.130128.4608
90.02520.2924-0.18320.307-0.30860.88140.0409-0.1767-0.07610.0754-0.10330.1215-0.208-0.148400.5836-0.03530.04250.5027-0.01780.6564-43.712759.4001-14.0359
100.15990.2098-0.38380.2739-0.38860.33290.18530.0766-0.0135-0.0389-0.30210.0048-0.1587-0.20890.00010.5813-0.0155-0.00260.4346-0.06720.5598-41.576962.1875-17.3089
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 9:98)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 99:280)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 281:315)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 316:375)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 116:196)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 197:215)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 216:280)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 281:297)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 1:19)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain D and resid 1:17)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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