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万見
- PDB-5mg3: EM fitted model of bacterial holo-translocon -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mg3
タイトルEM fitted model of bacterial holo-translocon
要素
  • (Protein translocase subunit ...) x 4
  • Membrane protein insertase YidC生体膜
  • Protein-export membrane protein SecG
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / holotranslocon / membrane protein insertion machinery (生体膜) / protein secretion
機能・相同性
機能・相同性情報


protein insertion into membrane from inner side / membrane insertase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein insertion into membrane / protein transmembrane transporter activity ...protein insertion into membrane from inner side / membrane insertase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein insertion into membrane / protein transmembrane transporter activity / protein secretion / protein targeting / intracellular protein transport / protein transport / フォールディング / protein-containing complex assembly / membrane => GO:0016020 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
SecD export protein N-terminal TM domain / SecD export protein N-terminal TM region / Protein-export membrane protein SecF, bacterial / Protein translocase subunit SecD / Protein-export membrane protein SecD/SecF, bacterial / Protein-export membrane protein SecD/SecF/SecDF, conserved site / Protein-export membrane protein SecD/SecF, archaeal and bacterial / Protein export membrane protein / SecD/SecF GG Motif / Membrane insertase YidC, N-terminal ...SecD export protein N-terminal TM domain / SecD export protein N-terminal TM region / Protein-export membrane protein SecF, bacterial / Protein translocase subunit SecD / Protein-export membrane protein SecD/SecF, bacterial / Protein-export membrane protein SecD/SecF/SecDF, conserved site / Protein-export membrane protein SecD/SecF, archaeal and bacterial / Protein export membrane protein / SecD/SecF GG Motif / Membrane insertase YidC, N-terminal / YidC, periplasmic domain superfamily / YidC periplasmic domain / : / Membrane insertase YidC / Preprotein translocase SecG subunit / Preprotein translocase SecG subunit / Membrane insertase YidC/Oxa1, C-terminal / 60Kd inner membrane protein / Membrane insertase YidC/ALB3/OXA1/COX18 / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / Protein translocase subunit SecY / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocase subunit SecD / Protein translocase subunit SecF / Protein translocase subunit SecE / Protein-export membrane protein SecG / Protein translocase subunit SecY / Membrane protein insertase YidC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14 Å
データ登録者Schaffitzel, C. / Botte, M.
資金援助 ドイツ, フランス, 英国, 3件
組織認可番号国
Baden-Wurttemberg StiftungMeth-P-LS-4 ドイツ
French National Research AgencyANR- 09-JCJC-0044 フランス
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P000940/1 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: A central cavity within the holo-translocon suggests a mechanism for membrane protein insertion.
著者: Mathieu Botte / Nathan R Zaccai / Jelger Lycklama À Nijeholt / Remy Martin / Kèvin Knoops / Gabor Papai / Juan Zou / Aurélien Deniaud / Manikandan Karuppasamy / Qiyang Jiang / Abhishek ...著者: Mathieu Botte / Nathan R Zaccai / Jelger Lycklama À Nijeholt / Remy Martin / Kèvin Knoops / Gabor Papai / Juan Zou / Aurélien Deniaud / Manikandan Karuppasamy / Qiyang Jiang / Abhishek Singha Roy / Klaus Schulten / Patrick Schultz / Juri Rappsilber / Giuseppe Zaccai / Imre Berger / Ian Collinson / Christiane Schaffitzel /
要旨: The conserved SecYEG protein-conducting channel and the accessory proteins SecDF-YajC and YidC constitute the bacterial holo-translocon (HTL), capable of protein-secretion and membrane-protein ...The conserved SecYEG protein-conducting channel and the accessory proteins SecDF-YajC and YidC constitute the bacterial holo-translocon (HTL), capable of protein-secretion and membrane-protein insertion. By employing an integrative approach combining small-angle neutron scattering (SANS), low-resolution electron microscopy and biophysical analyses we determined the arrangement of the proteins and lipids within the super-complex. The results guided the placement of X-ray structures of individual HTL components and allowed the proposal of a model of the functional translocon. Their arrangement around a central lipid-containing pool conveys an unexpected, but compelling mechanism for membrane-protein insertion. The periplasmic domains of YidC and SecD are poised at the protein-channel exit-site of SecY, presumably to aid the emergence of translocating polypeptides. The SecY lateral gate for membrane-insertion is adjacent to the membrane 'insertase' YidC. Absolute-scale SANS employing a novel contrast-match-point analysis revealed a dynamic complex adopting open and compact configurations around an adaptable central lipid-filled chamber, wherein polytopic membrane-proteins could fold, sheltered from aggregation and proteolysis.
履歴
登録2016年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.name / _em_software.version

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3506
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Y: Protein translocase subunit SecY
E: Protein translocase subunit SecE
G: Protein-export membrane protein SecG
D: Protein translocase subunit SecD
F: Protein translocase subunit SecF
C: Membrane protein insertase YidC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,7456
ポリマ－245,7456
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area25910 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area75270 Å2
手法PISA

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要素

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Protein translocase subunit ... , 4種, 4分子 YEDF

#1: タンパク質 Protein translocase subunit SecY


分子量: 50410.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: secY, prlA, b3300, JW3262 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AGA2
#2: タンパク質 Protein translocase subunit SecE


分子量: 15248.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: secE, prlG, b3981, JW3944 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG96
#4: タンパク質 Protein translocase subunit SecD


分子量: 67687.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: secD, b0408, JW0398 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG90
#5: タンパク質 Protein translocase subunit SecF


分子量: 35413.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: secF, b0409, JW0399 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG93

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タンパク質 , 2種, 2分子 GC

#3: タンパク質 Protein-export membrane protein SecG / P12 / Preprotein translocase band 1 subunit


分子量: 14326.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: secG, b3175, JW3142 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG99
#6: タンパク質 Membrane protein insertase YidC / 生体膜 / Foldase YidC / Inner membrane protein YidC / Membrane integrase YidC / Oxa1Ec


分子量: 62658.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yidC, b3705, JW3683 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25714

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: bacterial holo-translocon (HTL) / タイプ: COMPLEX
詳細: Membrane Protein Complex consisting of SecYEG-SecDFYajC-YidC
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.25 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PACEMBL_HTL3
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 5 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 100 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 10 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN2粒子像選択
2EPU画像取得
4BsoftCTF補正
10SPIDER初期オイラー角割当
11SPIDER最終オイラー角割当
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 84732
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53648 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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