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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mbv | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Lambda Phage protein GamS bound to RecBCD. | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Inhibitor / Complex / DNA repair / Helicase/Nuclease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated evasion of DNA end degradation by host / deoxyribonuclease inhibitor activity / exodeoxyribonuclease V / exodeoxyribonuclease V activity / exodeoxyribonuclease V complex / clearance of foreign intracellular DNA / DNA translocase activity / DNA 5'-3' helicase / single-stranded DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase ...symbiont-mediated evasion of DNA end degradation by host / deoxyribonuclease inhibitor activity / exodeoxyribonuclease V / exodeoxyribonuclease V activity / exodeoxyribonuclease V complex / clearance of foreign intracellular DNA / DNA translocase activity / DNA 5'-3' helicase / single-stranded DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / isomerase activity / DNA endonuclease activity / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / response to radiation / 5'-3' DNA helicase activity / DNA recombination / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA damage response / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Enterobacteria phage lambda (λファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Wilkinson, M. / Chaban, Y. / Wigley, D.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2016 タイトル: Structural basis for the inhibition of RecBCD by Gam and its synergistic antibacterial effect with quinolones. 著者: Martin Wilkinson / Luca Troman / Wan Ak Wan Nur Ismah / Yuriy Chaban / Matthew B Avison / Mark S Dillingham / Dale B Wigley / 要旨: Our previous paper (Wilkinson , 2016) used high-resolution cryo-electron microscopy to solve the structure of the RecBCD complex, which acts in both the repair of double-stranded DNA breaks and the ...Our previous paper (Wilkinson , 2016) used high-resolution cryo-electron microscopy to solve the structure of the RecBCD complex, which acts in both the repair of double-stranded DNA breaks and the degradation of bacteriophage DNA. To counteract the latter activity, bacteriophage λ encodes a small protein inhibitor called Gam that binds to RecBCD and inactivates the complex. Here, we show that Gam inhibits RecBCD by competing at the DNA-binding site. The interaction surface is extensive and involves molecular mimicry of the DNA substrate. We also show that expression of Gam in or increases sensitivity to fluoroquinolones; antibacterials that kill cells by inhibiting topoisomerases and inducing double-stranded DNA breaks. Furthermore, fluoroquinolone-resistance in clinical isolates is reversed by expression of Gam. Together, our data explain the synthetic lethality observed between topoisomerase-induced DNA breaks and the RecBCD gene products, suggesting a new co-antibacterial strategy. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mbv.cif.gz | 608.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mbv.ent.gz | 487.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mbv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5mbv_validation.pdf.gz | 861.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5mbv_full_validation.pdf.gz | 889.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5mbv_validation.xml.gz | 76.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5mbv_validation.cif.gz | 116.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/5mbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/5mbv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 134167.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: recB, ior, rorA, b2820, JW2788 / プラスミド: pETduet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08394, exodeoxyribonuclease V |
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#2: タンパク質 | 分子量: 128974.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: recC, b2822, JW2790 / プラスミド: pRSFduet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07648, exodeoxyribonuclease V |
#3: タンパク質 | 分子量: 67047.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: recD, hopE, b2819, JW2787 / プラスミド: pCDFduet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04993, exodeoxyribonuclease V |
#4: タンパク質 | 分子量: 11661.924 Da / 分子数: 2 / Mutation: L79I same as crystal structure / 由来タイプ: 組換発現 詳細: GamL is cleaved at position Y44 when expressed in E.coli into GamS (see paper - pubmed id 17544443). We had the GamS gene synthesised to start at M41 for this project. It purifies as a dimer. 由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ) 遺伝子: gam, gamma / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03702 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Grids were thinned by glow discharge in 30s steps with 1 minute wait in between treatments. Then left for 1-2 weeks prior to overnight treatment with 1 mM Ampiphol A8-35 to render surface ...詳細: Grids were thinned by glow discharge in 30s steps with 1 minute wait in between treatments. Then left for 1-2 weeks prior to overnight treatment with 1 mM Ampiphol A8-35 to render surface hydrophilic. Grids were washed with 5 drops of water prior to use. EMS グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1/1 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 3 ul sample applied Blot force of -4 for 1 s |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 倍率(補正後): 37313 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Calibrated defocus min: 600 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.4 sec. / 電子線照射量: 1.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 334 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 1-25 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Frames were aligned using motioncorr prior to processing. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: CTF correction done at start of processing / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 134124 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 122796 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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