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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jk0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of XerH site-specific recombinase bound to difH substrate: pre-cleavage complex | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / Xer / tyrosine recombinase / site-specific recombinase / chromosome dimer resolution | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tyrosine-based site-specific recombinase activity / chromosome segregation / DNA recombination / 細胞分裂 / DNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Bebel, A. / Barabas, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2016 タイトル: Structural snapshots of Xer recombination reveal activation by synaptic complex remodeling and DNA bending. 著者: Bebel, A. / Karaca, E. / Kumar, B. / Stark, W.M. / Barabas, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jk0.cif.gz | 707.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jk0.ent.gz | 575 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jk0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/5jk0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/5jk0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 42000.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌) 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: xerH, HP_0675 / プラスミド: pETM-28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O25386 |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 EGFH
#2: DNA鎖 | 分子量: 9195.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) #3: DNA鎖 | 分子量: 9269.026 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) |
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-非ポリマー , 5種, 1148分子
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 化合物 | ChemComp-PEG / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.61 % |
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結晶化 | 温度: 279.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2M sodium chloride, 21% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92819 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→48.89 Å / Num. obs: 120659 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 12.53 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 99.81 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5JJV 解像度: 2.1→48.89 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.26
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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