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- PDB-5fmf: the P-lobe of RNA polymerase II pre-initiation complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fmf
タイトルthe P-lobe of RNA polymerase II pre-initiation complex
要素
  • (DNA REPAIR HELICASE ...) x 2
  • (DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT ...ポリメラーゼ) x 6
  • (DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT ...RNAポリメラーゼ) x 5
  • (RNA POLYMERASE II PRE-INITIATION COMPLEX, ...) x 3
  • (RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT ...) x 2
  • (TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR ...) x 5
  • NON-TEMPLATE STRAND DNA
  • TATA-BOX-BINDING PROTEIN, TBP
  • TEMPLATE STRAND DNA
  • TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR S-II, DST1
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / PRE-INITIATION COMPLEX / RNA POLYMERASE (RNAポリメラーゼ) / TFIIE / TFIIH (TFIIH) / TFIIB / TBP / TFIIF / PROTEIN (タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / regulation of mRNA 3'-end processing / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of mitotic recombination / regulation of transcription by RNA polymerase III ...regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / regulation of mRNA 3'-end processing / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of mitotic recombination / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / DNA translocase activity / nucleotide-excision repair factor 3 complex / transcription factor TFIIE complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIF-class transcription factor complex binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RPB4-RPB7 complex / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / transcription factor TFIIF complex / 5'-3' DNA helicase activity / transcription factor TFIIA complex / : / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / transcription factor TFIIH holo complex / transcription factor TFIIH core complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / 3'-5' DNA helicase activity / 転写開始前複合体 / poly(A)+ mRNA export from nucleus / DNA binding, bending / RNA Polymerase I Transcription Initiation / DNA duplex unwinding / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / termination of RNA polymerase II transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription factor TFIID complex / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase II complex binding / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / ATPase activator activity / protein phosphatase activator activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / DNA修復 / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / ATP-dependent activity, acting on DNA / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / DNA helicase activity / TBP-class protein binding / transcription antitermination / P-body / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / nucleotide-excision repair / DNA-templated transcription initiation / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / cytoplasmic stress granule
類似検索 - 分子機能
Transcription elongation factor, TFIIS / Transcription elongation factor, IIS-type / Bacterial type XPD DNA helicase, FeS cluster domain / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) ...Transcription elongation factor, TFIIS / Transcription elongation factor, IIS-type / Bacterial type XPD DNA helicase, FeS cluster domain / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / TFIIS helical bundle-like domain / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS N-terminal domain profile. / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 / Helical and beta-bridge domain / ERCC3/RAD25/XPB helicase, C-terminal domain / Helicase XPB/Ssl2, N-terminal domain / Helical and beta-bridge domain / Helicase conserved C-terminal domain / ERCC3/RAD25/XPB C-terminal helicase / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / Transcription factor TFIIE beta subunit, DNA-binding domain / Transcription initiation factor TFIIE, beta subunit / TFA2, Winged helix domain 2 / TFIIE beta subunit core domain / TFA2 Winged helix domain 2 / TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / TFB5-like superfamily / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / Helicase-like, DEXD box c2 type / ATP-dependent helicase, C-terminal / DEAD2 / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / DEAD_2 / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / DEXDc2 / HELICc2 / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription factor IIA, alpha-helical domain / Transcription factor IIA, beta-barrel / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, C-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, N-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, helical domain / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / TFIIS/LEDGF domain superfamily / Transcription initiation factor IIF, beta subunit / TFIIF beta subunit, HTH domain / TFIIF, beta subunit, N-terminal / TFIIF, beta subunit HTH domain / TFIIF, beta subunit N-terminus / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) / Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger TFIIB-type profile. / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA結合タンパク質 / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / TBP domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / Transcription elongation factor S-II / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / TATA-box-binding protein / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 ...デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / Transcription elongation factor S-II / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / TATA-box-binding protein / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Transcription initiation factor IIB / Transcription initiation factor IIA large subunit / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / Transcription initiation factor IIE subunit alpha / Transcription initiation factor IIE subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / Transcription initiation factor IIF subunit alpha / Transcription initiation factor IIF subunit beta / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6 Å
データ登録者Murakami, K. / Tsai, K. / Kalisman, N. / Bushnell, D.A. / Asturias, F.J. / Kornberg, R.D.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015
タイトル: Structure of an RNA polymerase II preinitiation complex.
著者: Kenji Murakami / Kuang-Lei Tsai / Nir Kalisman / David A Bushnell / Francisco J Asturias / Roger D Kornberg /
要旨: The structure of a 33-protein, 1.5-MDa RNA polymerase II preinitiation complex (PIC) was determined by cryo-EM and image processing at a resolution of 6-11 Å. Atomic structures of over 50% of the ...The structure of a 33-protein, 1.5-MDa RNA polymerase II preinitiation complex (PIC) was determined by cryo-EM and image processing at a resolution of 6-11 Å. Atomic structures of over 50% of the mass were fitted into the electron density map in a manner consistent with protein-protein cross-links previously identified by mass spectrometry. The resulting model of the PIC confirmed the main conclusions from previous cryo-EM at lower resolution, including the association of promoter DNA only with general transcription factors and not with the polymerase. Electron density due to DNA was identifiable by the grooves of the double helix and exhibited sharp bends at points downstream of the TATA box, with an important consequence: The DNA at the downstream end coincides with the DNA in a transcribing polymerase. The structure of the PIC is therefore conducive to promoter melting, start-site scanning, and the initiation of transcription.
履歴
登録2015年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AI" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AI" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -2-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -1-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BQ" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -1-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 0-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "GE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -1-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 0-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "MA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -4-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -3-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "UA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -3-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -2-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
1: DNA REPAIR HELICASE RAD25, SSL2
2: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR S-II, DST1
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB1
B: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2
C: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3
D: RNA POLYMERASE II PRE-INITIATION COMPLEX, RPB4
E: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC1, RPB5
F: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC2, RPB6
G: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7
H: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC3, RPB8
I: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9
J: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC5, RPB10
K: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11
L: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC4, RPB12
M: RNA POLYMERASE II PRE-INITIATION COMPLEX, TOA1
N: NON-TEMPLATE STRAND DNA
O: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIA SUBUNIT 2, TOA2
P: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB, SUA7
Q: TATA-BOX-BINDING PROTEIN, TBP
R: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIE SUBUNIT ALPHA, TFA1
S: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIE SUBUNIT BETA, TFA2
T: TEMPLATE STRAND DNA
U: RNA POLYMERASE II PRE-INITIATION COMPLEX, TFG1
V: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIF SUBUNIT BETA, TFG2
W: RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT 2, TFB2
X: RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT 5, TFB5
Y: DNA REPAIR HELICASE RAD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)873,73538
ポリマ－873,09827
非ポリマー63711
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

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DNA REPAIR HELICASE ... , 2種, 2分子 1Y

#1: タンパク質 DNA REPAIR HELICASE RAD25, SSL2 / GENERAL TRANSCRIPTION AND DNA REPAIR FACTOR IIH SUBUNIT RAD25 / TFIIH SUBUNIT RAD25 / SUPPRESSOR OF ...GENERAL TRANSCRIPTION AND DNA REPAIR FACTOR IIH SUBUNIT RAD25 / TFIIH SUBUNIT RAD25 / SUPPRESSOR OF STEM-LOOP MUTATION 2


分子量: 56309.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q00578, ヘリカーゼ
#27: タンパク質 DNA REPAIR HELICASE RAD3 / GENERAL TRANSCRIPTION AND DNA REPAIR FACTOR IIH SUBUNIT RAD3 / TFIIH SUBUNIT RAD3


分子量: 89899.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P06839, ヘリカーゼ

-
タンパク質 , 2種, 2分子 2Q

#2: タンパク質 TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR S-II, DST1 / DNA STRAND TRANSFER PROTEIN ALPHA / STP-ALPHA / DNA STRAND TRANSFERASE 1 / PYRIMIDINE PATHWAY ...DNA STRAND TRANSFER PROTEIN ALPHA / STP-ALPHA / DNA STRAND TRANSFERASE 1 / PYRIMIDINE PATHWAY REGULATORY PROTEIN 2


分子量: 19687.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P07273
#19: タンパク質 TATA-BOX-BINDING PROTEIN, TBP / TATA SEQUENCE-BINDING PROTEIN / TBP / TATA-BINDING FACTOR / TATA- BOX FACTOR / TRANSCRIPTION FACTOR ...TATA SEQUENCE-BINDING PROTEIN / TBP / TATA-BINDING FACTOR / TATA- BOX FACTOR / TRANSCRIPTION FACTOR D / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID TBP SUBUNIT


分子量: 20120.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P13393

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DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT ... , 6種, 6分子 ABCGIK

#3: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB1 / ポリメラーゼ / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B1 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III LARGEST SUBUNIT / RNA POLYMERASE II ...RNA POLYMERASE II SUBUNIT B1 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III LARGEST SUBUNIT / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B220


分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P04050, ポリメラーゼ
#4: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2 / ポリメラーゼ / RNA POLYMERASE II SUBUNIT 2 / B150 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 140 KDA POLYPEPTIDE


分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P08518, ポリメラーゼ
#5: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3 / ポリメラーゼ / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B3 / B44.5 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 45 KDA POLYPEPTIDE


分子量: 29921.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P16370
#9: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7 / ポリメラーゼ / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B7 / B16


分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P34087
#11: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9 / ポリメラーゼ / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B9 / B12.6 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 14.2 KDA POLYPEPTIDE / DNA- ...RNA POLYMERASE II SUBUNIT B9 / B12.6 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 14.2 KDA POLYPEPTIDE / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT 9


分子量: 13942.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P27999
#13: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11 / ポリメラーゼ / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B11 / B13.6 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 13.6 KDA POLYPEPTIDE


分子量: 13113.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P38902

-
RNA POLYMERASE II PRE-INITIATION COMPLEX, ... , 3種, 3分子 DMU

#6: タンパク質 RNA POLYMERASE II PRE-INITIATION COMPLEX, RPB4


分子量: 20433.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P20433*PLUS
#15: タンパク質 RNA POLYMERASE II PRE-INITIATION COMPLEX, TOA1


分子量: 13588.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P32773*PLUS
#23: タンパク質 RNA POLYMERASE II PRE-INITIATION COMPLEX, TFG1


分子量: 17708.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P41895*PLUS

-
DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT ... , 5種, 5分子 EFHJL

#7: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC1, RPB5 / RNAポリメラーゼ / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC1 / ABC27 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / AND III 27 ...RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC1 / ABC27 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / AND III 27 KDA POLYPEPTIDE


分子量: 24985.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P20434
#8: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC2, RPB6 / RNAポリメラーゼ / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC2 / ABC23 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / AND III 23 ...RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC2 / ABC23 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / AND III 23 KDA POLYPEPTIDE


分子量: 9675.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P20435
#10: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC3, RPB8 / RNAポリメラーゼ / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I ...RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / AND III 14.5 KDA POLYPEPTIDE


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P20436
#12: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC5, RPB10 / RNAポリメラーゼ / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC5 / ABC10-BETA / ABC8 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I ...RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC5 / ABC10-BETA / ABC8 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / AND III 8.3 KDA POLYPEPTIDE


分子量: 7647.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P22139
#14: タンパク質・ペプチド DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC4, RPB12 / RNAポリメラーゼ / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC4 / ABC10-ALPHA


分子量: 5252.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P40422

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#16: DNA鎖 NON-TEMPLATE STRAND DNA


分子量: 22483.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
#22: DNA鎖 TEMPLATE STRAND DNA


分子量: 21908.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

-
TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR ... , 5種, 5分子 OPRSV

#17: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIA SUBUNIT 2, TOA2 / GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIA SUBUNIT 2 / TFIIA 13.5 KDA SUBUNIT / TRANSCRIPTION INITIATION ...GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIA SUBUNIT 2 / TFIIA 13.5 KDA SUBUNIT / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIA SMALL CHAIN / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIA SMALL SUBUNIT


分子量: 13473.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P32774
#18: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB, SUA7 / GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR TFIIB / TRANSCRIPTION FACTOR E


分子量: 38257.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P29055
#20: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIE SUBUNIT ALPHA, TFA1 / TFIIE-ALPHA / FACTOR A 66 KDA SUBUNIT / TRANSCRIPTION FACTOR A LARGE SUBUNIT


分子量: 18612.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P36100
#21: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIE SUBUNIT BETA, TFA2 / TFIIE-BETA / FACTOR A 43 KDA SUBUNIT / TRANSCRIPTION FACTOR A SMALL SUBUNIT


分子量: 14524.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P36145
#24: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIF SUBUNIT BETA, TFG2 / ATP-DEPENDENT HELICASE TFG2 / TFIIF MEDIUM SUBUNIT / TFIIF-BETA / TRANSCRIPTION FACTOR G 54 KDA SUBUNIT


分子量: 20710.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P41896, ヘリカーゼ

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RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT ... , 2種, 2分子 WX

#25: タンパク質 RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT 2, TFB2 / GENERAL TRANSCRIPTION AND DNA REPAIR FACTOR IIH SUBUNIT TFB2 / TFIIH SUBUNIT TFB2 / RNA POLYMERASE ...GENERAL TRANSCRIPTION AND DNA REPAIR FACTOR IIH SUBUNIT TFB2 / TFIIH SUBUNIT TFB2 / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B 52 KDA SUBUNIT / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B P52 SUBUNIT


分子量: 7338.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02939
#26: タンパク質 RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT 5, TFB5 / GENERAL TRANSCRIPTION AND DNA REPAIR FACTOR IIH SUBUNIT TFB5 / TFIIH SUBUNIT TFB5


分子量: 7139.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E7C1

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非ポリマー , 2種, 11分子

#28: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#29: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: REFINED P-LOBE OF YEAST RNA POLYMERASE II PRE-INITIATION COMPLEX
タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC
pH: 7.6
詳細: 20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年11月14日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 22500 X / 倍率（補正後）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: SPARX / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: SPARX
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 6 Å / 粒子像の数: 7578 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.315 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3114. (DEPOSITION ID: 13659).
対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数51709 2952 11 0 54672

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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