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- PDB-5f9w: Crystal structure of broadly neutralizing VH1-46 germline-derived... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f9w
タイトルCrystal structure of broadly neutralizing VH1-46 germline-derived CD4-binding site-directed antibody CH235 in complex with HIV-1 clade A/E 93TH057 gp120
要素
  • Heavy chain of CH235-lineage antibody CH235
  • Light chain of CH235-lineage antibody CH235
  • clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / HIV-1 / VH1-46 germline / neutralizing antibody (中和抗体) / CH235
機能・相同性
機能・相同性情報


エンベロープ (ウイルス)
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8911 Å
データ登録者Chen, L. / Zhou, T. / Kwong, P.D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01-AI104722 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI100645 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI100663 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Maturation Pathway from Germline to Broad HIV-1 Neutralizer of a CD4-Mimic Antibody.
著者: Mattia Bonsignori / Tongqing Zhou / Zizhang Sheng / Lei Chen / Feng Gao / M Gordon Joyce / Gabriel Ozorowski / Gwo-Yu Chuang / Chaim A Schramm / Kevin Wiehe / S Munir Alam / Todd Bradley / ...著者: Mattia Bonsignori / Tongqing Zhou / Zizhang Sheng / Lei Chen / Feng Gao / M Gordon Joyce / Gabriel Ozorowski / Gwo-Yu Chuang / Chaim A Schramm / Kevin Wiehe / S Munir Alam / Todd Bradley / Morgan A Gladden / Kwan-Ki Hwang / Sheelah Iyengar / Amit Kumar / Xiaozhi Lu / Kan Luo / Michael C Mangiapani / Robert J Parks / Hongshuo Song / Priyamvada Acharya / Robert T Bailer / Allen Cao / Aliaksandr Druz / Ivelin S Georgiev / Young D Kwon / Mark K Louder / Baoshan Zhang / Anqi Zheng / Brenna J Hill / Rui Kong / Cinque Soto / / James C Mullikin / Daniel C Douek / David C Montefiori / Michael A Moody / George M Shaw / Beatrice H Hahn / Garnett Kelsoe / Peter T Hraber / Bette T Korber / Scott D Boyd / Andrew Z Fire / Thomas B Kepler / Lawrence Shapiro / Andrew B Ward / John R Mascola / Hua-Xin Liao / Peter D Kwong / Barton F Haynes /
要旨: Antibodies with ontogenies from VH1-2 or VH1-46-germline genes dominate the broadly neutralizing response against the CD4-binding site (CD4bs) on HIV-1. Here, we define with longitudinal sampling ...Antibodies with ontogenies from VH1-2 or VH1-46-germline genes dominate the broadly neutralizing response against the CD4-binding site (CD4bs) on HIV-1. Here, we define with longitudinal sampling from time-of-infection the development of a VH1-46-derived antibody lineage that matured to neutralize 90% of HIV-1 isolates. Structures of lineage antibodies CH235 (week 41 from time-of-infection, 18% breadth), CH235.9 (week 152, 77%), and CH235.12 (week 323, 90%) demonstrated the maturing epitope to focus on the conformationally invariant portion of the CD4bs. Similarities between CH235 lineage and five unrelated CD4bs lineages in epitope focusing, length-of-time to develop breadth, and extraordinary level of somatic hypermutation suggested commonalities in maturation among all CD4bs antibodies. Fortunately, the required CH235-lineage hypermutation appeared substantially guided by the intrinsic mutability of the VH1-46 gene, which closely resembled VH1-2. We integrated our CH235-lineage findings with a second broadly neutralizing lineage and HIV-1 co-evolution to suggest a vaccination strategy for inducing both lineages.
履歴
登録2015年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22016年4月20日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.52019年11月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.72020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.82023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
B: Heavy chain of CH235-lineage antibody CH235
C: Light chain of CH235-lineage antibody CH235
G: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
H: Heavy chain of CH235-lineage antibody CH235
L: Light chain of CH235-lineage antibody CH235
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,97736
ポリマ－173,7196
非ポリマー6,25830
水1,33374
1
A: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
B: Heavy chain of CH235-lineage antibody CH235
C: Light chain of CH235-lineage antibody CH235
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,14619
ポリマ－86,8603
非ポリマー3,28716
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10160 Å2
ΔGint32 kcal/mol
Surface area35550 Å2
手法PISA
2
G: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
H: Heavy chain of CH235-lineage antibody CH235
L: Light chain of CH235-lineage antibody CH235
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,83017
ポリマ－86,8603
非ポリマー2,97114
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10110 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area34980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.429, 123.429, 127.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

-
抗体 , 2種, 4分子 BHCL

#2: 抗体 Heavy chain of CH235-lineage antibody CH235


分子量: 24241.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light chain of CH235-lineage antibody CH235


分子量: 23407.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 29分子 AG

#1: タンパク質 clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core


分子量: 39211.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 Env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9
#4: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 77分子

#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% (w/v) of PEG2000, 0.2 M of Li2SO4, 0.1 M of Tris-HCl pH 8.5 and 5% (v/v) of isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→40.935 Å / Num. all: 48360 / Num. obs: 48335 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rsym value: 0.12 / Net I/av σ(I): 8.1 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.89→3 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1965精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RWY

4rwy


解像度: 2.8911→40.935 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 26.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2319 2440 5.05 %
Rwork0.18 --
obs0.1825 48335 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8911→40.935 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11932 0 393 74 12399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212637
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63817237
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2684639
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0362004
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032188
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8911-2.95010.35031510.31312567X-RAY DIFFRACTION96
2.9501-3.01420.31481350.28612704X-RAY DIFFRACTION100
3.0142-3.08430.31681600.26692711X-RAY DIFFRACTION100
3.0843-3.16140.28041460.24632717X-RAY DIFFRACTION100
3.1614-3.24680.35791320.24222687X-RAY DIFFRACTION100
3.2468-3.34230.25431330.22512728X-RAY DIFFRACTION100
3.3423-3.45010.28381640.2312708X-RAY DIFFRACTION100
3.4501-3.57340.24421260.21472670X-RAY DIFFRACTION100
3.5734-3.71640.29291540.20962750X-RAY DIFFRACTION100
3.7164-3.88540.23771400.19572711X-RAY DIFFRACTION100
3.8854-4.09010.22891440.17092709X-RAY DIFFRACTION100
4.0901-4.3460.21791370.16352701X-RAY DIFFRACTION100
4.346-4.68120.18241530.14092718X-RAY DIFFRACTION100
4.6812-5.15140.16661450.13362700X-RAY DIFFRACTION100
5.1514-5.8950.21711610.15522707X-RAY DIFFRACTION100
5.895-7.41980.22841420.1752702X-RAY DIFFRACTION100
7.4198-40.93870.21911170.16082705X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3741-0.2823-1.27740.07920.16345.2685-0.35220.1691-0.99630.39250.0668-0.01341.4072-0.01890.34541.4810.00750.19570.56990.03160.967143.1338-61.5615-38.9467
21.6680.33690.08094.95913.23713.44740.03350.0715-0.05510.2716-0.21870.36390.7507-0.54780.24290.9955-0.19720.23770.70330.02260.7411131.723-51.4051-47.2084
35.2402-0.01982.87130.69081.39315.98420.0566-0.2027-0.5420.47480.0135-0.10540.95580.1093-0.14951.2226-0.04470.18050.48530.00310.8316145.3278-54.7456-32.507
49.70120.863.9642.86073.32715.9465-0.01360.9188-0.5246-0.32720.0752-0.01530.32640.0988-0.06611.0384-0.03960.26410.39770.12260.6527138.4048-47.8142-43.4942
57.5965-3.4635-5.4532.92885.33999.7398-0.26860.4592-0.31930.2993-0.21250.3160.5394-0.61750.51820.8016-0.06180.03340.35680.0450.5853140.5776-36.2742-39.2917
66.0433-4.72440.61847.32560.23614.15330.05190.27610.3711-0.13980.0619-0.83630.21310.6586-0.10410.6579-0.00580.10350.5491-0.00070.6528155.0846-34.3364-37.2717
77.1744-4.278-2.57126.2298-0.40914.3751-0.3432-0.18650.5982-0.15660.5121-1.45630.47771.11520.00220.63720.0001-0.05120.8469-0.25620.7634161.3248-35.5233-33.593
81.5251-1.34771.45946.24124.52368.20960.2184-1.4913-0.04460.5267-0.0219-0.66263.15971.3090.20951.73380.4294-0.07170.87530.00970.8163159.7569-51.9839-24.2884
97.4979-1.9620.28061.44461.24534.6756-0.5232-0.68170.05790.10730.37830.4225-0.26090.10630.16550.84110.00190.17890.52390.10810.5187148.7398-30.6125-33.9082
104.25582.7884.78393.30683.00684.7119-0.6277-0.32050.6924-0.03320.27090.35470.1341-0.41060.32730.94970.01920.09010.48560.07480.7155137.2637-47.2974-37.431
113.11721.17373.57356.73744.29666.64030.1253-1.3475-0.3580.5530.0643-0.83180.91120.5547-0.2310.77560.20670.03391.0074-0.00260.6713141.3939-29.3688-1.1403
125.8269-0.97652.21054.1621-1.95675.03510.2573-0.4979-0.4102-0.318-0.2165-0.08191.2362-0.0167-0.09140.80710.10390.18630.5281-0.0510.5618138.7107-34.6565-10.887
133.1627-7.1714-3.07087.51544.67094.56290.0054-0.20880.2646-0.2642-0.1572-0.3881-0.21780.17520.02160.79350.12890.04480.6795-0.1180.9716141.855-26.4445-16.541
143.89263.7993-0.11463.8276-0.61915.4874-0.1506-1.3596-0.1342-0.21320.35440.08260.47550.8375-0.21510.70370.32530.08540.9113-0.0560.7844147.6478-29.8195-9.328
153.4258-0.5021.06420.8441-1.71857.7383-0.2511-0.45240.04330.61630.32980.04291.3385-0.1689-0.10860.67650.15110.12950.4826-0.04840.6252134.3865-29.8769-11.7471
164.72-3.7155-5.71556.79985.96595.9397-0.2042-0.19390.22921.08770.6251-0.7645-0.62380.9351-0.54831.08250.3348-0.25111.294-0.13350.8593134.1745-12.316617.1743
175.8774.4622-5.0788.8335-0.87875.576-0.4899-0.7428-0.48690.76560.9371-0.92050.83230.5647-0.52630.72910.2737-0.15251.0781-0.1310.6077127.6093-14.632416.6664
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427.2699-4.382-0.98448.89572.64226.7426-0.072-0.48140.0202-0.4149-0.148-0.6180.72220.90250.17750.6432-0.04320.12060.62520.11550.537169.4944-49.948730.5036
436.6952-2.1968-2.18515.361-0.53575.6331-0.04340.3186-0.83130.0883-0.47240.37841.32740.31790.50360.7446-0.0570.13520.6335-0.04920.6918162.5746-55.640629.0067
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456.35131.5264-2.87396.8305-2.34055.0097-0.06610.19240.35490.25280.44380.0541-0.4657-0.3576-0.38130.63610.21780.06040.6758-0.04290.4806184.4596-38.794-0.0748
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 45 through 73 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 74 through 98 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 99 through 235 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 236 through 258 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 259 through 283 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 284 through 378 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 379 through 425 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 426 through 442 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 443 through 470 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 471 through 491 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1 through 17 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 18 through 40 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 41 through 64 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 65 through 83 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 84 through 109 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 110 through 128 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 132 through 152 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 153 through 186 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 187 through 223 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 1 through 18 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 19 through 38 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 39 through 61 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 62 through 75 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 76 through 112 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 113 through 127 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 128 through 149 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 150 through 162 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 163 through 173 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 174 through 187 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 188 through 211 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 45 through 76 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 77 through 98 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 99 through 245 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 246 through 327 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 328 through 352 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 353 through 378 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 379 through 412 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 413 through 430 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resid 431 through 491 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 1 through 120 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 121 through 223 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'L' and (resid 1 through 38 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'L' and (resid 39 through 75 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'L' and (resid 76 through 112 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'L' and (resid 113 through 211)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る