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- PDB-5f9o: Crystal structure of broadly neutralizing VH1-46 germline-derived... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f9o
タイトルCrystal structure of broadly neutralizing VH1-46 germline-derived CD4-binding site-directed antibody CH235.09 in complex with HIV-1 clade A/E 93TH057 gp120
要素
  • CH235.09 Light chain
  • CH235.9 Heavy chain
  • clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody evolution HIV-1 broadly neutralizing CD4 binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


エンベロープ (ウイルス)
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Joyce, M.G. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Maturation Pathway from Germline to Broad HIV-1 Neutralizer of a CD4-Mimic Antibody.
著者: Mattia Bonsignori / Tongqing Zhou / Zizhang Sheng / Lei Chen / Feng Gao / M Gordon Joyce / Gabriel Ozorowski / Gwo-Yu Chuang / Chaim A Schramm / Kevin Wiehe / S Munir Alam / Todd Bradley / ...著者: Mattia Bonsignori / Tongqing Zhou / Zizhang Sheng / Lei Chen / Feng Gao / M Gordon Joyce / Gabriel Ozorowski / Gwo-Yu Chuang / Chaim A Schramm / Kevin Wiehe / S Munir Alam / Todd Bradley / Morgan A Gladden / Kwan-Ki Hwang / Sheelah Iyengar / Amit Kumar / Xiaozhi Lu / Kan Luo / Michael C Mangiapani / Robert J Parks / Hongshuo Song / Priyamvada Acharya / Robert T Bailer / Allen Cao / Aliaksandr Druz / Ivelin S Georgiev / Young D Kwon / Mark K Louder / Baoshan Zhang / Anqi Zheng / Brenna J Hill / Rui Kong / Cinque Soto / / James C Mullikin / Daniel C Douek / David C Montefiori / Michael A Moody / George M Shaw / Beatrice H Hahn / Garnett Kelsoe / Peter T Hraber / Bette T Korber / Scott D Boyd / Andrew Z Fire / Thomas B Kepler / Lawrence Shapiro / Andrew B Ward / John R Mascola / Hua-Xin Liao / Peter D Kwong / Barton F Haynes /
要旨: Antibodies with ontogenies from VH1-2 or VH1-46-germline genes dominate the broadly neutralizing response against the CD4-binding site (CD4bs) on HIV-1. Here, we define with longitudinal sampling ...Antibodies with ontogenies from VH1-2 or VH1-46-germline genes dominate the broadly neutralizing response against the CD4-binding site (CD4bs) on HIV-1. Here, we define with longitudinal sampling from time-of-infection the development of a VH1-46-derived antibody lineage that matured to neutralize 90% of HIV-1 isolates. Structures of lineage antibodies CH235 (week 41 from time-of-infection, 18% breadth), CH235.9 (week 152, 77%), and CH235.12 (week 323, 90%) demonstrated the maturing epitope to focus on the conformationally invariant portion of the CD4bs. Similarities between CH235 lineage and five unrelated CD4bs lineages in epitope focusing, length-of-time to develop breadth, and extraordinary level of somatic hypermutation suggested commonalities in maturation among all CD4bs antibodies. Fortunately, the required CH235-lineage hypermutation appeared substantially guided by the intrinsic mutability of the VH1-46 gene, which closely resembled VH1-2. We integrated our CH235-lineage findings with a second broadly neutralizing lineage and HIV-1 co-evolution to suggest a vaccination strategy for inducing both lineages.
履歴
登録2015年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22016年4月20日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
H: CH235.9 Heavy chain
L: CH235.09 Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,49418
ポリマ－87,8333
非ポリマー4,66115
水8,287460
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9540 Å2
ΔGint34 kcal/mol
Surface area35610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.530, 67.803, 225.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 CH235.9 Heavy chain


分子量: 25218.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 CH235.09 Light chain


分子量: 23532.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 13分子 G

#1: タンパク質 clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core


分子量: 39082.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 Env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 463分子

#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500 / ポリエチレングリコール


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 9% (w/v) PEG8000, 19% (w/v) of PEG400, 0.1 M HEPES pH 7.5
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8599→50 Å / Num. obs: 73935 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 7.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.86→35.815 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2205 3556 4.81 %
Rwork0.2039 --
obs0.2048 73935 89.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→35.815 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5967 0 221 460 6648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0166347
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2748602
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6222300
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039985
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041086
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8599-1.88540.3539490.32491019X-RAY DIFFRACTION33
1.8854-1.91230.3318790.3331484X-RAY DIFFRACTION48
1.9123-1.94090.36581060.3091891X-RAY DIFFRACTION60
1.9409-1.97120.30521060.29622204X-RAY DIFFRACTION71
1.9712-2.00350.3211190.27752435X-RAY DIFFRACTION78
2.0035-2.0380.31991340.26222602X-RAY DIFFRACTION84
2.038-2.07510.31580.24932714X-RAY DIFFRACTION87
2.0751-2.1150.26751450.26222964X-RAY DIFFRACTION94
2.115-2.15820.28431590.25622930X-RAY DIFFRACTION95
2.1582-2.20510.28891290.24743032X-RAY DIFFRACTION96
2.2051-2.25640.2711450.22973068X-RAY DIFFRACTION97
2.2564-2.31280.25221540.23273047X-RAY DIFFRACTION98
2.3128-2.37530.28271750.23323088X-RAY DIFFRACTION99
2.3753-2.44520.24351540.23383132X-RAY DIFFRACTION99
2.4452-2.52410.25841600.24313110X-RAY DIFFRACTION100
2.5241-2.61430.26921610.23823105X-RAY DIFFRACTION99
2.6143-2.71890.24161530.22223152X-RAY DIFFRACTION99
2.7189-2.84260.24831500.22193125X-RAY DIFFRACTION99
2.8426-2.99240.23091530.21973163X-RAY DIFFRACTION100
2.9924-3.17980.26261580.21583158X-RAY DIFFRACTION99
3.1798-3.42510.20041540.19553162X-RAY DIFFRACTION99
3.4251-3.76950.19291610.18773165X-RAY DIFFRACTION99
3.7695-4.31410.16711530.16363174X-RAY DIFFRACTION99
4.3141-5.43230.1561840.15433184X-RAY DIFFRACTION98
5.4323-35.82130.22541570.19853271X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.2729 Å / Origin y: -23.8821 Å / Origin z: -27.8733 Å
111213212223313233
T0.2597 Å20.0165 Å20.003 Å2-0.2231 Å2-0.0194 Å2--0.2934 Å2
L0.3662 °20.1012 °2-0.2126 °2-0.3468 °2-0.2804 °2--0.8005 °2
S-0.0286 Å °0.0324 Å °-0.0812 Å °-0.0125 Å °-0.0562 Å °-0.0354 Å °0.0695 Å °0.0954 Å °0.0918 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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