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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5f98 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of RIG-I in complex with Cap-0 RNA | |||||||||
要素 |
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キーワード | hydrolase/rna / Complex / RIG-I (RIG-I) / capped RNA / self versus non-self / innate immunity (自然免疫系) / hydrolase-rna complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / pattern recognition receptor activity / TRAF6 mediated IRF7 activation ...regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / pattern recognition receptor activity / TRAF6 mediated IRF7 activation / cellular response to exogenous dsRNA / response to exogenous dsRNA / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of interferon-alpha production / antiviral innate immune response / TRAF6 mediated NF-kB activation / bicellular tight junction / regulation of cell migration / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of interferon-beta production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of interleukin-8 production / response to virus / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / ISG15 antiviral mechanism / ruffle membrane / positive regulation of interleukin-6 production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Ovarian tumor domain proteases / マイクロフィラメント / positive regulation of tumor necrosis factor production / double-stranded RNA binding / 遺伝子発現 / TRAF3-dependent IRF activation pathway / double-stranded DNA binding / defense response to virus / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / Ub-specific processing proteases / ヘリカーゼ / ribonucleoprotein complex / 自然免疫系 / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.28 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, C. / Marcotrigiano, J. / Miller, M. / Jiang, F. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: Structural basis for m7G recognition and 2'-O-methyl discrimination in capped RNAs by the innate immune receptor RIG-I. 著者: Devarkar, S.C. / Wang, C. / Miller, M.T. / Ramanathan, A. / Jiang, F. / Khan, A.G. / Patel, S.S. / Marcotrigiano, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5f98.cif.gz | 828.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5f98.ent.gz | 663.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5f98.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/5f98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/5f98 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 79594.734 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX58 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95786, ヘリカーゼ #2: RNA鎖 | 分子量: 7649.559 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Cap-0 HP RNA (24-MER) / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-M7G / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaSCN, 100 mM MOPS (pH 7.8), 3.5% (v/v) 2,2,2-trifluoroethanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.116 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→84.003 Å / Num. obs: 92301 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 11.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5E3H 解像度: 3.28→84.003 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.28→84.003 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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