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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5eck | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, Ile and ATP | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE/TRANSFERASE / Jasmonate-amido synthetase / Glutathione S-transferase (グルタチオン-S-トランスフェラーゼ) / Ligase-Transferase complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 jasmonoyl-L-amino acid ligase / : / : / regulation of response to red or far red light / cellular response to auxin stimulus / induced systemic resistance, jasmonic acid mediated signaling pathway / toxin catabolic process / L-leucine binding / acid-amino acid ligase activity / response to mycotoxin ...jasmonoyl-L-amino acid ligase / : / : / regulation of response to red or far red light / cellular response to auxin stimulus / induced systemic resistance, jasmonic acid mediated signaling pathway / toxin catabolic process / L-leucine binding / acid-amino acid ligase activity / response to mycotoxin / protein adenylylation / response to gravity / glutathione binding / アポプラスト / response to UV-B / amino acid binding / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / 葉緑体 / enzyme binding / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, C.Y. / Cheng, Y.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017 タイトル: Structural basis of jasmonate-amido synthetase FIN219 in complex with glutathione S-transferase FIP1 during the JA signal regulation 著者: Chen, C.Y. / Ho, S.S. / Kuo, T.Y. / Hsieh, H.L. / Cheng, Y.S. #1: ジャーナル: Science / 年: 2012 タイトル: Structural basis for prereceptor modulation of plant hormones by GH3 proteins. 著者: Westfall, C.S. / Zubieta, C. / Herrmann, J. / Kapp, U. / Nanao, M.H. / Jez, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5eck.cif.gz | 442.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5eck.ent.gz | 347.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5eck.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/5eck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/5eck | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5echC 5eciC 5eclC 5ecmC 5ecnC 5ecoC 5ecpC 5ecqC 5ecrC 5ecsC 5gzzC 4eplS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ADBCEF
#1: タンパク質 | 分子量: 64416.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: JAR1, FIN219, At2g46370, F11C10.6 / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9SKE2, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) #2: タンパク質 | 分子量: 25867.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: GSTU20, FIP1, At1g78370, F3F9.11 / プラスミド: pRSET-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q8L7C9, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 1983分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GSH / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.05 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.9762-0.97622 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 294617 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Χ2: 1.016 / Net I/av σ(I): 18.372 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 563444 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2 % / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4EPL 解像度: 1.54→24.238 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 14.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 34.93 Å2 / Biso mean: 6.3256 Å2 / Biso min: 2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.54→24.238 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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