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万見
- PDB-5c3c: Structural characterization of a newly identified component of al... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c3c
タイトルStructural characterization of a newly identified component of alpha-carboxysomes: The AAA+ domain Protein cso-CbbQ
要素CbbQ/NirQ/NorQ domain protein
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / ATPase (ATPアーゼ) / AAA+ domain protein / carboxysome-associated
機能・相同性CbbQ/NirQ/NorQ, C-terminal / CbbQ/NirQ/NorQ C-terminal / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / ATP hydrolysis activity / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ATP binding / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CbbQ/NirQ/NorQ domain protein
機能・相同性情報
生物種Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sutter, M. / Kerfeld, C.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-91ER20021 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structural Characterization of a Newly Identified Component of alpha-Carboxysomes: The AAA+ Domain Protein CsoCbbQ.
著者: Sutter, M. / Roberts, E.W. / Gonzalez, R.C. / Bates, C. / Dawoud, S. / Landry, K. / Cannon, G.C. / Heinhorst, S. / Kerfeld, C.A.
履歴
登録2015年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CbbQ/NirQ/NorQ domain protein
B: CbbQ/NirQ/NorQ domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3454
ポリマ－63,4902
非ポリマー8542
水0
1
A: CbbQ/NirQ/NorQ domain protein
B: CbbQ/NirQ/NorQ domain protein
ヘテロ分子

A: CbbQ/NirQ/NorQ domain protein
B: CbbQ/NirQ/NorQ domain protein
ヘテロ分子

A: CbbQ/NirQ/NorQ domain protein
B: CbbQ/NirQ/NorQ domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,03512
ポリマ－190,4716
非ポリマー2,5636
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_855-y+3,x-y,z1
crystal symmetry operation3_885-x+y+3,-x+3,z1
Buried area22420 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area53630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.913, 171.913, 53.565
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 CbbQ/NirQ/NorQ domain protein


分子量: 31745.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halothiobacillus neapolitanus (strain ATCC 23641 / c2) (紅色硫黄細菌)
株: ATCC 23641 / c2 / 遺伝子: Hneap_0905 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: D0KZ75
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.07 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5 mg/ml protein, 0.1 M HEPES, 8 % ethylene glycol, 6% PEG-8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月28日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→38.8 Å / Num. obs: 14510 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1126 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1690精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→38.798 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 35.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 1451 10.01 %Random selection
Rwork0.2256 ---
obs0.2313 14501 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.798 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3655 0 54 0 3709
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043772
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95113
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4491431
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031587
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004653
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.90010.41091470.28351313X-RAY DIFFRACTION100
2.9001-3.01610.36781460.28951290X-RAY DIFFRACTION100
3.0161-3.15330.32231430.27131325X-RAY DIFFRACTION100
3.1533-3.31950.35841440.27331300X-RAY DIFFRACTION100
3.3195-3.52740.3171470.26671296X-RAY DIFFRACTION100
3.5274-3.79950.3261420.241307X-RAY DIFFRACTION100
3.7995-4.18150.23311450.21331316X-RAY DIFFRACTION100
4.1815-4.78560.26391470.18961303X-RAY DIFFRACTION100
4.7856-6.02570.27761460.22541301X-RAY DIFFRACTION100
6.0257-38.80150.23771440.19421299X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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