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- PDB-5a7a: Novel inter-subunit contacts in Barley Stripe Mosaic Virus reveal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a7a
タイトルNovel inter-subunit contacts in Barley Stripe Mosaic Virus revealed by cryo-EM
要素
  • BARLEY STRIPE MOSAIC VIRUS NARROW
  • RNAリボ核酸
キーワードVIRUS (ウイルス) / BSMV / HELICAL / CRYO-EM (低温電子顕微鏡法) / IMAGE PROCESSING (デジタル画像処理) / MSA
機能・相同性Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / identical protein binding / リボ核酸 / カプシド
機能・相同性情報
生物種BARLEY STRIPE MOSAIC VIRUS (ウイルス)
TOBACCO MOSAIC VIRUS (タバコモザイクウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Clare, D.K. / Pechnikova, E. / Skurat, E. / Makarov, V. / Sokolova, O.S. / Solovyev, A.G. / V Orlova, E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Novel Inter-Subunit Contacts in Barley Stripe Mosaic Virus Revealed by Cryo-Electron Microscopy.
著者: Daniel Kofi Clare / Eugenia V Pechnikova / Eugene V Skurat / Valentin V Makarov / Olga S Sokolova / Andrey G Solovyev / Elena V Orlova /
要旨: Barley stripe mosaic virus (BSMV, genus Hordeivirus) is a rod-shaped single-stranded RNA virus similar to viruses of the structurally characterized and well-studied genus Tobamovirus. Here we report ...Barley stripe mosaic virus (BSMV, genus Hordeivirus) is a rod-shaped single-stranded RNA virus similar to viruses of the structurally characterized and well-studied genus Tobamovirus. Here we report the first high-resolution structure of BSMV at 4.1 Å obtained by cryo-electron microscopy. We discovered that BSMV forms two types of virion that differ in the number of coat protein (CP) subunits per turn and interactions between the CP subunits. While BSMV and tobacco mosaic virus CP subunits have a similar fold and interact with RNA using conserved residues, the axial contacts between the CP of these two viral groups are considerably different. BSMV CP subunits lack substantial axial contacts and are held together by a previously unobserved lateral contact formed at the virion surface via an interacting loop, which protrudes from the CP hydrophobic core to the adjacent CP subunit. These data provide an insight into diversity in structural organization of helical viruses.
履歴
登録2015年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / em_software
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.image_processing_id

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3074
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3074
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BARLEY STRIPE MOSAIC VIRUS NARROW
R: RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5142
ポリマ－23,5142
非ポリマー00
水0
1
A: BARLEY STRIPE MOSAIC VIRUS NARROW
R: RNA
x 106


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,492,472212
ポリマ－2,492,472212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1
helical symmetry operation105
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 106 / Num. of operations: 106 / Rise per n subunits: 131.2 Å / Rotation per n subunits: 1800 °)

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要素

#1: タンパク質 BARLEY STRIPE MOSAIC VIRUS NARROW


分子量: 22555.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ONLY CONTAINS RESIDUES 3-131 AND 148-193 IN STRUCTURE
由来: (組換発現) BARLEY STRIPE MOSAIC VIRUS (ウイルス)
株: ND18 / 解説: PURIFIED FROM NICOTIANA BENTHAMIANA INFECTED PLANTS
発現宿主: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS (植物への病原性)
株 (発現宿主): GV3101 / 参照: UniProt: P04866
#2: RNA鎖 RNA / リボ核酸


分子量: 958.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TOBACCO MOSAIC VIRUS (タバコモザイクウイルス)
発現宿主: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS (植物への病原性)
株 (発現宿主): GV3101
配列の詳細ONLY CONTAINS RESIDUES 3-131 AND 148-193 IN STRUCTURE

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CHIMERIC BARLEY STRIPE MOSAIC VIRUS NARROW VIRION / タイプ: VIRUS
緩衝液名称: 50MM TRIS-HCL, 50MM KCL, 10MM MGCL2 / pH: 7.5 / 詳細: 50MM TRIS-HCL, 50MM KCL, 10MM MGCL2
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 40, TEMPERATURE- 100, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- 3.5UL OF SAMPLE WAS ADDED TO CONTINUOUS CARBON COATED OR C-FLAT GRIDS, BLOTTED FOR 2 ...詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 40, TEMPERATURE- 100, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- 3.5UL OF SAMPLE WAS ADDED TO CONTINUOUS CARBON COATED OR C-FLAT GRIDS, BLOTTED FOR 2 SECONDS AND THEN PLUNGED IN LIQUID ETHANE,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2012年6月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 150000 X / 倍率（補正後）: 150000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.3 mm
試料ホルダ温度: 90 K
撮影電子線照射量: 25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 297

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMAN３次元再構成
2IMAGIC３次元再構成
3SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: PHASE FLIPPED EACH PARTICLE
3次元再構成手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 4.1 Å / 粒子像の数: 3007 / ピクセルサイズ（公称値）: 1 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1 Å / 倍率補正: LAYER LINES / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: METHOD--RIGID BODY USING CHIMERA, FOLLOWED BY FLEXIBLE FITTING IN FLEX-EM AND COOT. THEN REALSPACE REFINEMENT IN PHENIX FOLLOWED BY MANUAL ADJUSTMENT IN COOT (INTERATIVE) REFINEMENT PROTOCOL--CRYO-EM
精密化最高解像度: 4.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1432 67 0 0 1499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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