[日本語] English
万見
- PDB-4ww4: Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)/Rvb2(ADP) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ww4
タイトルDouble-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)/Rvb2(ADP)
要素
  • RuvB-like 1
  • RuvB-like 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / AAA+ ATPases / hexameric ring / dodecameric assemblies / full-length proteins / ADP-bound states
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent activity, acting on DNA / helicase activity / chromatin organization / ヘリカーゼ / DNA修復 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / RuvB-like helicase / RuvB-like helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Lakomek, K. / Hopfner, K.-P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Dodecameric Assembly States and Conformational Plasticity of the Full-Length AAA+ ATPases Rvb1Rvb2.
著者: Lakomek, K. / Stoehr, G. / Tosi, A. / Schmailzl, M. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2014年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22015年3月11日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RuvB-like 1
B: RuvB-like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,2464
ポリマ－106,3922
非ポリマー8542
水25214
1
A: RuvB-like 1
B: RuvB-like 2
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)643,47624
ポリマ－638,34912
非ポリマー5,12612
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area78150 Å2
ΔGint-498 kcal/mol
Surface area222370 Å2
手法PISA
2
A: RuvB-like 1
B: RuvB-like 2
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)643,47624
ポリマ－638,34912
非ポリマー5,12612
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area81260 Å2
ΔGint-501 kcal/mol
Surface area219260 Å2
手法PISA
3
A: RuvB-like 1
B: RuvB-like 2
ヘテロ分子

A: RuvB-like 1
B: RuvB-like 2
ヘテロ分子

A: RuvB-like 1
B: RuvB-like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)321,73812
ポリマ－319,1756
非ポリマー2,5636
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area34610 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area115650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)206.848, 206.848, 137.441
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細biological unit form 1 is a hetero-hexameric ring, generated from the hetero-dimer in the asymmetric unit by the following two operations: \cf0\f1\fs22\lang1031 -Y,X-Y,Z and -X+Y,-X,Z\cf1\f0\fs18\lang1033 / biological unit form 2a is a dodecameric head-to-head assembly, generated from the hetero-dimer in the asymmetric unit by the following five operations: \cf0\f1\fs22\lang1031 -Y,X-Y,Z and -X+Y,-X,Z and Y,X,-Z and \par -X,-X+Y,-Z and X-Y,-Y,-Z\cf1\f0\fs18\lang1033 / biological unit form 2b is a dodecameric tail-to-tail assembly, generated from the hetero-dimer in the asymmetric unit by the following five operations: \cf0\f1\fs22\lang1031 -Y,X-Y,Z and -X+Y,-X,Z and Y,X,-Z+1 and \par -X,-X+Y,-Z+1 and X-Y,-Y,-Z+1\cf1\f0\fs18\lang1033

-
要素

#1: タンパク質 RuvB-like 1 /


分子量: 50451.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0006820 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: G0RYI5, ヘリカーゼ
#2: タンパク質 RuvB-like 2


分子量: 55939.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0006170 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: G0RYC2, ヘリカーゼ
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1 M sodium malonate, ADP-BeF3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97239 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97239 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.4 % / 数: 103751 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / D res high: 2.94 Å / D res low: 75.04 Å / Num. obs: 23417 / % possible obs: 97.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
2.943.110.690.0383.2
9.375.0410.0380.0465.1
反射解像度: 2.94→64.161 Å / Num. all: 23417 / Num. obs: 23417 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 79.28 Å2 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.116 / Rsym value: 0.103 / Net I/av σ(I): 5.438 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 103751
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.94-3.13.20.691.11088333740.4320.691.796.9
3.1-3.293.30.4991.51035431840.3090.4992.396.4
3.29-3.513.20.3241.8928529280.20.3243.594.7
3.51-3.850.2662.11426028580.130.2665.899.3
3.8-4.165.50.164.31449026470.0730.169.399.1
4.16-4.655.20.1046.51233623820.0490.10412.498.8
4.65-5.375.40.09571131721140.0440.09514.698.3
5.37-6.575.50.0897.6967217720.040.08915.297.9
6.57-9.35.20.04613.1717713820.0210.04618.997.3
9.3-64.1615.10.03813.539777760.0190.03821.995.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WVY

4wvy


解像度: 2.94→64.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.339
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2231 1193 5.1 %RANDOM
Rwork0.1975 ---
obs0.1989 23414 97.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 205.26 Å2 / Biso mean: 99.77 Å2 / Biso min: 35.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.1559 Å20 Å20 Å2
2--5.1559 Å20 Å2
3----10.3119 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.554 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.94→64.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6535 0 54 14 6603
Biso mean--80.06 56.45 -
残基数----851
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2436SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes170HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes982HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6668HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion918SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7570SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6668HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8994HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.11
LS精密化 シェル解像度: 2.94→3.07 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2698 136 4.82 %
Rwork0.2352 2686 -
all0.2369 2822 -
obs--97.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7122-0.20820.12241.28391.0421.8426-0.0515-0.06630.0982-0.2034-0.2450.1497-1.0305-0.25240.29650.2280.0748-0.147-0.33240.07940.0146-4.128735.770933.9151
21.6140.07530.6521.23750.64662.2382-0.1462-0.08130.2891-0.16590.08550.0089-0.50760.86890.0607-0.1212-0.3966-0.02180.13530.1522-0.001931.141920.312828.5593
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A3 - 458
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B7 - 456

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る